幼龄小鼠小肠组织内参基因的选择

选择B2 M、ACTB、GAPDH、SDHA、HPRT1和ARBP共6个内参基因,研究其在幼龄小鼠小肠组织内的表达情况.结果表明:6个内参基因均可获得特异性扩增产物;经geNorm程序和NormFinder分析,6个内参基因稳定度由高到低为SDHA=HRPT1>ARBP>ACTB>GAPDH>B2 M;基因表达的稳定值分别为0.006(SDHA)、0.006(HRPT1)、0.007(ARBP)、0.018(ACTB)、0.029(GAPDH)、0.111(B2 M),最终筛选出SDHA和HRPT1 2个内参基因适合用于校正目的基因的表达.     

产蛋前期和产蛋期籽鹅组织内参基因的稳定性

【目的】分析比较使用广泛的7个候选内参基因在产蛋前期和产蛋期籽鹅组织中的表达情况,筛选籽鹅组织基因表达分析中最佳的内参基因及其数目。【方法】应用实时定量反转录PCR技术,分别检测28S rRNA、18S rRNA、GAPDH、ACTB、HPRT1、SDH和TUB在产蛋前期与产蛋期健康籽鹅肝脏、肾脏、心脏、腿肌和卵巢组织中的表达情况,采用绝对定量方法确定基因拷贝数,然后分别使用geNorm和NormFinder程序进行数据分析。【结果】产蛋前期籽鹅各组织中7个内参基因表达稳定度的顺序分别为：GAPDH=HRPT1（0.195）＞TUB（0.244）＞28S rRNA（0.414）＞18S rRNA（0.495）＞ACTB（0.541）＞SDH（0.610）;产蛋期籽鹅各组织中7个内参基因表达稳定度的顺序分别为：GAPDH=28S rRNA（0.128）＞TUB（0.181）＞ACTB（0.192）＞SDH（0.221）＞HRPT1（0.316）＞18S rRNA（0.362）,且7个基因的配对差异分析分别为V2/3（产蛋前期）=0.084、V2/3（产蛋期）=0.069,内参基因的最适数目均为2个。【结论】产蛋前期和产蛋期籽鹅组织目的基因的表达分析中相对适合的内参基因分别为GAPDH和HRPT1、GAPDH和28S rRNA。     

UV-B胁迫下紫花苜蓿qRT-PCR内参基因的筛选

[目的]在植物代谢通路关键调控基因表达的相关研究中,筛选各种条件下合适的内参基因至关重要。[方法]以UV-B为主要胁迫,运用荧光定量PCR技术以及geNorm和NormFinder软件,对不同取样时间（处理后0、1、2和5d）的紫花苜蓿（MedicagosativaL.）幼苗根、茎、叶组织中Actin2、GAPDH、MSC27、18SRNA、β-tublin、bZIP、UBQ、PPPrep、Ms03₅0f03和Ms03₆9f07等候选内参基因表达的稳定性进行研究。[结果]geNorm软件显示:紫花苜蓿幼苗根部UV-B胁迫下MSC27和UBQ的稳定值（M）较小,增加第3个内参基因后变异值（V）基本不变,表明选用2个内参基因即可;茎部则是MSC27和Actin2的M值较小,同时相应的V值也满足要求;而使用M值较小的Actin2和GAPDH为内参,在研究叶片基因表达时可以获得更加准确的结果,当增加第3个内参基因时,V值变大,反而影响结果。同时发现,18SRNA和β-tublin在根和茎叶中的稳定性均较差,因此不适宜作为内参基因使用。NormFinder的结果与上述结果相似,结果差异部分的原因可能是因为算法不同。[结论]在UV-B胁迫下,紫花苜蓿幼苗根部中MSC27和UBQ的表达较为稳定,而在茎部则以MSC27和Actin2为宜,使用Actin2和GAPDH为内参在研究叶片基因表达时可以获得更加准确的结果。本研究对UV-B胁迫下紫花苜蓿中关键基因的定量表达分析具有重要的实用价值。     

