家蚕核糖体18S RNA基因的序列分析及分子系统学研究

为研究家蚕18S DNA基因的特点及分子进化,以家蚕丝腺为材料提取家蚕基因组DNA,通过PCR扩增、测序鳞翅目家蚕(Bombyx mori)核糖体小亚基18S RNA基因(18S rDNA)的全序列,将该序列与等翅目、直翅目、衤责翅目、鞘翅目、膜翅目、双翅目、捻翅目、弹尾目、蜉蝣目各一种昆虫的18S rDNA进行了比较。用DNAstav软件分析并进行序列比对,结果表明,昆虫18S rDNA有4段序列较为保守,以18S rDNA比对的第2保守区段构建的分子系统发育树表明鳞翅目和双翅目、膜翅目、鞘翅目进化关系最近,等翅目、直翅目、衤责翅目进化上较为接近,捻翅目昆虫与弹尾目昆虫的亲缘关系较为接近,捻翅目在分类上应是一种古老的昆虫。     

梅花鹿线粒体DNA的研究进展

线粒体DNA作为一个理想的分子标记已经被广泛应用到梅花鹿的起源进化研究中,并取得了一定的成果。文中介绍了梅花鹿线粒体DNA的结构、多态性研究等,综述了线粒体DNA在梅花鹿分子进化中的研究进展,并初步探讨了未来的发展。     

猪线粒体DNA(mtDNA)及其在遗传育种中的应用

线粒体DNA是真核细胞内较为简单的DNA分子，具有极少发生重组、进化、速度快等特点，作为动物进化研究的一类重要标记，为动物的起源、迁移和进化提供了大量的证据。本文介绍了线粒体DNA的基本特征及其多态性，概述了猪线粒体DNA的研究概况和取得的成果。线粒体DNA的独特特性必将在猪遗传育种中发挥其重要的作用。     

羊线粒体DNA的研究进展

近年来,关于线粒体DNA(mtDNA)进化遗传学方面的研究已成为分子遗传学领域的热点,线粒体DNA作为核外遗传信息系统及其具有的遗传特点,已成为研究真核生物分子遗传学、发育生物学和分子系统进化的重要模式体系。线粒体DNA是一种核外遗传物质,与核DNA相比,具有分子质量小、结构简     

家蚕追寄蝇线粒体DNA细胞色素b基因及其侧翼tRNA基因的克隆与序列结构和进化分析

家蚕追寄蝇(Exorista sorbillans)为双翅目、寄蝇科、追寄蝇属昆虫,寄生家蚕后引起多化性蚕蛆病。研究家蚕追寄蝇的系统进化关系,有助于探讨其寄生机制。采用PCR技术扩增了家蚕追寄蝇的线粒体DNA(mtDNA)片段,序列分析结果表明:克隆的mtDNA片段大小约1.5 kb,包括完整细胞色素b基因(cyto b)及其侧翼tRNA-Leu基因序列,序列结构与其它21个昆虫物种的同源片段序列结构基本一致,说明线粒体DNA基因排列和基因结构的保守性;家蚕追寄蝇mtDNA的Cyto b蛋白和tRNA-Leu基因的二级结构符合功能大分子的空间结构特征,维持一定的保守进化;双翅目昆虫不同蝇类mtDNA中的cyto b基因、tRNA-Leu基因序列的同源性高,可保证构建蝇类系统发生树的准确性。基于包括家蚕追寄蝇在内的12个双翅目昆虫、5个鳞翅目昆虫、4个鞘翅目昆虫、1个直翅目昆虫的mtDNA cyto b基因编码氨基酸序列的进化分析表明:双翅目中蝇类的进化次序依次为狂蝇科、果蝇科、寄蝇科、蝇科、丽蝇科,寄蝇科与蝇科和果蝇科之间的进化距离较近;鳞翅目处于种系发生树分叉的起点,起源最早,双翅目处于种系发生树分叉的最末端,起源最晚。     

