京海黄鸡体组成性状的全基因组关联分析

为了获得影响京海黄鸡体组成性状的SNPs标记及候选基因,为京海黄鸡的进一步遗传改良提供新的方法,本研究使用Illumina公司的鸡60KSNP芯片,对京海黄鸡13个体组成性状进行全基因组关联分析。共筛选出13个与体组成性状达到5%Bonferroni全基因组显著相关的SNPs(P1.8E-6),130个达到5%Bonferroni全基因组潜在相关的SNPs(P3.59E-5)。13个显著SNPs位于GRIK1、NCAPG、KCNIP4和CACNA2 D2等12个基因的附近或内部,其中6个SNPs位于4号染色体上一个1.6Mb区域(74.3~75.9Mb)。130个潜在显著的SNPs中,有25个集中分布在4号染色体上的一个7.4Mb(71.5~78.9Mb)的区域内。共构建了5 650种单倍型,其中,14个与京海黄鸡6个体组成性状显著相关,14个单倍型中,9个位于4号染色体74.3~75.9Mb区域内,该区域内包括LCORL、QDPR、KCNIP4、LDB2和FAM184B在内的多个功能基因。本研究结果表明,位于4号染色体的71.5~78.9 Mb区域以及该区域附近的GRIK1、NCAPG、KCNIP4、CACNA2 D2、LCORL、QDPR、KCNIP4、LDB2和FAM184B基因对京海黄鸡的体组成有重要影响。     

京海黄鸡翅重性状的全基因组关联分析

试验旨在揭示京海黄鸡翅重性状的遗传基础,寻找可用于京海黄鸡翅重性状改良的分子标记。本研究以京海黄鸡核心群母鸡为基础,测定了屠宰时的单侧翅重,利用简化基因组测序技术进行全基因组关联研究(GWAS),检测与翅重相关的SNPs位点。结果表明:共检测到7个与翅重相关的SNPs位点,其中,rs2011502599、rsz26128672、rs1830645和rs475641139 4个SNP位点达到全基因组显著水平(P5.5E-07),rs476249085、rs475679707和rs473712263 3个SNP位点达到全基因组潜在显著水平(P1.1E-05);筛选每个显著SNP周围1Mb区域内的基因,共找到7个可能的候选基因,分别为PGO2、SMARCA2、ZNF302、QDPR、FBXL5、LDB2、PPARGCIA 7个基因;使用G0数据库对7个候选基因的细胞组分、分子功能和参与的生物进程进行分析发现,4个SNPs集中分布在4号染色体上的73.71~76.25Mb的区域内。表明PGO2、SMARCA2、ZNF302、QDPR、FBXL5、LDB2、PPARGC1A 7个基因和4号染色体73.71~76.25Mb区域可能为影响京海黄鸡翅重性状的重要候选基因和区域。     

京海黄鸡新城疫和传染性支气管炎抗病性状的全基因组关联分析

旨在寻找影响京海黄鸡新城疫和传染性支气管炎抗病性状的SNP位点。本研究采用简化基因组测序的方法,检测京海黄鸡基因组的SNP位点,并对这些位点与新城疫和传染性支气管炎性状进行关联分析。结果表明:在基因组水平上有1个与京海黄鸡新城疫抗病性状显著相关的SNP位点,7个与该性状潜在显著的SNPs位点,并将这些位点定位到5个基因上,分别为EEA1、CARS2、SCML2、GRP20以及TOMIL2基因,这些基因均可能影响或调控机体的抗病及免疫能力,可以考虑作为京海黄鸡新城疫抗病性状的候选基因作为后续研究。没有发现与京海黄鸡传染性支气管炎显著相关的SNP位点,该性状可能是复杂性状,受到多种因素的影响。因此,本研究发现的几个标记位点可能对京海黄鸡的新城疫抗病性状存在一定的影响,可以作为候选基因,为京海黄鸡抗病育种过程中的标记辅助选择提供参考资料。     