茶愈伤组织实时定量PCR分析中内参基因的选取

为了选取合适的内参基因来分析培养基中前体物诱导及对照的茶愈伤组织中茶氨酸代谢相关基因的差异表达,利用GenBank上登录的茶树基因序列以及通过构建文库测序所得的基因（具有完整的阅读框）共7个持家基因设计引物。在分析这些引物的扩增效率和特异性后,测定了它们在茶愈伤组织生长过程中（对照和愈伤培养基中添加含氮外源物的情况下）的表达水平。利用geNorm 和NormFinder软件分析了这些持家基因的稳定性,确定在该条件下合适的内参基因为β-actin和GAPDH。     

低温弱光胁迫下茄子幼苗实时荧光定量PCR内参基因的筛选与评价

为了探索茄子Solanum melongena L.的基因表达模式,利用qRT-PCR方法分析了茄子ACT、EF1α、TUA、TUB、GAPDH、eIF、UBQ、UBI3、PP2A、CYP、RPL28、L25、SAND、TBP、DNAJ、APRT、EXP、CAC、HSP20和CysPro 20个候选内参基因mRNA的表达差异情况,并运用GeNorm、NormFinder和BestKeeper 3种计算方法评价茄子20个候选内参基因在低温、弱光、低温弱光叶片样品中的表达稳定性。结果表明：茄子20个候选内参基因荧光定量引物扩增效率（E）数值在96.8%～117.6%,相关系数（R²）介于0.968 8～0.999 9,扩增效率良好,扩增反应具有高度的专一性,引物能特异性扩增,特异性好,均为单峰,样品间扩增曲线重复性强,可用于qRT-PCR扩增。茄子20个候选内参基因C_T值表达丰度分析,发现茄子20个候选内参基因平均C_T值在19.76～31.20。3种计算方法的综合评价分析结果显示,TBP基因在所有样本中为最稳定的内参基因。研究可为茄子低温、弱光和低温弱光胁迫下基因特异性表达研究提供了合适的内参基因。     

不同组织及干旱胁迫下黄薇内参基因的筛选与验证

【目的】为黄薇Heimia myrtifolia不同组织及不同干旱胁迫下基因表达分析筛选最适内参基因。【方法】选取黄薇盛花期的根、茎、叶、花,以及5种不同干旱处理的叶片作为实验材料,借助RT-qPCR技术对黄薇转录组数据筛选的9个候选内参基因进行分析,并利用软件geNorm、BestKeeper、NormFinder和RefFinder综合评价候选基因的表达稳定性。最后选取2个与胁迫相关的基因CSLD和SOD,对所选内参基因进行验证。【结果】geNorm、BestKeeper和NormFinder分析得出的候选内参基因排序存在一定差异。利用RefFinder对上述3个软件的结果综合分析得出：在不同组织中,最稳定的内参基因为GAPDH,最不稳定的内参基因为TUA;在干旱胁迫中,最稳定的内参基因为GAPDH,最不稳定的内参基因为TUB。在全部样本中,最稳定的内参基因为GAPDH,最不稳定的内参基因为18S RNA。对不同组织和干旱胁迫下的CSLD和SOD基因表达模式进行验证表明：上述2个基因与筛选所得内参基因的表达量和变化趋势均较为一致。【结论】在不同组织和干旱处理后,GAPDH是最适合黄...     

尖裸鲤实时荧光定量PCR内参基因的筛选

为筛选能够稳定表达的内参基因用于尖裸鲤Oxygymnocypris stewarti实时荧光定量PCR分析,以尖裸鲤血液、心脏、肝、脾、鳃、头肾、中肾、后肾、前肠、中肠、后肠、性腺、眼、垂体、脑、红肌、白肌和皮肤18个组织为材料,应用实时荧光定量PCR技术比较了GAPDH(3-磷酸甘油醛脱氢酶)、HPRT1(次黄嘌呤鸟嘌呤磷酸核糖转移酶1)、RPL13(核糖体蛋白L13)、RPL19(核糖体蛋白L19)、RPL13a(核糖体蛋白L13a)、SDHA(琥珀酸脱氢酶亚基A)和ACTB(β-肌动蛋白)7个候选内参基因的表达情况,并采用GeNorm、NormFinder和BestKeeper软件对7个候选内参基因的稳定性进行分析。结果表明:GeNorm分析显示,7个候选内参基因的平均表达稳定值(M)依次为RPL13=RPL13a相似文献   