线粒体DNA在家畜遗传多样性研究中的应用

近年来动物线粒体DNA在遗传进化学方面的研究成为分子进化遗传学领域的研究热点,线粒体基因组已成为分子遗传学和系统进化的一个重要模式。作者就动物线粒体DNA的研究及其在家畜遗传多样性研究中的应用作一简要综述。     

家蚕线粒体DNA分子系统学研究展望

线粒体DNA具有独特的结构特征和进化特点,是系统进化研究的一种良好的分子标记。本介绍了动物线粒体DNA的结构特征、进化特点及其在分子系统学业上的应用,并提出通过家蚕及其近缘种的线粒体DNA进化分析,将为家蚕的起源、种系演化以及特定遗传结构的形成原因的研究提供重要证据。     

DNA条形码在柞树主要鳞翅目害虫种类鉴定中的应用

鳞翅目昆虫是柞树的重要害虫类群。为了提高柞园鳞翅目害虫早期测报效率和准确度,建立了以线粒体细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ基因(COⅠ)为标准基因的DNA条形码物种快速鉴定技术。应用该技术对从柞园采集的11种鳞翅目害虫的卵和蛹基因组DNA样品进行PCR及产物测序,得到了供试鳞翅目昆虫卵和蛹594~708 bp长的DNA条形码标准基因。同一种昆虫卵和蛹的DNA条形码序列存在0~2个碱基差异,序列一致度在99.7%~100%之间。供试鳞翅目昆虫DNA条形码序列碱基A、T、G和C的平均含量分别为30.7%、38.5%、14.9%和15.9%。获得的DNA条形码序列与Gen Bank数据库中同源序列相似度性最高物种的DNA条形码序列一致度在91.4%~100%之间,差异度在0~8.6%之间,其中有10种鳞翅目昆虫的卵和蛹的样品(编号1~20)与Gen Bank数据库中同源序列的一致度在99%~100%之间,差异度为0~1.0%,只有1种鳞翅目昆虫的卵和蛹样品(编号21、22)与Gen Bank数据库中同源序列的差异度较大,为8.6%。结果表明:应用建立的DNA条形码技术,可以根据天幕毛虫等鳞翅目害虫的卵和蛹基因组DNA快速、准确地对害虫进行种类鉴定。     

猪线粒体DNA研究应用进展

线粒体DNA是分子生物学研究中的重要分子标记之一,目前在进化遗传学、动物生产性能及医学等多个领域展开研究并取得相关成果。论文简要阐述了猪线粒体DNA的基本组成和特征、研究方法及研究进展概况,并对其研究前景进行了展望,期望对猪线粒体DNA的相关研究提供一定的理论依据和参考。     

鱼类mtDNA及其非编码区的研究概况

自从上世纪80年代以来,线粒体DNA一直是分子生物学研究中的一个热点领域,已成为鱼类进化生物学和群体遗传学研究的重要分子遗传标记。文章介绍了鱼类线粒体DNA结构特征及研究方法,重点介绍了鱼类线粒体DNA非编码区结构研究的概况。     

麋鹿mtDNA控制区序列遗传多样性分析

为研究北京南海子麋鹿苑麋鹿的遗传多样性和进化系统,采用聚合酶链式反应(PCR)技术对13头麋鹿mtDNA控制区(D-环区)进行全序列扩增,对所得PCR产物进行测序,获得1 199 bp核甘酸序列片段,G+C含量占39.1%,其中仅有6个位点存在变异和转化,3种单倍型多样性为0.295,核苷酸多样性为0.039%。证明麋鹿的遗传多样性较低。将所测的麋鹿样本的mtDNA控制区序列与马鹿、坡鹿等鹿亚科动物进行比较,构建NJ分子系统发育树,研究其种间亲缘关系最近的为坡鹿、泽鹿。     

熊蜂属系统进化的分子生物学研究进展(综述)

近年来,分子生物学的迅速发展和广泛应用,使得熊蜂属系统进化研究方法发生重大的变化,系统进化的分子生物学研究方法正慢慢地向传统系统进化方法渗入.与传统的表型特征相比较,分子生物学方法受到环境的影响较少,因而更能反映出生物体在演变进化过程中的本质,其研究结果也更可靠.本文就目前国内外熊蜂属系统进化领域的分子生物学研究方法进行了综述,主要包括染色体计数法、蛋白质分析法、DNA测序法.     

