新疆地方绵羊品种Cytb基因遗传多样性与系统进化分析

[目的]为全面了解新疆地方绵羊品种的遗传多样性和系统发育关系,为后期选种、保种和种质资源合理利用提供理论依据.[方法]对新疆13个地方绵羊品种线粒体DNA细胞色素b(cytochrome b,cytb)基因序列进行PCR扩增和测序分析.[结果]除和田羊外,其余12个品种遗传多样性均较丰富;中性检验显示和田羊经历过种群扩...     

贵州麻羊mtDNA Cytb基因遗传多样性分析

对贵州麻羊13个个体线粒体DNA细胞色素b基因全序列进行直接测序比对。结果表明,山羊线粒体细胞色素b基因全长为1140bp,T、C、A和G碱基的平均含量分别为26．8％、28．2％、31．9％和13．1％,碱基组成的百分比中显示出G的相对缺乏,A＋T含量（58．7％）比G＋C（41．3％）含量高;总共发现6个变异位点,分别为174、576、594、721、852、1068;观察到3种单倍型;构建了16个山羊个体的N-J树,显示贵州黔北麻羊存在2个母系起源。     

基于线粒体Cytb基因分析我国乌骨鸡遗传多样性

乌骨鸡(Gallus gallus domesticus)是我国优良的鸡遗传资源,通常被认为具有一定药用价值。为研究我国乌骨鸡品种的遗传多样性,对丝羽乌骨鸡、东乡绿壳蛋鸡、金湖乌凤鸡、余干乌骨鸡和竹丝鸡等5个乌骨鸡品种的197个个体线粒体DNA的Cytb基因全序列进行检测。结果表明：5个乌骨鸡品种的Cytb基因序列全长为1 143 bp,共检测到15个核苷酸多态位点,界定出9个单倍型。总体单倍型多样性、核苷酸多样性和平均核苷酸差异分别为0.715±0.018、0.001 23±0.000 54和1.404。中介网络图分析显示,5个乌骨鸡品种单倍型呈星状发散分布,不同群体包含的单倍型存在一定的差异,形态学和地理分布不明显。遗传距离分析表明,竹丝鸡和丝羽乌骨鸡遗传距离较远,母系可能来自其他品种。这一研究为我国乌骨鸡遗传资源的保护、选育和鉴定提供了遗传背景信息。     

贵州黑山羊mtDNA Cytb基因遗传多样性分析

[目的]研究分析了贵州黑山羊mtDNACytb基因的遗传多样性,为贵州黑山羊遗传资源的保护、开发及利用奠定分子遗传学方面的基础。[方法]测定贵州黑山羊品种16个个体的细胞色素b基因全序列,分析其碱基组成和序列间碱基的变异。[结果]在该品种(群体)中观察到6次T-C间发生碱基转换,其中有5个碱基替换发生在密码子第3位点,有1个碱基替换发生在密码子第1位点,且所有的变异均为同义突变;观察到4种单倍型。单倍型多样度(H)为0.442,核苷酸多样度(π值)为0.145%+0.159%。以绵羊为外群构建分子系统发生树,结果初步提示,贵州黑山羊有两个母系起源,其中支系A占81.25%(13/16),支系B占18.75%(3/16)。[结论]贵州黑山羊有两个母系起源(支系A和支系B),且该品种线粒体DNA多态度较为贫乏。     

贵州务川黑牛mtDNA Cytb基因遗传多样性研究*

 务川黑牛是贵州省新近发现的独特地方品种,其起源和系统地位尚存争议。测定了22个务川黑牛的Cyt b基因全序列,结合已报道的中国9个黄牛品种17个个体的Cyt b基因全序列进行分析,结果显示：务川黑牛的Cytb基因全长1140 bp,共检测到21个核苷酸多态位点。碱基A+T平均含量为567%,显著高于G+C平均含量43.4%,第3密码子表现出较强的碱基组成偏倚。定义了8种单倍型且突变类型仅存在转换,表明务川黑牛的Cyt b基因的遗传多态性较为丰富。邻接法(NJ）构建的分子系统树表明,务川黑牛有2个母系起源即普通牛起源和瘤牛起源。     

