传递不平衡检测及其在QTL精细定位中的应用

在早期的QTL定位研究中,研究者所关注的主要是QTL检出效率的高低.随着QTL定位研究的不断深入,研究者们发现:即使是在QTL检出效率很高的情况下,其定位的精确性仍然可能很低.就目前的定位精度来看,虽然基本可以满足实施标记辅助选择的要求,但还远远不能满足分子克隆技术所能达到的操作程度.因此有必要寻找新的定位策略以达到QTL精细定位的目的.本文简要综述了QTL精细定位新策略一传递不平衡检测(TDT)的概念及发展、原理与方法及其在QTL精细定位中的应用.     

同源相同（IBD）定位在QTL精细定位中的研究进展

综述了近年来发展较快的QTL定位新策略-同源相同（IBD）定位的原理与方法及其在QTL精细定位中的研究进展。     

同源相同（IBD）定位在QTL精细定位中的研究进展

综述了近年来发展较快的QTL定位新策略-同源相同(IBD)定位的原理与方法及其在QTL精细定位中的研究进展.     

利用连锁不平衡进行QTL精细定位的策略

近几年,随着人类基因组计划的完成和大量DNA分子标记的出现,使得在分子水平上利用连锁不平衡进行QTL精细定位进入了一个新的阶段。应用于人类疾病基因定位领域中的方法逐渐地移植到畜禽的QTL定位中,同时结合畜禽的特点对精细定位进行了研究。本文主要介绍了基于连锁不平衡原理同源相同检测、传递不平衡检测和系谱传递不平衡检验等方法,并对这些方法进行了对比和展望。     

利用连锁不平衡进行QTL精细定位的策略

近几年,随着人类基因组计划的完成和大量DNA分子标记的出现,使得在分子水平上利用连锁不平衡进行QTL精细定位进入了一个新的阶段。应用于人类疾病基因定位领域中的方法逐渐地移植到畜禽的QTL定位中,同时结合畜禽的特点对精细定位进行了研究。本文主要介绍了基于连锁不平衡原理同源相向检测、传递不平衡检测和系谱传递不平衡检验等方法,并对这些方法进行了对比和展望。     

利用连锁不平衡进行畜禽QTL定位的研究进展

一般家养畜禽群体规模小、选择强度高，连锁不平衡（linkage disequilibrium , LD）现象普遍存在，尤其在杂种或新培育品种群体中更为突出。随着分子遗传学的发展，我们可以直接选择影响性状的基因或包含基因的染色体区域（QTL），可分型的遗传标记和QTL之间是否存在连锁不平衡是畜禽群体中QTL定位和应用的关键。目前，畜禽群体中用基因组范围内SNPs的连锁不平衡精细定位影响畜禽重要经济性状的QTL正受到广泛关注。作者从LD定位QTL的原理、畜禽群体中LD程度、利用LD进行QTL定位的试验设计及统计分析方法、LD在畜禽QTL精细定位中的应用等几个方面进行了综述。并进一步阐述了畜禽群体中利用LD进行标记辅助选择（MAS）的策略，对LD在畜禽QTL定位及标记辅助选择方面的应用进行了新的探讨。     

应用微卫星标记定位畜禽QTL的研究进展

本文论述了分子标记技术的发展历程,并阐述了微卫星标记的特点、QTL(quantitative trait loci)定位的理论依据与方法以及近10年来国内外学者在定位功能基因和QTL方面的一些主要研究进展情况,同时也指出了分子标记技术在QTL精细定位方面存在的问题,为以后的研究工作奠定了基础.     

应用微卫星标记定位畜禽QTL的研究进展

本文论述了分子标记技术的发展历程,并阐述了微卫星标记的特点、QTL(quanti-tative trait loci)定位的理论依据与方法以及近10年来国内外学者在定位功能基因和QTL方面的一些主要研究进展情况,同时也指出了分子标记技术在QTL精细定位方面存在的问题,为以后的研究工作奠定了基础。     

猪8号染色体影响产仔数性状的QTL精细定位

实验旨在基于前期从二花脸猪群体鉴别到的猪8号染色体上影响产仔数性状的数量性状基因座(Quantitative trait loci,QTL),通过增加群体的数量(二花脸猪和梅山猪)以及分子标记的密度(1个SNP/14.5 kb),利用单标记关联分析和合并群体的荟萃分析精细定位猪8号染色体影响产仔数的QTL,并挖掘QTL...     

