草原红牛群体中微卫星DNA多态性的研究

选用草原红牛42头作为试验牛群体,经过牛血液基因组DNA的提取、8对微卫星引物的PCR扩增、扩增产物的聚丙烯酰胺电泳分型、UVIBAND计算机凝胶成像分析系统分析各位点等位基因及全部个体的标记基因型、PPAP3.0软件计算基因频率、多态信息含量(PIC)和杂合度等步骤,从分子水平上分析了草原红牛在8个位点的遗传多态性。结果表明,ETH225、IDVGA2、IDVGA46和IDVGA44等位基因数分别为5、4、3和4,多态信息含量分别为0.542 0,0.673 6,0.521 8和0.575 0,这4个位点为高度多态位点。而另4个位点BM2113、BM1824、IDVGA55和TGLA44等位基因数分别2、2、2和5,多态信息含量分别为0.369 8,0.360 4,0.353 8和0.470 8,属于中度多态性位点。8个位点作为遗传标记应用于草原红牛遗传育种研究之中是可行的。     

微卫星标记在草原红牛遗传育种中的应用

对微卫星标记在草原红牛遗传育种中的应用进行研究。采用了6对微卫星引物，引物IDVGA2、IDVGA46、TGLA44、BM1824、ETH225、BM2113扩增出的条带数分别为6，6，6，4，4，2条，多态信息含量(PIC)分别为O．7223，0.7493，0．6713．0．5849，0．6715，0．5089，说明草原红牛具有较高的多态性。通过该试验绘制了草原红牛的微卫星图谱，为其夸后的育种工作打下良好的基础。     

草原红牛体尺体重性状微卫星标记的研究

研究选用草原红牛、草原红牛与利木赞牛杂交后代共计40头作为试验牛群体，以体尺、体重作为衡量其生长发育指标．利用SPSS软件分析了8个微卫星位点基因标记与体尺性状的关系。结果表明，IDVGA55等位基因C(203bp)对体高、十字部高和坐骨端高三个体尺性状有正效应；BM2113等位基因C(142bp)对腿围性状有正面影响；ETH225等位基因A(123bp)对腰角宽具有正面影响；BM1824等位基因A(171bp)对十字部高性状有正效应，等位基因C(179bp)对胸深性状有正效应；TGLA44等位基因E(221bp)对体重有正面影响。     

草原红牛及其杂种牛生长发育性状微卫星标记的研究

研究选用草原红牛、草原红牛与利木赞牛杂交后代共计40头作为试验牛，以体尺、体重作为衡量其生长发育指标，利用SPSS软件分析了8个微卫星位点基因标记与生长发育性状的关系。结果表明：IDVGA55等位基因C(203bp)对体高、十字部高和坐骨端高3个体尺性状有正效应；BM2113等位基因C(142bp)对腿围性状有正面影响；ETH225等位基因A(123bp)对腰角宽具有正面影响；BM1824等位基因A(171bp)对十字部高性状有正效应，等位基因C(179bp)对胸深性状有正效应；TGLA44等位基因E(221bp)对体重有正面影响。     

草原红牛肉用性能微卫星标记的研究

选用草原红牛、利木赞牛与草原红牛杂交后代共计40头作为试验牛群体，以内牛线性体型评分方法中的肌肉度评分性状和屠宰肉用性状作为衡量其肉用性能的指标，利用SPSS软件分析了8个微卫星位点基因标记与肉用性能的关系。结果表明，BM2113等位基因C（142bp）对净肉重和净肉率性状有正面影响；IDVGA46等位基因C（211bp）对内用性能有负面影响；BM1824等位基因A（171bp）时腰厚性状有正效应；TGLA44等位基因E（221bp）对髻甲、腰厚、臀部外形等肌肉度评分性状和体质量、胴体重以及净肉重等屠宰肉用性状有正面影响。     

中国荷斯坦种公牛亲子鉴定及个体识别信息库的建立

为了构建基于微卫星标记的中国荷斯坦种公牛亲子鉴定及个体识别技术平台,本研究选取国际动物遗传学会（ISAG）推荐的12个微卫星标记（BM1824,BM2113,SPS115,ETH10,TGLA122,ETH225,INRA023,TGLA126,TGLA227,BM1818,ETH003和TGLA53）,采用荧光标记毛细管电泳方法,对571头荷斯坦种公牛进行基因型检测。统计结果显示,标记的平均多态信息含量为0．700,平均杂合度为0．735,属于高多态性标记;12个标记的累积排除概率大于0．996,累积一致性概率为4．9×10^-13,将其运用于亲子鉴定和个体识别具有很强的检测效率。此外．通过分析每个标记的检测信号峰图特征,将检测结果与商业化试剂盒进行比较以及利用ISAG参考DNA样品进行等位基因统一命名等手段,建立了标准化的微卫星等位基因分型方法,并初步建立起中国荷斯坦种公牛遗传检测信息库。     