中国地方猪种线粒体基因组遗传多样性及其系统发育分析

为从分子水平上探究中国地方猪种遗传多样性和分类地位,本试验采用生物信息学方法比较了6个类型共22个中国地方猪种的线粒体基因组全序列,分析了其多态性,并构建了6个类型猪种线粒体D-loop区单倍型的网络中介图以及基于线粒体D-loop序列、Cytb基因、完整编码区序列的系统进化树。结果表明,6个类型22个猪种中共检测到了144个多态位点,22种单倍型,说明地方猪种具有丰富的遗传多样性;地方猪线粒体基因组序列中核苷酸变异以转换为主,且Ti/Tv大于转换/颠换比临界值（2.0）,变异位点均符合中性突变。6个类型猪种间遗传距离均较小,且有共享单倍型。系统进化树结果表明,6种类型地方猪种主要聚为两个支系。表明线粒体D-loop序列及Cytb基因均可作为研究种内系统发育、起源进化的分子标记。     

Genetic Diversity and Phylogenetic Relationships of the Complete Mitochondrial Genome in Chinese Indigenous Pig Breeds

In order to explore the genetic diversity and the classification status of the Chinese domestic pigs at the molecular level, the complete mitochondrial DNA (mtDNA) genomic sequences of 22 Chinese indigenous pig breeds from 6 types were downloaded from GenBank for the analysis using the bioinformatics method. The polymorphism of nucleic acid sequences was analyzed,the molecular phylogenetic tree based on D-loop sequences, Cytb gene, complete coding region mtDNA sequences and the Median-Joining network of the mtDNA D-loop haplotypes were constructed for 22 pig breeds from 6 types. The results showed that a total of 144 mutation sites among 22 pig breeds were detected, 22 haplotypes were discovered, which indicated that Chinese indigenous pig breeds had abundant genetic diversity. According to the complete mtDNA genomic sequences analysis, which suggested that the main mutations was transition, the transition/transversion ratio was greater than 2.0 and all mutations were in line with the neutral mutation. Our findings clearly demonstrated that there was a near genetic distance among 6 types, meanwhile, the shared haplotypes were found. The phylogenetic tree showed that Chinese indigenous pigs from 6 types were diverged from two ancestors.The results indicated that mtDNA D-loop and Cytb gene might serve as molecular markers for phylogenesis, origin and evolution.     

云南保种山羊线粒体DNA限制性酶切研究

采用碱变性法,提取来自云南省不同地区４个保种山羊的１３个个体的线粒体ＤＮＡ（ｍｔＤＮＡ）,并用ＡｐａⅠ,ＡｖａⅠ,ＢａｍＨⅠ,ＢｃｌⅠ,ＢｃＩⅠ,ＢｇｌⅡ,ＣｌａⅠ,ＤｒａⅠ,ＥｃｏＲⅠ,ＥｃｏＲⅤ,ＨａｅⅠ,ＨｉｎｄⅢ,ＫｐｎⅠ,ＰｓｔⅠ,ＰｖｕⅡ,ＳａｃⅠ,ＳａｌⅠ,ＳｍａⅠ,ＳｔｕⅠ和ＸｈｏⅠ等２０种限制性内切酶进行酶切分析。结果发现它们的线粒体ＤＮＡ的分子量大小约为１５．８Ｋｂ;不同限制性内切酶的酶切位点分别为：ＤｒａⅠ有７个酶切位点,ＡｖａⅢ有６个酶切位点,ＥｃｏＲⅤ和ＳｔｕⅠ共有５个酶切位点,ＨｉｎｄⅡ和ＨａｅⅡ有４个酶切位点,ＢａｍＨⅠ,ＢｇｌⅡ,ＰｓｔⅠ和ＰｖｕⅡ有３个酶切位点,ＡｐａⅠ,ＣｌａⅠ有两个酶切位点,其余有１个酶切位点。各保种山羊间未发现变异,说明云南的４个保种山羊极可能来自于共同的母性祖先。     