STATTAT5b基因多态性及其与京海黄鸡繁殖性状的相关分析

以信号转导和转录激活子5b(STAT5b)基因为候选基因,采用PCR-SSCP和DNA测序技术检测STAT5b基因在京海黄鸡、边鸡、尤溪麻鸡和AA鸡4个群体中的单核苷酸多态性(SNPs),并与京海黄鸡繁殖性状的相关性进行研究。结果表明,就STAT5b基因P1位点而言,在4个鸡群体中检测到6种基因型(DD、DE、DF、EE、EF、FF)。克隆测序发现,与DD基因型相比EE和FF基因型中存在2个突变(A9221G、T9401C)。就P2位点而言,在4个鸡品种中检测到3种基因型(GG、GH和HH),克隆测序发现,与GG基因型比较HH基因型有3个突变(C11159T、T11183C和T11252C)。最小二乘分析结果显示,DF基因型的京海黄鸡300日龄产蛋数显著高于EE基因型的京海黄鸡个体(P0.05),其他性状基因型间无差异(P0.05);GG基因型京海黄鸡300日龄体重显著高于GH基因型的京海黄鸡个体(P0.05),其他性状基因型间无差异(P0.05)。单倍型分析产生8种单倍型,10种单倍型组合。单倍型组合H1H3和H1H8京海黄鸡个体300日龄产蛋数最多;单倍型组合H1H7京海黄鸡个体300日龄蛋重最大;H1H1单倍型组合京海黄鸡个体300日龄体重最高。因此,推测STAT5b基因P1、P2位点对京海黄鸡繁殖性状有一定影响。     

鸡GSTA2基因5′UTR区域变异及其与重要经济性状关联性

试验旨在分析GSTA2基因的SNPs和杏花鸡与隐性白洛克鸡F2群体的肉质、生长和屠体性状的相关性。试验采用Sanger测序从359个杏花鸡与隐性白洛克鸡F2群体的基因组序列中筛选到4个GSTA2基因的SNPs,均位于5′UTR区域。利用SPSS 22.0软件对4个SNPs与杏花鸡和隐性白洛克鸡F2群体的经济性状进行了关联分析。结果显示:4个SNPs与杏花鸡和隐性白洛克鸡F2群体的体重、胫长、肤色等性状显著相关。对4个SNPs进行单倍型分析发现SNP1、SNP3、SNP4组成的单倍型AGAGTT与鸡的翅重有显著相关性,SNP2、SNP4组成的单倍型GGTT与鸡的胫长有显著相关性。结果表明GSTA2基因的SNPs显著影响鸡的经济性状,可以作为鸡经济性状选育的候选分子标记。     

京海黄鸡腹脂重性状的全基因组关联分析

试验旨在揭示京海黄鸡腹脂重性状的遗传基础,寻找可用于京海黄鸡腹脂重性状改良的分子标记。本研究以京海黄鸡核心群母鸡为研究对象,测定屠宰时的腹脂重,利用简化基因组测序技术进行全基因组关联研究(GWAS),检测与腹脂重相关的SNPs位点。结果显示,共检测到5个在全基因组水平上与腹脂重存在潜在显著关联的SNP位点(P<1.1×10^-5),并且4个处于染色体水平显著,分别为rs18144674、rs18144680、rs12246236、rs12257795。其中rs18144674、rs18144680、rs19745739位于2号染色体上一个1.6Mb区域内,rs12246236、rs12257795位于14号染色体上1个12kb区域内。筛选这2个区域0.1Mb范围内的基因,共找到11个可能的候选基因,分别为VIM、TRDMT1、AXIN1、PDIA2、ARHGDIG、gga-mir-1763、gga-mir-1564、CLCN7、ECL1、DNASE1和SDOS基因。使用GO数据库对该基因的细胞组分、分子功能和参与的生物进程进行分析,由结果推断出这些基因可能为影响京海黄鸡腹脂重性状的候选基因。     

STAT5b基因2个SNPs位点与京海黄鸡生长和繁殖性状的关联分析

采用PCR-SSCP方法检测京海黄鸡、AA鸡、尤溪麻鸡、边鸡4个鸡品种STAT5b基因5′调控区部分序列的多态性,并分析其对京海黄鸡生长和繁殖性状的遗传效应,利用PHASE软件对2个多态位点进行单倍型分析。在5′调控区检测到C-1591T、G-250A 2个SNPs;单倍型分析产生4种单倍型H1(CG)、H2(TG)、H3(CA)、H4(TA),单倍型组合H1H4对初生重有极显著影响(P0.01);单倍型组合H3H4与8、16周龄体重存在正相关(P0.05),单倍型组合H1H2对开产蛋重有极显著影响(P0.01);单倍型组合H3H4的开产体重极显著高于其他单倍型组合(P0.01);在300日龄体重上,单倍型组合H1H1和H1H3显著高于H4H4(P0.05)。京海黄鸡STAT5b基因5′调控区的多态性对其生长和繁殖性状有一定影响,但是否可以作为影响京海黄鸡生产性状的遗传标记需进一步研究。     