尖裸鲤实时荧光定量PCR内参基因的筛选

为筛选能够稳定表达的内参基因用于尖裸鲤Oxygymnocypris stewarti实时荧光定量PCR分析,以尖裸鲤血液、心脏、肝、脾、鳃、头肾、中肾、后肾、前肠、中肠、后肠、性腺、眼、垂体、脑、红肌、白肌和皮肤18个组织为材料,应用实时荧光定量PCR技术比较了GAPDH(3-磷酸甘油醛脱氢酶)、HPRT1(次黄嘌呤鸟嘌呤磷酸核糖转移酶1)、RPL13(核糖体蛋白L13)、RPL19(核糖体蛋白L19)、RPL13a(核糖体蛋白L13a)、SDHA(琥珀酸脱氢酶亚基A)和ACTB(β-肌动蛋白)7个候选内参基因的表达情况,并采用GeNorm、NormFinder和BestKeeper软件对7个候选内参基因的稳定性进行分析。结果表明:GeNorm分析显示,7个候选内参基因的平均表达稳定值(M)依次为RPL13=RPL13a相似文献   

偏穗鹅观草RT-PCR内参基因筛选及验证

偏穗鹅观草（Roegneria komarovii Nevski）是小麦族鹅观草属的植物,具有抗旱、抗病等特点,是多年生优良牧草,也是小麦三级资源库。为分析偏穗鹅观草耐盐机制及抗病基因的表达,筛选出偏穗鹅观草在不同非生物胁迫条件下稳定表达的内参基因,以偏穗鹅观草根、茎、叶对照组及盐胁迫处理组的偏穗鹅观草为材料,利用实时荧光定量PCR (qRT-PCR)技术,对肌动蛋白（Actin1、Actin2、Actin3）、微管蛋白（BUTB）、亲环素（Cyclophilin）、甘油醛-3-磷酸脱氢酶（glyceraldehyde-3-phosphate,GAPDH）、组蛋白（histone 3, H3）、延伸因子（EF1a1）8个常用小麦内参基因进行筛选;并借助geNorm、BestKeeper软件对内参基因表达的稳定性进行评价,进一步利用SnRK2基因对获得的内参基因的稳定性和可靠性进行验证。结果表明,2个软件筛选出的内参基因基本一致,8个候选内参基因在偏穗鹅观草不同胁迫处理下的表达丰度及稳定性存在差异,盐处理及干旱处理下Cyclophilin、GAPDH稳定性表现最好,高温处理下EF1a1、...     

水稻胚乳RNA定量RT-PCR分析中参照基因选择

以6个籼粳稻品种胚乳总RNA为研究材料,检测包括eEF-la、eIF-4a、UBC、GAPDH、UBQ-5、TBL和ACTl在内的7个常用管家基因的表达稳定性情况,通过geNorm软件分析选择最佳参照基因.结果表明:不同的品种间,eEF-la和ACT1的表达最为稳定,UBC的表达变化最为明显.当利用多基因作为内参基因时,使用两个最稳定表达的管家基因即可达到准确校正的目的.该结果为水稻等植物中基因表达分析时内参基因的选择提供了参考.     

蓖麻蚕基因转录表达分析的内参基因筛选

为了筛选能够稳定表达,适合蓖麻蚕基因转录表达分析的内参基因,根据鳞翅目昆虫基因分析中常用的内参基因肌动蛋白(β-non-muscle,β-actin)､甘油醛-3-磷酸脱氢酶(glyeeraldehyde-3-phosphate dehydrogenase, GAPDH)､18S rRNA､16S rRNA的序列设计特异性引物,分别对蓖麻蚕4个组织及9个不同发育时期的个体材料进行实时荧光定量PCR,制作标准曲线,采用相对定量的方法处理Ct 值,结合NormFinder 和geNorm 软件分析以上4个候选内参基因在蓖麻蚕不同组织和不同发育时期转录表达的稳定性｡结果表明:β-actin 在蓖麻蚕血液､脂肪体､中肠､丝腺各组织,以及幼虫､蛹､成虫､卵各发育时期的表达最为稳定,适合作为蓖麻蚕基因转录水平研究的内参基因｡     