黑龙江流域黑斑狗鱼遗传多样性的Cytb基因初探

[目的]了解黑龙江流域黑宽狗鱼不同地理群体的遗传多样性,为其种质资源的保护和开发提供分子的依据。[方法]从4尾来自黑龙江、17尾来自乌苏里江和5尾来自牡丹江的黑斑狗鱼中提取DNA,测定其线粒体DNA细胞色素b基因序列,采用Kirmra2-parameter模型计算各群体间和单倍型间的遗传距离;以白斑狗鱼为外类群,用邻接法构建系统发育树,构建单倍型的简约性网络图;根据单倍型多样性和核苷酸多态性等信息评估种群的遗传多样性。[结果]获得黑斑狗鱼细胞色素b（Cytb）基因1053bp序列,其中G含量最低,仅14．2％,A＋T含量（57．7％）高于G＋C含量（42．3％）;变异位点有8个,总变异率为0．76％,其中简约信息住点有3个;序列中无插入和缺失,转射颠换为7／1,26尾黑癍狗鱼中共有7个单倍型,单倍型多样性（H）较高（0．76308±0．00315）,但核苷酸多态性（π）极低（0．00126）;3个地理群体黑斑狗鱼群体间遗传距离小（0．067％～0．143％）。[结论]黑龙江流域3个群体的26尾黑斑狗鱼属于同一个种群,其遗传多样性极为贫乏,种质资源亟需得到有效保护。     

中国矮马群体mtDNA Cytb基因遗传多样性及系统进化研究

【目的】利用线粒体细胞色素 b（mtDNA Cytb）基因为标记,从分子水平探讨中国5个矮马136个样本的遗传多样性和系统进化研究,为中国矮马的开发利用以及生物多样性保护提供基础资料。【方法】对矮马样本mtDNA Cytb基因进行PCR扩增和测序,运用现代生物信息学方法进行数据处理。【结果】共检测到27个单倍型,40个多态位点,约占分析位点总数的3.51%。云南矮马具有最高的单倍型多样度（Hd）（0.869）,最低的为四川矮马（0.740）,核苷酸多样度（Pi）最高的为贵州矮马（0.00435）,最低的为宁强矮马（0.00227）,各群体间的遗传多样性相差不大。系统发育树和NETwork图中每一分支均含有5个矮马群体的信息。【结论】5个矮马群体总体上具有较高的遗传多样性,其中云南、贵州及德保矮马的遗传多样性相对较高,四川和宁强矮马相对较低;系统发生关系分析说明中国5个矮马群体存在基因交流,具有多重母系起源。     

基于Cytb基因的江苏省大银鱼种群遗传多样性和遗传结构分析

为了解江苏省湖泊大银鱼(Protosalanx hyalocranius)种群遗传多样性及遗传结构,基于PCR扩增与测序技术对太湖、高邮湖、洪泽湖和骆马湖等4个群体共160尾大银鱼的线粒体Cytb基因序列进行分析.结果显示,160条Cytb基因序列共发现25个变异位点,其中单一信息位点11个,简约信息位点14个.4个群...     

中国西北6个地方绵羊品种mtDNA的遗传多样性研究

基于PCR-SSCP和克隆测序技术,分析了西北6个绵羊品种的群体内和群体间的遗传变异,通过对DNA序列的多重比对,得出A、B、C 3种单倍型,在D-loop区内的碱基替换全部为转换;绵羊mtDNA D-Loop区中存在着明显的长度变异,引起变异原因主要是由于1个或几个碱基或串联重复基元序列的插入(或缺失)造成的,不存在绵羊品种特异性;本试验研究的绵羊在各个不同片段中所扩增出的A、B、C 3种单倍型基本一致,但不是完全连锁,存在着微小的差异;用NJ法构建了系统进化树,可明显看出中国6个绵羊品种3种单倍型的分类情况,单倍型树表明新疆的巴音布鲁克羊和卡拉库尔羊之间的遗传关系最近.     

贵州山羊遗传多样性及其起源研究

采用DNA测序技术分析了贵州3个山羊品种42个个体的mtDNA D—loop全序列。结果表明,贵州山羊mtDNA D—loop全序列分子长为1212～1213bp,检测到67个变异位点,约占分析位点总数的5．53％,界定了33种单倍型。贵州山羊品种单倍型多样度为0．9615～0．9905,核苷酸多样度为1．5883％～1．9004％,表明贵州山羊品种遗传多样性丰富。根据mtDNA单倍型构建了贵州山羊的NJ分子系统树,聚类表明,贵州山羊存在支系A和支系B两大母系起源。     