基于线粒体基因COI和cyt b序列的山雀科、攀雀科及长尾山雀属鸟类的分子系统发育分析

过去的几十年来对山雀科鸟类及其亲缘类群的系统发育关系的研究很多,然而,由于各研究采用不同的遗传标记,关于这些物种间系统发育关系的争议越来越大.在本研究中,我们采用最大似然法和贝叶斯法分析所获得的15个物种(10个山雀科物种,4个长尾山雀属物种和中华攀雀)的线粒体基因cyt 6和COI片断的联合序列.基于不同片断和分子进化模型间的一致性且强烈的支持,山雀科及其亲缘类群物种间的系统发育关系得到了很好的解决.和以往用不同的遗传标记研究结果一样,山雀科和攀雀科的单系性得到支持,而山雀科和长尾山雀属的单系性则被拒绝.我们的结果建议将山雀属亚属Machlolophus提升为属.虽然在我们的研究中,长尾山雀属的系统发生关系获得很高的支持,然而,考虑到该属物种内的分子和形态性状的差异,还需要更多的数据来解决该属的系统发育.基于该属物种的多样性和特有化格局,我们认为中国西南山地很可能就是该属的演化中心.以每百万年2%的进化速率来估算物种的分化时间,结果表明该属物种的分化时间为从晚第三纪到第四纪(从5.5至0.1百万年).经比较分析,我们发现同域分布的物种存在着一致的遗传分化格局.     

家蚕地方品种线粒体基因组A+T丰富区的序列及分子进化分析

为了研究家蚕线粒体基因组A+T丰富区的结构和家蚕品种的进化,用PCR方法扩增了12个家蚕(Bombyxmori)地方品种线粒体基因组A+T丰富区及其侧翼序列,分离纯化后克隆到pMD18-T载体进行测序。序列分析表明,克隆片段长度约1.1 kb,基因排列顺序与C108线粒体相同,依次为12S rRNA基因3′端、A+T丰富区、tRNAMet、tRNAIle、tRNAGln和ND2基因5′端,在tRNAGln和ND2基因之间有47 bp的非编码区。以日本野桑蚕(Bombyxmandarina)为外群,用Phylip软件包构建了基于12个家蚕品种线粒体基因组A+T丰富区序列的NJ进化树。结果显示,甘肃种单独聚为一群,其进化早于其它11个品种聚成的类群,说明甘肃种是供试家蚕品种中进化最早的品种。这一结果在分子水平上为黄河流域是家蚕品种的发祥地之一提供了证据,也进一步支持了家蚕品种的中国起源说。对A+T丰富区及其侧翼基因的结构分析表明,家蚕线粒体12S rRNA和ND2基因都十分保守,14个品种统计只分别发生1个和2个碱基转换;A+T丰富区中(A+T)比例高达94.9%以上,第27 nt开始有1个T-串结构,长度为16~19 bp不等;同时还根据3个tRNA基因的核苷酸序列推定了其二级结构。     

家畜线粒体DNA（mtDNA）的研究

本文概述了家畜特别是牛和猪线粒体ＤＮＡ研究的概况和取得的成果，介绍了家畜线粒体ＤＮＡ的一些特征，限制性酶及限制性酶分析以及线粒体ＤＮＡ在家畜种间和品种间的多态性，并讨论了这种多态性，作为一个重要的母性遗传标记在考查家畜种及品种起源和演化上的意义。