杏鲍菇采后木质化相关基因实时定量PCR中内参基因的选择

【目的】筛选出合适的内参基因,为分析不同贮藏时期杏鲍菇(Pleurotus eryngii)子实体中木质化相关基因的表达提供支持。【方法】以4℃低温贮藏0,3,6,9,12,15和18d的杏鲍菇子实体为材料,采用实时荧光定量PCR(Quantitative real-time PCR,RT-qPCR)技术,分析了β-actin、18SrRNA、β-tubulin、ELF和GAPDH 5个候选内参基因在不同贮藏时期杏鲍菇的表达情况;通过GeNorm和NormFinder 2种软件筛选出最稳定的内参基因;选取最佳内参基因,采用相对表达定量法对木质素合成途径中的关键酶,即苯丙氨酸转氨酶(Phenylalanina ammonia-lyse,PAL)基因的表达进行定量分析。【结果】5个内参基因均能特异扩增,其中GAPDH基因表达丰度较低,不适合用作内参基因;经GeNorm软件分析计算,β-actin、β-tubulin、ELF、18SrRNA表达稳定度平均值M分别为0.527,0.527,0.584,0.875,最适内参基因组合为β-actin、β-tubulin和ELF;由NormFinder软件分析计算,β-actin、β-tubulin、ELF、18SrRNA稳定值S分别为0.221,0.356,0.583,1.092,β-actin稳定性最高;综合分析认为β-actin的表达稳定性最高,为最佳内参基因;以β-actin为内参基因,发现4℃低温贮藏3,6,9,12,15和18d的杏鲍菇子实体中PAL基因表达量分别比新鲜样品(0d)增加了11.3%,10.8%,11.3%,11.5%,11.4%,10.7%。【结论】β-actin可作为杏鲍菇子实体采后贮藏条件下品质变化相关基因表达研究的内参基因。     

印楝素胁迫下草地贪夜蛾幼虫实时荧光定量PCR内参基因表达稳定性评价

[目的]选择合适的内参基因对实时荧光定量PCR技术结果的准确性具有重要意义.通过评估印楝素胁迫下草地贪夜蛾(Spodoptera frugiperda J.E Smith)幼虫候选内参基因在不同样品中的表达稳定性,确定最适内参基因,为后续靶标基因功能分析和印楝素分子毒理机制解析提供基础.[方法]选取草地贪夜蛾 α-TUB、β-1-TUB、Actin、EF1α、EF2、GAPDH、RPL3 和RPL13 8 个候选内参基因,通过ΔCt、GeNorm、NormFinder、BestKeeper和RefFinder软件对印楝素胁迫下各候选内参基因在草地贪夜蛾幼虫整虫、表皮、中肠、脂肪体和马氏管样品中转录水平表达量的稳定性进行评估,采用GeNorm软件确定最适内参基因数目,最终确定印楝素胁迫下不同样品中最适内参基因组合.[结果]印楝素胁迫下草地贪夜蛾幼虫样品中,ΔCt和Normfinder分析发现α-TUB和β-1-TUB的表达稳定性最高,GeNorm分析发现RPL3和RPL13的表达稳定性最高,BestKeeper分析则是α-TUB和RPL13表达稳定性最高.表皮样品中,β-1-TUB和α-TUB在ΔCt、GeNorm和Normfinder中表达稳定性最高,Actin和β-1-TUB在BestKeeper评估中最稳定.在中肠组织中,ΔCt分析发现EF2 和β-1-TUB表达最稳定,GeNorm发现EF1α和RPL3表达最稳定,Normfinder分析发现EF2 和β-1-TUB表达最稳定,BestKeeper分析发现RPL13和RPL3表达最稳定.在脂肪体组织中,ΔCt、GeNorm和Normfinder分析下RPL3和EF1α表达稳定性最高,BestKeeper分析则认为RPL13和RPL3稳定性最高.在马氏管组织中,ΔCt分析发现RPL3和EF2表达最稳定,GeNorm评估EF1α和EF2表达最稳定,Normfinder分析发现β-1-TUB和EF2表达最稳定,BestKeeper分析发现RPL13和β-1-TUB表达最稳定.此外,GeNorm软件分析发现各样品中最适内参基因数目均为2个.RefFinder综合分析结果为,α-TUB 和 β-1-TUB在幼虫和表皮组织样品中表达稳定性最高;EF2和RPL3在幼虫中肠和马氏管组织样品中表达稳定性最高;RPL3和EF1α在脂肪体组织样品中表达稳定性最高.[结论]印楝素胁迫下草地贪夜蛾幼虫和表皮中最适内参基因组合为α-TUB和 β-1-TUB;幼虫中肠和马氏管组织样品中最适内参基因组合为EF2 和RPL3;脂肪体组织样品中最适内参基因组合为RPL3和EF1α.     