10个SNPs与京海黄鸡生长性状的关联性分析

为了筛选影响京海黄鸡生长性状的SNP标记,寻找影响生长性状的关键基因,本研究利用定制的SNP芯片,对396只京海黄鸡10个SNPs位点直接进行SNP分型,并与京海黄鸡12个生长性状进行关联分析。结果显示,10个SNPs中,共检测到9个SNPs与京海黄鸡1个或多个生长性状显著相关(P0.05),这其中有6个SNPs与2个以上的生长性状显著相关(P0.05),另外3个SNPs(rs431883888,rs16432721和rs16434767)分别与8周龄体质量(BW8)、0~4周龄平均日增重以及2周龄体质量(BW2)显著相关(P0.05)。此外,rs15618356,rs15618356和rs15620544与很长一段时期内(2~16周龄)的生长性状相关(P0.05)。rs431883888,rs16438236,rs16432721和rs16434767对京海黄鸡早期生长性状(2~8周龄体质量)有显著影响(P0.05),而rs14489341和rs13939265与京海黄鸡后期生长性状(8~16周龄体质量)显著相关(P0.05)。遗传学参数表明需要进一步对京海黄鸡进行选育来增加有利基因型的频率。在显著SNPs位点附近共找到8个可能的候选基因,大部分基因在鸡尚属首次报道,其功能尚需进一步研究。本研究验证了之前鸡生长性状的GWAS结果,为京海黄鸡乃至地方鸡种的分子标记辅助选择奠定了基础。     

京海黄鸡禽流感抗病性状的全基因组关联分析

试验旨在寻找影响京海黄鸡禽流感抗病性状的分子标记.本研究以京海黄鸡核心群母鸡为基础,测定了血清中的禽流感(H5亚型)抗体滴度,利用简化基因组测序技术进行全基因组关联分析(genome-wide association studies,GWAS),检测与禽流感抗体滴度相关的SNP位点.结果发现2个在染色体水平上与禽流感抗病性状显著相关的SNPs位点,分别位于4号和10号染色体上,其中10号染色体上的SNP位于RNA甲基转移酶家族基因Nsun7内部.该基因与细胞增殖和分化、蛋白质的生物合成密切相关,具有重要的生物学功能,推断其可作为影响京海黄鸡禽流感抗病性状的新的候选基因.     

鸡体质量性状基因的全基因组关联研究

旨在利用全基因组关联分析(GWAS)方法挖掘畜禽各种经济性状相关候选基因及分子标记.本试验利用鸡的60 K SNP芯片,对北京油鸡初生、28、56、80和100日龄体质量进行GWAS研究.结果表明,共有9个SNPs位点达5％全基因组显著水平,与28或100日龄体质量显著相关,在这些显著位点附近包括LYRM1、LDB2等基因;还有96个SNPs位点达全基因组潜在显著水平,与检测的各个日龄体质量有潜在相关性.这些候选基因和分子标记的揭示为分子标记辅助选择技术的发展积累了素材.     

儋州鸡体尺性状全基因组关联分析

【目的】 挖掘影响地方鸡体尺性状的有效SNP位点及功能基因, 给儋州鸡育种工作提供有效的数据基础和理论支撑。【方法】 共采集200只儋州鸡血样并提取基因组DNA, 利用10×全基因组重测序技术获得全基因组SNP标记并对试验个体基因型进行分型。使用EMMAX软件基于混合线性模型对70日龄的儋州鸡体尺性状(胫长、胫围、体斜长、胸宽、髋骨宽、胸深、龙骨长)进行全基因组关联分析。【结果】 共发现与胫长性状和胫围性状基因组水平显著相关的SNPs位点有12和8个, 与胫长性状相关SNPs分别定位于1、2、4和8号染色体上; 与胫围性状相关的SNPs定位于2、4、8和13号染色体上。预测与胫长相关的候选基因为KCNA1、TPK1、EZH2、FSTL5和AMY2A基因, 与胫围相关的候选基因为TPK1、FSTL5、AMY2A、TGFBI、LECT2和IL-9。通过KEGG通路分析和GO注释发现, 8个基因参与钾离子跨膜转运、硫胺素新陈代谢、细胞增殖、钙离子结合、骨骼肌卫星细胞维持与骨骼肌再生、细胞受体相互作用、生长因子活性等生物学进程。【结论】 本研究发现了20个与儋州鸡体尺性状关联的SNPs位点, 并筛选到8个目标性状候选基因, 为儋州鸡育种提供候选的分子标记, 为地方鸡标记辅助选择提供新的思路。     