基于线粒体Cytb基因和D-loop区的野生与养殖小黄鱼群体遗传多样性

为研究野生与养殖小黄鱼群体的遗传多样性,基于mtDNA Cytb基因和D-loop控制区对舟山嵊泗海域(SS)和象山三门口海域(SMK)2个小黄鱼野生群体和1个养殖群体(YZ)的遗传结构与遗传分化等进行比较分析。序列分析结果显示,Cytb基因序列为841 bp,其A+T含量(50.2%)与C+G含量(49.8%)相似;D-loop区序列为629～635 bp, A+T含量(58.9%)远高于C+G含量(41.1%)。SS、SMK和YZ群体Cytb基因的单倍型数分别为26、27和12,SS和SMK群体共享2个单倍型(Hap1和Hap13),SMK和YZ群体共享1个单倍型(Hap41);SS、SMK和YZ群体D-loop区的单倍型数分别为27、30和10,SS和SMK群体共享1个单倍型(Hap4)。多样性分析结果显示,3个群体均属于高单倍型多样性(H_d>0.5),其中,SS和SMK群体单倍型多样性和核苷酸多样性高于YZ群体,表明野生群体多样性略高于养殖群体。遗传分化指数显示,2个小黄鱼野生群体间的分化程度极小,而养殖群体与野生群体间存在中度分化。遗传分化指数和A...     

新疆小麦地方品种遗传多样性的SSR分析

为了评价新疆小麦地方品种的遗传多样性,利用42对SSR引物对75份新疆小麦地方品种进行遗传多样性分析。结果表明：在75份地方品种中42个SSR位点共检测到317个等位变异,等位变异变化范围为2~15个,平均7.55个;多态性信息指数(PIC值)变化范围为0.169~0.905,平均0.696。基因组的平均等位变异是D＞B＞A,遗传多样性指数为B＞D＞A。聚类分析表明75份供试新疆小麦材料可划分为3大类8亚类,聚类结果与材料的生态型密切相关,冬小麦地方品种和春小麦地方品种分别归属不同的类或亚类,春小麦地方品种的遗传多样性高于冬小麦地方品种,同时也反映了一定的地域特性。总之,新疆小麦地方品种具有丰富的遗传多样性,可用以拓宽育成品种的遗传基础。     

利川马mtDNA Cytb基因遗传多态性分析

利用PCR和生物信息技术,对22匹利川马线粒体DNA Cytb基因全序列的遗传多态性及系统进化进行了分析.结果发现,利川马的Crtb基因全序列为1140 bp,并且检测到9种单倍型和26个核苷酸多态位点,约占所测核苷酸总长的0.53%.利川马mtDNA Cytb基因单倍型多样度为0.840 0,核苷酸多样度为0.0486.表明利川马mtDNA Cytb基因遗传多态性较丰富.根据mtDNA Cytb基因序列构建的NJ树,发现利川马是多起源的物种.     

锡林郭勒绵羊品种遗传多样性研究进展

内蒙古锡林郭勒绵羊肉制品的优良品质,但市场上出现以其他品种的羊肉制品冒充的情况,为确实做好内蒙古锡林郭勒绵羊地理标志保证产品,保护生产者、经营者与消费者的权益,需开发有效手段对各绵羊品种进行准确有效的区分鉴别,笔者就现如今绵羊品种遗传多样性研究现状,归纳其遗传多样性研究的分析方法,主要对限制性片段长度多态性(RFLP)、微卫星、单核苷酸多态性(SNP)等方法进行论述,阐述现有的研究结果与结论,论述当前锡林郭勒绵羊品种遗传多样性研究现状与问题难点,旨在为深入锡林郭勒绵羊品种遗传多样性研究工作提供参考.     

以Cytb基因探讨家马的母系起源

本研究通过对目前GenBank中登录的所有家马Cytb基因的850nt(核苷酸)的同源序列进行比较分析,应用系统发育分析方法从分子水平探讨家马的母系起源及其驯化过程,以期为家马遗传资源的评价、保护与利用提供分子生物学依据.结果发现家马在该基因区域内存在丰富的多态现象,尤以蒙古马的变异最为丰富.系统发育分析结果发现,所有家马的该基因的同源序列聚为了A～G7个分支.蒙古马具有多重母系起源,而韩国Jeju马的母系来源较单一.另外,普氏野马与蒙古马亲缘关系较近.     