晋南牛与部分地方黄牛之间遗传多样性分析

旨在利用微卫星技术检测晋南牛、郏县红牛、鲁西牛和秦川牛四大地方黄牛的牛群遗传多样样及遗传结构。采用16个微卫星DNA标记对4个牛群进行检测分析。16个微卫星DNA标记中,除HEL9位点在所有牛群中呈单态外,其他15个位点的有效等位基因数为2~8个,平均有效等位基因数为3.067 6个。BM1818为低度多态(PIC=0.083 0,PIC0.25),其余位点均为高度多态(PIC0.5),其中HUAT24多态性最大(PIC=0.727 5)。4个牛群共检测到80个等位基因,其中晋南牛为63个,郏县红牛为65个,鲁西牛65个,秦川牛68个。在IDVGA46位点,仅有晋南牛有B等位基因,而在TGLA44位点,仅有晋南牛没有B等位基因。4个牛群的平均表观杂合度为0.385 2,平均期望杂合度为0.640 3,平均杂合度为0.578 0。晋南牛在NJ树上单独聚为一支,与鲁西黄牛、郏县红牛及秦川牛的遗传距离分别为0.809 3、0.759 8、0.807 1。结果表明,晋南牛遗传资源独特,群体遗传多样性丰富,是一个生长进化上较为封闭的群体。     

草原红牛及其杂种牛若干生产性能的微卫星标记研究

选用草原红牛、利木赞与草原红牛杂交后代共计40头作为试验牛群体,以体重、体尺作为衡量牛生长发育的指标,以肉牛线性体型评分方法中的肌肉度线性评分性状和屠宰肉用性状作为衡量牛肉用性能的指标,运用SPSS软件之GLM分析了40头牛21个性状与8个微卫星标记的关系。结果表明,IDVGA55等位基因C(203bp)对体高、十字部高和坐骨端高3个体尺性状有正向效应;BM2113等位基因C(142bp)对腿围、净肉重和净肉率等性状有正向影响;ETH225等位基因A(123bp)对腰角宽具有正向影响;IDVGA46等位基因C(211bp)对5个肌肉度评分性状和4个屠宰肉用性状有负向影响;BM1824等位基因A(171bp)对十字部高、腰厚2个性状有正向效应,等位基因C(179bp)对胸深性状有正向效应;TGLA44等位基因E(221bp)对肉用性状有正向影响。     

微卫星标记BM6404和TGLA53在太行黑山羊中的遗传多样性研究

为了研究太行黑山羊品种的遗传多样性,试验采用PCR扩增、12%非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳和银染显色等方法对其进行研究。结果表明:微卫星标记BM6404和TGLA53在太行黑山羊上呈现多态性。BM6404基因座有6个等位基因,其片段大小在125～147 bp之间;BM6404基因座多态信息含量(PIC)、有效等位基因数(Ne)、平均杂合度(He)分别为0.725,4.169,0.760。TGLA53基因座有7个等位基因,其片段大小在121～147 bp之间;TGLA53基因座的PIC、Ne、He分别为0.795,5.5280,.819。说明微卫星位点BM6404和TGLA53在太行黑山羊上均为高度多态位点。     

荷斯坦牛亲子鉴定检测方法的建立与应用

为了构建北京奶牛中心荷斯坦种公牛个体及亲子鉴定DNA数据库,本研究从联合国粮农组织(FAO)和国际动物遗传学会(ISAG)推荐的具有高度多态性的微卫星标记中选取11个常染色体微卫星标记(BM1824、BM2113、ETH3、ETH10、ETH225、INRA023、SPS115、TGLA53、TGLA122、TGLA126和TGLA227),采用荧光引物PCR和ABI3730XL遗传分析仪,对229头荷斯坦种公牛个体基因型进行了检测,并探讨其用于牛个体识别和亲子鉴定的可行性。研究结果表明,11个微卫星标记平均杂合度为0.733,平均多态信息含量为0.695,其中TGLA122标记平均多态信息含量最高为0.866,SPS115标记最低为0.506,均属于高多态性标记。11个标记累积个体识别能力为99.99%,累积非父排除率达到99.99%,随机个体一致性概率为1.59×10-17。研究结果表明上述11个微卫星标记进行个体识别和亲子鉴定的效力与可靠性均很高,同时初步建立了北京奶牛中心荷斯坦种公牛DNA数据库。     

Evaluation of parentage testing in the Turkish Holstein population based on 12 microsatellite loci

In the present study, 12 microsatellite loci (ETH10, ETH225, ETH03, TGLA122, TGLA227, BM1824, BM2113, INRA23, SPS115, TGLA126, RM006 and BM1818) were evaluated for their possible use to confirm selected pedigree relationships between 7 bulls, their 21 male offspring, and their 64 second-generation female offspring within the progeny test started in Turkey. The nine loci (BM1824, INRA23, BM2113, SPS115, ETH10, TGLA122, ETH225, TGLA126 and TGLA227) recommended by ISAG displayed high values for the measures of informativeness (allele numbers, heterozygosity, polymorphic information content, frequency of the most common allele, and power of discrimination). When both parents are known calculated combined probability of exclusion was at least 0.999. Range of probability of paternity (POP) values were 0.814–0.9999. Except 3 cases (4.7%), the alleged paternity relationships were confirmed. To have a higher confidence in POP values new loci must be integrated into the set of 9 loci used.     

