花生青枯病抗性相关SSR标记的筛选鉴定

利用72对多态性SSR引物对57份具有不同青枯病抗性的花生品种进行遗传多样性分析,结合青枯病抗性鉴定结果,利用Pearson's相关和多元线性逐步回归鉴定与花生青枯病抗性相关的SSR标记。SSR标记多态性分析表明,57份花生品种遗传相似系数为0.497 8~0.960 7,平均0.703 8。在遗传相似系数为0.69处,参试品种聚类为2个类群,与品种的青枯病抗性鉴定结果和品种的植物学类型基本一致,抗病品种之间的遗传差异大于感病品种之间的差异。相关分析和多元线性逐步回归分析表明,共有10个标记位点与青枯病抗性显著相关,其中1B9-3、IPAHM288-1和ARS590-1与青枯病抗性极显著关联。用这3个标记检测RIL群体,标记位点1B9-3和ARS590-1的符合率分别为62.85%和40.00%,标记IPAHM288在群体中无差异。     

利用重组近交系群体检测花生青枯病抗性SSR标记

用抗青枯病花生品种远杂9102与感病品种Chico杂交，从F2起用单粒传法构建了花生重组近交系群体（RIL）F6和F7。采用354对SSR引物对重组近交系F6群体的基因组DNA鉴定，获得多态性标记45个。结合重组近交系群体F6和F7青枯病抗性鉴定结果，应用相关软件统计分析，构建了栽培种花生部分遗传连锁图。图谱总长度为603.9cM，含29个标记（28个SSR标记和1个表型标记）的8个连锁群，还有17个独立的SSR标记；获得了与青枯病抗性相关的SSR标记2个（7G02和PM137），位于该图谱的第1连锁群上，与青枯病抗性基因间的遗传距离为10.9cM和13.8cM，并且位于抗性基因的两侧，两标记间的距离为23.7cM。     

水稻相关序列扩增多态性反应体系的建立及其多态性位点在F2群体中的分离分析

建立了一套完整、稳定、高效的水稻相关序列扩增多态性(SRAP)反应体系,同时利用110对SRAP引物对水稻品种沈农606和丽江新团黑谷进行比较扩增,其中35对引物可以检测到多态性,约占所用引物的31.82%。用该35对引物进一步对上述两个品种配制的杂交后代的F2进行检测,共扩增出1683条带,平均每对引物48条带,其中多态性条带143条,平均每对引物4.09条多态性条带。有24个多态性位点在F2群体中的分离显著或极显著地偏离了理论比值而表现异常分离,比率为16.78%。这些偏分离位点中偏向沈农606基因型的有11个;偏向丽江新团黑谷基因型的有12个;仅有1个偏杂合体类型。卡方检验说明,标记位点的偏分离是配子体和合子体选择共同作用的结果。     

粳稻近缘品种的SSR分析

 选用38对SSR引物，对16个日本优质米品种越光及其近缘品种进行了SSR标记分析。结果表明，有8对引物在品种间表现多态性，多态性引物检出率为21.1%，平均每对引物检测到2.25个等位基因。8个引物组合在一起，除了早喜光和日光2个品种不能区分外，其余品种均能有区别。多态性检出率亲本间为18.4%，越光及其衍生品种间为0~158%，表明近缘品种间多态性检出率较低。     

11个芒果品种SSR指纹图谱的构建与品种鉴别

以11个有一定代表性的芒果品种为试材,从16对SSR引物中筛选14对多态性引物构建11个品种的指纹图谱.结果共检测出61个片段,其中多态性片段56个,每对引物可以检测到2～10个数目不等的片段,平均为4.4个,片段大小介于100～540 bp之间.11个芒果品种的SSR指纹图谱互不相同,可以作为各品种的特定图谱,单一多态性引物能将11个芒果品种区分为2～5个类型.平均为3.3个类型.14对多态性引物中不同的4对核心引物指纹图谱可以将11个品种区分开.     

大豆抗疫霉根腐病基因SSR标记

选用感病大豆品种合丰25和抗病大豆品种抗线2号作为亲本配制杂交组合,获得F2种子.种植F2代种子获得F2:3家系,作为分子标记分离群体,进行大豆抗疫霉根腐病基因SSR标记.共筛选覆盖大豆全基因组的350对SSR引物,其中52对引物在亲本间具有多态性,在F2群体中通过BSA法筛选出与抗疫霉病基因相关的多态性差异引物1对,为Scaa003,位于大豆公共遗传图谱的J连锁群.同时该引物在其他10个抗病品种及4个感病品种中抗、感病谱带检出率均为100%,具有一定的检测通用性,可以为大豆疫霉根腐菌1号生理小种抗性材料的辅助选择提供理论依据.     

利用多种SSR引物构建小麦遗传连锁图谱及其多态性分析

为完善小麦遗传图谱并对小麦主要品质性状进行QTL定位,以小麦京771和Pm97034及其173个后代重组自交系(RIL)为作图群体,利用906对SSR引物筛选出RIL群体双亲表现多态性的引物270对,多态性频率为29.8%.利用这270对引物对RIL群体进行分析,共检测到184个多态性标记位点,利用其中的129个标记构建小麦分子的遗传连锁图谱.用Mapmaker 3.0和Mapdraw V2.1软件将129个SSR位点绘在小麦遗传连锁图上,该图谱覆盖小麦基因组全长2 106.2 cM,标记间的平均遗传距离为16.32 cM.     