不同品种绵羊D-loop区遗传多样性研究

线粒体DNA(Mitochondria DNA,mtDNA) D-loop区的进化速度快且多态性丰富,因此在生物的遗传多样性和起源进化研究中具有重要意义.采用PCR扩增和基因测序的方法分析甘肃高山细毛羊(G)、欧拉羊(O)、杜泊羊(D)、蒙古羊(M)、小尾寒羊(S)和湖羊(H)的线粒体DNA D-loop区遗传多样性和...     

新疆南部3个地方品种绵羊的遗传相关性分析

利用随机扩增多态性DNA(RAPD)技术研究了多浪羊、叶城羊和卡拉库尔羊间的亲缘关系.从40条随机引物中筛选出15条具多态性引物,其中8条多态性引物的稳定性较好,扩增产物用1%琼脂糖凝胶电泳分离,用凝胶成像系统对电泳图谱进行分析并拍照保存.将实验结果进行聚类分析,发现多浪羊与叶城羊(遗传距离0.670)、卡拉库尔羊(遗传距离0.540)的亲缘关系均较远;另外,卡拉库尔羊产双羔成年母羊与公羊的遗传距离小于绵羊种间遗传距离(遗传距离0.072),与产单羔成年母羊的遗传距离最小(遗传距离0.063).     

新疆地方绵羊ND2基因多态性及系统发育分析

为研究新疆地方绵羊遗传多样性和系统进化,以塔什库尔干羊、和田羊和多浪羊为研究对象,采用PCR、测序法和生物信息学方法分析绵羊NADH脱氢酶亚单位2(NADH dehydrogenase subunit 2,ND2)基因核酸序列。结果表明,共发现了22个多态位点,其中有9个单一多态位点,简单信息位点(2个碱基)有13个;299和883位点是非同义突变;绵羊群体单倍型多样度(Hd)为0.641,核苷酸多样度(Pi)为0.357%,平均核苷酸差异数(k)为3.4;D世系发现多浪羊个体。结果支持摩弗伦羊是家绵羊野生祖先的观点。     

基于Cytb基因序列的拟硬刺高原鳅遗传多样性研究

[目的]探究拟硬刺高原鳅种群的遗传多样性和分化程度。[方法]采用聚合酶链式反应（PCR）和直接测序方法获得拟硬刺高原鳅线粒体DNA（mtDNA）细胞色素b（Cytb）基因的全序列。[结果]拟硬刺高原鳅3个种群共58个个体均获得Cytb基因的全长序列（1 140 bp）,共定义了20个单倍型,拟硬刺高原鳅宝库河种群遗传多样性低于黄河种群。[结论]拟硬刺高原鳅黄河种群和宝库河种群间存在显著的分化,建议在实践中将2种群分开管理和保护,以达到保护种群遗传多样性的目的。     

都柳江鲇形目两种经济鱼类种群Cytb基因的遗传多样性分析

【目的】研究分析贵州都柳江鲇、斑鳠种群细胞色素b基因(Cytb)的遗传多样性,为都柳江鲇形目经济鱼类资源的保护和开发利用提供参考依据。【方法】以PCR扩增都柳江鲇、斑鳠种群的Cyt b基因序列,经双向测序、拼接后采用相关在线软件进行序列变异及遗传多样性分析。【结果】都柳江鲇、斑鳠种群Cytb基因序列均为1122 bp,分别检测到46和15个变异位点,对应定义为11个单倍型(NHap1~NHap11)和10个单倍型(BHap1~BHap10)。都柳江鲇、斑鳠种群的单倍型多样性指数、核苷酸多样性指数分别为0.646、0.00899和0.610、0.00101。都柳江鲇、斑鳠种群Cyt b基因序列均编码374个氨基酸,包含20种氨基酸,以亮氨酸平均含量最高(17.65%和16.58%)、半胱氨酸平均含量最低(0.80%和0.78%)。4种碱基在这两种鱼类Cyt b基因密码子第1位点上出现频率约等,在第2、3位点上的出现频率则存在明显差异。都柳江鲇、斑鳠种群Cytb基因密码子第3位点上的变异频率显著高于第1和第2位点,但第3位点上的变异多为同义突变。【结论】都柳江鲇种群大小稳定,具有较丰富的遗传多样性;都柳江斑鳠种群遗传多样性较匮乏,可能经历过瓶颈效应和种群扩张事件,急需开展种群保护和恢复工作。