Evaluation of reproductive performance and genetic variation in bulls of the Polish White‐Backed breed

The aim of the study was to evaluate genetic variation, reproductive performance and the degree of relationship of White‐Backed bulls entered in the breed registry and approved for breeding. The study included 32 bulls of the White‐Backed (WB ) breed with an entry in the breed registry and used for breeding in the years 2003–2015. Eleven microsatellite DNA sequences (TGLA 222, BM 2113, TGLA 53, ETH 10, SPS 115, TGLA 126, TGLA 122, INRA 23, ETH 3, ETH 225 and BM 1824) were used to analyse variation in the WB bulls. The bulls most often used for breeding were Chilon (1,073 doses), Mak (939 doses) and Jaguar (858 doses). The bulls Mak, Chilon and Jak had the greatest influence on the active population of White‐Backed cattle, with the most daughters. In the analysed population of White‐Backed bulls, a total of 79 different alleles were identified, with a mean 7.27 per locus. The analysed pool of microsatellite loci was characterized by high values for PIC , H _O and H _E (>0.6), and the entire population was in genetic equilibrium. The estimated level of inbreeding within the population ranged from ?0.2277 (ETH 225) to 0.0775 (SPS 115), with a mean value of ?0.0587.     

应用STR基因座及mtDNA D-Loop区遗传标记联合进行中国德昌水牛单亲亲权鉴定

为了研究短串联重复序列(STR)基因座在亲权鉴定中的亲子关系相对概率及mtDNA D-Loop区遗传标记在单亲亲权鉴定中的应用,试验采用PCR技术扩增3头水牛BM2934、BM1862、ETH225、BM1818、INRA035、BM2113、CSRM60、TGLA227共8个STR基因座DNA,STR扩增产物经聚丙烯酰胺凝胶电泳检测并计算单亲亲权指数(PI)和亲子关系相对概率(RCP),同时扩增3头水牛mtDNA D-Loop区基因片段并进行测序分析。结果表明:2头嫌疑后代中c1与母水牛m亲子关系概率为99.960 6%,两者mtDNA D-Loop区基因序列一致率为100%;微卫星基因座与mtDNA D-Loop区遗传标记检测结果一致,嫌疑后代c1为母水牛m的后代。说明STR基因座与mtDNA D-Loop区遗传标记均可用于单亲亲权鉴定,两种方法相结合提高了亲权鉴定的稳定性、准确性、灵敏度,鉴定范围更广,样品要求更低。     

利用微卫星标记对4个肉牛品种进行遗传多样性分析

本研究利用10个微卫星标记分析了鲁西黄牛、布莱凯特肉牛、渤海黑牛和日本和牛4个品种185个个体的品种内遗传变异情况及各品种间的亲缘关系,共检测到58个等位基因,每个位点平均观察等位基因数为5.8个,从4(BM1818)到8个(ETH225和TGLA53)不等;有效等位基因数为2.5417～3.5849个;观察杂合度、期望杂合度和多态信息含量变异范围分别为0.2270～0.5459、0.6082～0.7230和0.5482～0.6791,均属高度多态性位点。群体间遗传分化明显,有34.49%的遗传分化来自群体间的变异。以Nei氏遗传距离(D_A)构建UPGMA系统进化树,聚类结果表明,渤海黑牛与鲁西黄牛首先聚为一类,布莱凯特肉牛和日本和牛聚为一类。布莱凯特肉牛的3个微卫星座位10个克隆的PCR扩增片段测序获得的序列已提交GenBank,登录号分别为：GQ368896、GQ368897、GQ368898、GQ368899、GQ368900、GQ368901、GQ368902、GQ368903、GQ368904、GQ368905。10对微卫星座位可作为有效的遗传标记用于4个肉牛品种的遗传多样性和系统发生关系分析。     

中国美利奴(新疆军垦型)羊遗传多样性的微卫星分析

利用6个微卫星标记,采用PCR扩增,对200只中国美利奴(新疆军垦型)羊基因组DNA的遗传多样性进行了检测。统计了各位点的多态信息含量(PIC)、遗传杂合度(H)、有效等位基因数(E)和基因纯合率(Rh)等遗传指标。结果表明:除BMS772(PIC=0.2571)为中度多态外,其余微卫星位点均为高度多态;群体的平均PIC、H、E、Rh分别为0.5446、0.5684、2.5695和0.6165,此品种绵羊基因多态性和遗传多样性相对贫乏,而基因纯合率相对较高;只有BM6506位点处于哈代-温伯格平衡(P>0.05)。