高粱抗蚜的分子标记RAPD初步分析

以高粱BTAM428I、CS-12B、124B的叶片为材料,应用RAPD筛选技术对高粱基因进行分子标记。用CTAB法对高粱BTAM428I、CS-12B、124B的叶片DNA提取纯化。初步建立了高粱BTAM428I、CS-12B、124B的RAPD反应体系。在此实验条件下确定了RAPD反应体系中最佳的随机引物种类,共筛选了41个RAPD随机引物,获得了较稳定的RAPD扩增结果及多态性较好的DNA。其中有11个引物能对DNA扩增,产生差异谱带。     

利用ISSR标记鉴别玉米品种的初步研究

采用CTAB(十六烷基三甲基溴化铵)法从10个玉米品种种子胚中提取全基因组DNA,用正交实验法优化ISSR-PCR反应体系,筛选扩增条带清晰的引物,然后用所筛引物对10个玉米品种DNA扩增,分析其扩增带纹差异,找出能够鉴别10个玉米品种的合适引物。研究结果表明:①优化的ISSR-PCR反应参数为:1.5mmol/LMg2 、0.375mmol/LdNTP、0.5μmol/L引物、2.5UTaqDNA聚合酶;②从40条ISSR引物筛选出11条扩增条带清晰、多态性较高的引物,它们共扩增出101条条带;③利用引物UBC808能将10个供试玉米样品区分开。     

亚麻抗白粉病RAPD标记的引物筛选与反应体系的建立

本研究对亚麻RAPD反应条件进行了优化,并利用240个随机引物,以亚麻抗病品系9801-1和感病品种DIANE杂交得到F2代分离群体构建的DNA混合池为模板进行RAPD分析.经过三轮的筛选,结果只有OPP02引物能在亲本和抗感混合池间扩增出稳定的多态性,命名为OPP02792.     

大豆脂肪酸Fad3a基因HRM检测体系优化研究

高分辨率熔解曲线分析法可准确检测单核苷酸多态性,具有稳定性和高效性的特点.建立基于HRM的SNP检测方法,确立最佳的反应体系和反应条件是后续基因分型研究的前提和基础.Fad3a基因为大豆脂肪酸合成的关键酶基因,以Fad3a基因为研究对象,通过测序获得大豆品种合丰25(亚麻酸含量5.94％)和L-5(亚麻酸含量2.75％)在Fad3a基因序列上的单核苷酸多态性位点,根据这2个品种的Fad3a基因测序结果,利用Lighter scanner primer design软件设计产物长度不同的SNP突变引物5对,探索PCR产物长度和不同的退火温度对HRM分型结果的影响.结果表明:HRM分型的扩增子适宜长度应小于150 bp,且在扩增成功的基础上使用相对较高的退火温度可使待测PCR产物熔解峰单一,熔解曲线平稳.     

利用SSR荧光标记构建37个中国橡胶树栽培品种指纹图谱

以37个橡胶树栽培品种为材料,利用SSR荧光标记技术进行DNA指纹图谱的构建和遗传关系分析,构建我国橡胶树栽培品种的SSR指纹图谱。共计筛选和确定出34对SSR引物作为构建橡胶树品种DNA指纹图谱库的核心引物,其中30对SSR引物可用于品种鉴定,4对SSR引物可作为备选引物用于后续新选育品种的鉴定。筛选和确定出的核心SSR引物表现出较高的多态性信息含量（PIC值）,其中PIC值高于0.5的引物高达97%,PIC值大于0.7的引物多达12对,PIC值大于0.8的引物有2对。引物rbm28的多态性最高,可作为最佳引物用于鉴定中国橡胶树主栽品系的遗传多样性,其他4条引物HESR025、HESR163、H-084、H-122同时具备较高的杂合率和多态性,可考虑作为备选引物。34对核心SSR引物在37个橡胶树品种中共检测到161个等位变异,平均每对引物检测到5.4个等位基因,平均PIC值为0.65,表现出高度多态性。利用30对核心SSR引物对37份橡胶树品种进行扩增,得到相关品种的准确SSR位点信息,获得包含37个橡胶树品种的标准DNA指纹图谱库,其中33个橡胶树品种均具有唯一的DNA特征指纹,可作为各品种特定的图谱,为橡胶树品种鉴定和育种实践提供依据。     

一个与马铃薯青枯病抗性连锁的SRAP标记筛选

以两个马铃薯二倍体分离群体ED和CE共105个基因型为材料,利用群分法(BulkedSegregantAnalysis,BSA)筛选与马铃薯青枯病抗性基因连锁的分子标记。在8个正向引物和11个反向引物组成的88对SRAP引物组合中,筛选获得了一个与马铃薯青枯病抗性紧密连锁的SRAP标记M32,遗传连锁分析表明,该标记在ED群体和CE群体中与抗性位点之间的遗传距离分别为10.2cM和17.3cM。     

亚麻SRAP反应体系的优化和多态性标记筛选

通过研究亚麻SRAP反应体系中主要因子对扩增结果的影响,建立了亚麻SRAP -PCR反应的优化体系;对戴安娜和宁亚17两个品种进行SRAP分析,筛选出19对具多态性的SRAP特异引物组合;本研究为利用以上两个品种构建我国的亚麻遗传连锁图谱奠定了基础.     