可乐猪乳头数性状全基因组关联分析

乳头数性状是猪最重要的繁殖性状之一,与养猪业的经济效益密切相关。本试验以Illunima Porcine SNP 60K芯片对22头可乐猪进行基因分型,通过Plink 1.07软件,基于混合线性模型对左乳头数、右乳头数和总乳头数性状进行全基因组关联分析。经过严格的质量控制和多重检验之后,共鉴定出全基因组水平潜在关联的SNPs位点4个（P<2.06E-5）;染色体水平显著关联位点3个,潜在关联位点18个;在关联SNP位点可能连锁的上、下游1 cM区间内检索到304个基因,其中Wnt及Fgf信号通路中的候选基因BTRC、FGF5、FGF8和BMP3、RASGEF1B、HMGB3可能影响猪的乳头数性状或繁殖性状。通过全基因组关联分析策略发掘出的关联SNP位点及潜在候选基因,将为可乐猪的选育保种奠定基础。     

大白公猪精液相关性状全基因组关联分析

本研究旨在通过全基因组关联分析技术挖掘大白公猪原精体积、原精密度、精子畸形率、精子总数和有效精子数等性状的关联SNP位点及候选基因。选取498头大白公猪,提取精液DNA,利用Gene Seek 50K芯片进行基因分型,通过混合线性模型计算个体随机效应值来作为全基因组关联分析表型值,利用Farm-CPU法进行全基因组关联分析。结果显示:发现4个与原精体积显著关联的位点,3个与畸形率显著关联的位点;各精液性状共19个潜在关联SNPs,其中17号染色体上的M1GA0021799位点与原精体积、精子畸形率和精子总数均有关联。根据文献和生物学过程推测认为FOXA2、PTMA、TCTE3、CAPN7、SH3P13和CSTS家族基因共9个基因可作为大白公猪精液性状重要候选基因。     

山羊产羔数全基因组关联分析

本研究旨在通过对山羊产羔性状的全基因组关联分析(GWAS),寻找和定位与山羊产羔性状密切关联的新基因。以云南黑山羊6个公羊家系的302只山羊为试验材料,用Illumina公司Iselect Goat60k芯片技术进行SNP分型,分型结果利用plink V1.07的线性回归模型对山羊产羔数性状进行全基因组关联分析。研究结果表明:在2号染色体上有2个SNPs位点与山羊产羔数达到5%基因组水平显著相关(P1.48E-6),分别位于SLC4A10基因的下游和TBR1基因的上游;5个SNPs位点与山羊产羔数达潜在关联(P2.97E-5),分别位于1号染色体SENP7基因上游,21号染色体Hypothetical Protein基因的上游,以及28号染色体WDFY4基因和TMEM26基因的上游、BICC1基因的下游。这些基因可作为山羊产羔数性状的相关候选基因,也可为山羊产羔性状的分子机制研究和今后标记辅助选择的开展提供理论基础及新的研究线索。     

京海黄鸡γ-干扰素水平的全基因组关联分析

试验旨在寻找影响京海黄鸡γ-干扰素(IFN-γ)水平的分子标记。本研究以京海黄鸡核心群母鸡为基础,测定了血清中INF-γ的浓度,利用简化基因组测序技术进行全基因组关联分析(GWAS),检测与INF-γ浓度相关的SNPs位点。结果共检测到1个在基因组水平上与其潜在显著相关的SNP位点,并达到染色体显著水平。该SNP位于2号染色体上MYOM1基因内部。使用GO数据库对该基因的细胞组分、分子功能和参与的生物进程进行分析,由结果推断MYOM1基因可能为影响京海黄鸡细胞因子INF-γ水平的重要候选基因。     