植物乳杆菌Lp基因表达时内参基因的选择

实验以植物乳杆菌Lp为实验材料,用荧光定量PCR技术分析16S rRNA、Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenas、L-lactate dehydrogenase以及rec A protein四个候选内参基因的表达情况。应用两种软件ge Norm和Norm Finder程序对实验结果进行分析。实验结果显示在植物乳杆菌Lp中,稳定值最小的是16S ribosomal RNA,用Norm Finder软件分析,稳定值最小的也是16S ribosomal RNA。揭示16S ribosomal RNA适合做植物乳杆菌正常生长状态下的内参基因。     

荧光定量PCR技术检测vgb基因在棉花中的表达

应用荧光定量PCR技术SYBR Green I荧光染料法,对透明颤菌血红蛋白基因vgb在转基因棉花中的表达水平进行相对定量分析,建立了快速检测转基因产品中基因表达量的方法。通过该方法检测出了vgb基因在转基因棉花不同株系里的相对表达量,且表达量有差异。该方法具有灵敏度高、重复性好、定量准确、速度快等特点。     

不同类型烟草种质的烟碱含量变化与相关基因表达水平

为研究不同类型烟草种质的烟碱含量变化规律与相关基因的表达情况,以烤烟K326、香料烟巴斯玛、白肋烟TN90、晾烟马里兰为材料,采用荧光定量PCR技术,测定了烟草不同生育时期上部叶、中部叶、下部叶的烟碱含量与烟碱代谢过程中相关基因PMT、QPT、CYP82E5V2、A622的表达水平。结果表明,随着生育期的推进,烟碱含量缓慢上升,打顶后急剧增加,除巴斯玛打顶后还继续上升外,K326、TN90和马里兰烟均表现为:打顶后烟碱含量急剧增加,后缓慢下降,再渐趋平稳。不同类型烟草种质的PMT在不同生育期均有表达,苗期PMT表达量较高,其变化趋势与烟碱含量的基本一致;QPT在烟草发育前期表达量较高,而后下降,至打顶前1周表达量出现一个峰值,打顶后表达量持续增加,与烟碱含量变化呈正相关;CYP82E5V2表达量在不同生育时期均维持在较高水平,呈波浪型,生长旺期时表达量上升,打顶前后均出现峰值,但巴斯玛成熟期时其表达量下降,打顶前CYP82E5V2表达量与烟碱含量变化呈正相关,打顶后期至成熟期两者呈一定程度的负相关;K326和马里兰烟的A622表达量呈波浪型上升,至成熟时仍维持较高水平,而TN90和巴斯...     

两个红梨品种花色苷合成相关基因及转录因子MYB10表达模式分析

为研究不同红色梨品种着色差异的原因,以西洋梨品种红星和砂梨品种满天红为试材,通过荧光定量PCR方法,分析果皮中花色苷合成基因PAL、CHS、CHI、F3H、DFR、ANS、F3GT和转录因子MYB10基因在果实不同发育期的转录特性。结果表明,在红星中除PAL外,花色苷合成基因表达量与果皮花色苷含量变化一致,先升高后降低;在满天红中,PAL和F3GT在果实转色期表达量最高,其他基因表达量随果实发育而下降。转录因子MYB10在红星整个果实发育期表达水平都很低,在满天红转色期呈现峰值,且表达量是红星的50倍以上。红星着色程度可能由多个基因协同作用,而满天红着色可能受关键基因F3GT的影响,MYB10可能通过调控F3GT的表达从而调控满天红的着色。     

小麦淀粉合成酶基因实时荧光定量PCR检测方法的建立及其应用

利用荧光定量PCR技术,对小麦淀粉合成酶基因(AGPase1、GBSSI、SSSIII、SBEI)进行了定量检测,分别建立了这4种淀粉合成酶基因和内参基因18s的Ct值与模板量之间的标准曲线和线性回归方程。运用所建立的方法对小麦籽粒4种淀粉合成酶基因在灌浆期间的表达变化情况进行了定量分析。