我国江淮产区主要芝麻品种的SRAP指纹图谱分析

利用SRAP分子标记对江淮主产区8个芝麻品种进行指纹图谱分析。32对有效扩增的引物中有27对扩增出多态性,占84.37％;27对多态性引物共扩增465个位点,多态性位点158个,占33.98％;平均每对引物可检测位点17.22个,其中多态性位点平均5.85个;8个品种相互间的相似系数在0.7861～0.9711之间,平均为0.9079;用一对引物Em07/Me09便可将8份芝麻品种区分开来,用其构建的指纹图谱的置信概率达到99.6948％。     

茶树多态性SSR分子标记引物筛选

本实验采用国家鉴定茶树品种丹桂自然杂交F1代12个新品(株)系DNA为模板,对60对茶树SSR分子标记引物进行筛选,其中12对引物PCR产物电泳结果较为理想,条带清晰、多态性丰富。其他48对引物没有多态性,或者条带模糊无法统计,或者扩增不出任何条带。从已筛选出的多态性引物中随机挑选2对引物D02、D08,对丹桂自然杂交FI代59个新品(株)系做PCR扩增,电泳检测能获得条带清晰、多态性丰富的胶图,说明筛选获得的12对多态性SSR引物可用于遗传多样性或亲缘关系等分子生物学实验。     

不同来源花生品种的ISSR分析及亲缘关系研究

利用13对ISSR引物对28个栽培种花生品种进行PCR扩增,研究这些品种的DNA多态性及其亲缘关系。结果表明,有7对引物检测到明显的多态性,从28个花生品种中扩增出90条带,其中多态性带达到79条,多态性比率为87.8%,平均每个引物可扩增出12.86条带,11.29条为多态性条带。品种间的遗传相似系数值在0.411~0.800之间,平均为0.620。在UPGMA聚类分析简单匹配系数值为0.57处,可把28个花生品种分成3个品种群。由此表明,这些不同来源的花生品种具有较高的DNA多态性,亲缘关系不同。     

甘蓝型黄籽油菜SSR标记遗传多样性

利用 42对SSR引物对19个甘蓝型黄籽油菜品种(系)进行遗传多样性分析,共检测出336个等位基因,每对引物在不同品系间的等位基因数在2～21之间,平均位点为8个.位点多态性信息含量为0.17～0.85,平均为0.73.对SSR扩增结果进行UPGMA分析,可将19个品种(系)分为4个群体,聚类结果与系谱来源比较一致.并且只需NAS99、NAS98、NAS91及NAS31 4对多态性高的引物即可将19个材料区分开来.     

广东茶树种质资源AFLP分析

本研究采用AFLP技术,选用多态性高分辨能力强的5对引物对25个广东茶树群体品种和5个对照品种进行选择性扩增,获得了较清晰的DNA指纹图谱。5对引物共扩增出365条带,平均每对引物扩增73条带,多态性条带338条,占总带数的92.6%。扩增片段大小在50~600bp之间。采用DPS2000软件进行聚类,30份供试材料以清凉山茶和清远笔架茶遗传距离最近(0.12752),桂北大叶种和凤凰水仙之间的遗传距离最远(0.5),本实验结果表明广东地方茶树群体品种遗传多样性比较丰富。     

甘蔗cDNA-SCoT差异显示分析PCR反应体系建立、优化及应用

cDNA-SCoT差异显示分析是应用于植物基因差异表达研究的一项新技术.本研究以甘蔗品种桂糖11号根尖为材料,提取总RNA并反转录第1链cDNA,对影响甘蔗cDNA-SCoT差异显示PCR反应的cDNA模板、SCoT引物、dNTPs、Taq DNA聚合酶和Mg2+等因子进行优化,建立甘蔗cDNA-SCoT反应体系,同时应用优化后反应体系分离25％PEG6000胁迫诱导甘蔗根尖差异表达基因片段.结果表明:各项因子均对PCR扩增效果存在影响,20μL反应体系中各因子的最佳含量如下:cDNA 80 ng、引物浓度1.0 μmol/L、Taq DNA聚合酶2.0 U、dNTPs浓度200 μmo1/L、Mg2+浓度1.8 mmol/L.研究结果还显示,SCoT引物扩增多态性丰富,平均每条引物扩增条带30条,多态性条带比率为46.9％,6条引物分离得到PEG诱导甘蔗根尖特异表达片段45条,表明本研究所建立的甘蔗cDNA-SCoT反应体系具有操作简便、结果稳定、重复性好、成本低、多态性丰富等优点,可为甘蔗基因差异表达研究提供新的技术支持.