巴马香猪产活仔数性状全基因组关联分析

为寻找与巴马香猪产活仔数相关的分子标记,试验利用全基因组关联分析（GWAS）定位并筛选了影响产活仔数性状的候选基因,采集297头具有多胎产仔记录的巴马香猪耳组织样品,提取DNA并利用猪50K SNP芯片进行基因分型,分型结果经质控与基因型填充后,使用Tassel软件对巴马香猪产活仔数性状进行全基因组关联分析。结果显示,巴马香猪平均窝产活仔数在1~9胎内随着胎次增加逐渐升高;经质控过滤后共获得32 816个SNPs位点,利用全基因组关联分析共筛选到8个与巴马香猪产活仔数相关的SNPs位点,分别在基因组或染色体水平达到显著;对关联显著SNP位点上下游500 kb内的编码基因进行富集分析,并依据猪繁殖性状相关QTL区域及基因功能,最终筛选到4个基因（CAPZB、MSH3、CITED2和HSD17B7）作为影响巴马香猪产活仔数的候选基因。     

硒都黑猪NT5C1A基因组织表达特征及遗传多态性分析

本实验旨在探究猪NT5C1A基因组织表达特征、遗传多态性及其与胴体和肉质性状的关系,为猪肉质性状的遗传改良提供新的分子标记。利用荧光定量PCR检测了NT5C1A基因在16个组织中的表达特征。采用PCR产物直接测序技术在硒都黑猪群体中对NT5C1A基因的SNPs位点进行筛选鉴定,并利用SAS 8.0软件中的混合线性模型分析SNPs位点与猪胴体和肉质性状的相关性。结果显示：NT5C1A基因在腰大肌表达量最高;在硒都黑猪中存在3个SNPs位点,分别为rs81390049 C>T、rs81390048 A>G和rs339707155C>T突变。性状关联分析表明,3个SNPs位点均与猪胴体或肉质性状显著相关。这3个SNPs位点紧密连锁,形成3种单倍型,并且与猪胴体和肉质性状显著关联。综上,NT5C1A基因3个SNPs位点可作为猪肉质性状遗传改良的分子标记。     

早胜牛CAPN1基因多态性及与肉质性状的关联性分析

本研究旨在寻找与早胜牛肉质性状相关的分子标记位点,为下一步采用分子育种方法进行肉用型早胜牛选育提供理论依据。实验共采集早胜牛血液样本320份,采用直接测序法对早胜牛CAPN1基因外显子21至外显子22区域内的多态位点进行检测,使用Haploview 4.2软件分析其连锁不平衡性并构建单倍型,分析单倍型与肉质性状之间的相关性。结果表明,共检测到4个SNPs位点,其中C14899T和C15176A位于内含子21上,G15299A和G15682C位于外显子22上,且4个位点间存在较强的连锁不平衡性,存在6种单倍型组合。经关联性分析,单倍型与早胜牛肉品质性状剪切力、失水率、眼肌面积等显著相关。因此,位于CAPN1基因内含子21和外显子22上的4个SNPs位点与早胜牛肉质性状具有显著相关性,可作为肉用型早胜牛早期选留的候选分子标记。     

双乾肉羊ATG5基因第1外显子多态性及与肉质性状的关联分析

实验旨在探索双乾肉羊ATG5(Autophagy-Related Gene 5,ATG5)基因多态性与肉质性状的连锁关系。选取49只双乾肉羊为研究对象，采用Sanger测序法寻找ATG5基因第1外显子的突变位点，利用Haploview软件进行单倍型分析，通过SPSS软件分析不同ATG5基因单倍型组合与双乾肉羊肉质性状的相关性，筛选部分肉质性状对应的ATG5基因优势单倍型组合。双乾肉羊ATG5基因第1外显子共检测到G61T、A64G、T215C3个SNPs位点，3个位点的等位基因频率与基因型频率一致，在该群体中处于哈代-温伯格平衡状态（P>0.05），且属于中度多态（0.25相似文献   

儋州鸡胸肌肉色性状全基因组关联分析

为挖掘影响地方鸡肉色性状的有效SNP位点及功能基因，给儋州鸡育种工作提供有效的数据基础和理论支撑，利用10×深度全基因组重测序技术对200只儋州鸡个体的肉色性状数据进行全基因组关联分析。结果显示，与肉色性状相关的全基因组和潜在显著水平的SNP位点分别为6个和13个，分别位于儋州鸡1、2、4、5号和Z染色体。通过KEGG通路分析和GO注释，预测ACAA2、ACSS3基因可作为儋州鸡肉色性状的重要候选基因。这些结果将为儋州鸡的育种提供候选分子标记，为地方鸡标记辅助选择提供新的思路。