绵羊QTL定位的研究进展

本文综述了绵羊的重要经济性状QTL定位的方法和进展，并提出存在问题和展望。     

Robust QTL fine mapping by applying a quantitative transmission disequilibrium test to the Mendelian sampling term

In many farm animal populations, high‐density single nucleotide polymorphism (SNP) genotypes are becoming available on a large scale, and routine estimation of breeding values is implemented for a multiplicity of traits. We propose to apply the basic principle of the quantitative transmission disequilibrium test (QTDT) to estimated Mendelian sampling terms. A two‐step procedure is suggested, where in the first step additive breeding values are estimated with a mixed linear model and the Mendelian sampling terms are calculated from the estimated breeding values. In the second step, the QTDT is applied to these estimated Mendelian sampling terms. The resulting test is expected to yield significant results if the SNP is in sufficient linkage disequilibrium and linkage with quantitative trait loci (QTL). This principle is illustrated with a simulated data set comprising 4665 individuals genotyped for 6000 SNP and 15 true QTL. Thirteen of the fifteen QTL were significant on a genome‐wide 0.1% error level. Results for the empirical power are derived from repeated samples of 1000 and 3000 genotyped individuals, respectively. General properties and potential extensions of the methodology are indicated. Owing to its computational simplicity and speed, the suggested procedure is well suited to scan whole genomes with high‐density SNP coverage in samples of substantial size and for a multiplicity of different traits.     

高丹草低氢氰酸含量性状主效QTL PA7-2的精细定位

为了精细定位高丹草低氢氰酸含量性状主效数量性状基因座QTL PA7-2,对进一步开展低氰性状相关候选基因挖掘、功能解析及分子标记辅助育种等研究提供理论依据。本试验在前期研究工作基础上,从高丹草（散穗高粱Scattered ear Sorghum bicolor×红壳苏丹草Red shell Sorghum sudanense）F₂代1 200个分离群体单株中筛选出121个QIRs（Quantitative trait locus（QTL）isogenic recombinants）植株,选出低氰和高氰极端株套袋自交获得F₃代分离群体,选出QIRs群体植株130个,利用BSA-SSR（Bulked segregation analysis（BSA）and simple sequence repeats）技术构建了长度为230.7 cM、密度为4.81 cM的遗传连锁图谱,通过定位分析明确了QTL PA7-2的位置在38 cM处,位于SSR标记Sobic.8 g1-600和XM00242-400之间。经与高粱基因组比对分析,首次将低氰QTL PA7-2精细定位至高粱8号染色体3.77 Mb（51.415 Mb~55.182 Mb）的物理区间,并发现SSR标记SORBI4G3-600与其紧密连锁。     

畜禽数量性状基因座位的精细定位

数量性状基因座位(QTL)的精细定位是实施QTL克隆及标记辅助选择(MAS)的重要基础。然而就目前畜禽QTL定位的结果来看,除了通过候选基因法识别的少数基因外,大多数QTL定位的精度仍无法满足实际应用的要求。为进一步提高QTL定位的精度,缩小QTL定位的置信区间,人们相继提出并发展了一系列新的QTL定位方法。本文在分析畜禽QTL定位的基本方法及影响畜禽QTL定位精度的主要因素基础上,对提高QTL定位精确性的策略和方法进行了相应的探讨。     

芒属植物分蘖数性状的QTL定位

芒属植物是一种多年生C₄高大禾草,是一种重要的生物能源作物。分蘖是芒属植物重要的农艺性状之一,在调控其产量方面具有极其重要的作用。以五节芒和荻的种间杂交群体为材料,利用前期已构建的五节芒和荻的种间基因组遗传连锁图谱,结合2014年泰安、2015年泰安和东平3次重复调查的分蘖数表型数据,进行该重要性状的QTL遗传定位研究。结果表明:分蘖数频率分布呈现正态连续分布,符合数量性状遗传的特征;采用MQM复合区间作图法共定位到16个与分蘖数性状相关的QTL,单个QTL可解释的表型变异范围为11.4%~21.5%,LOD值为3.06~6.09。其中,3个QTL在3次定位分析中可重复检测到,qmfTI-2可分别解释12.7%、12.0%和15.5%的表型变异,qmsTI-1可分别解释12.0%、12.1%和19.8%的表型变异,qmsTI-2可分别解释21.5%、20.2%和13.4%的表型变异;3个QTL在2次定位分析中可重复检测到,qmfTI-1、qmfTI-3和qmsTI-4分别解释12.4%和11.4%、13.8%和13.2%、12.1%和14.3%的表型变异。通过对芒属植物分蘖数性状QTL分析,为芒属植物种质资源改良、分子标记辅助选择以及遗传学研究奠定基础。     

小反刍动物基因定位及其应用的回顾与展望

小反刍动物即绵羊和山羊是重要的可再生资源,对21世纪农业及世界经济的可持续发展具有重要意义.绵羊的中等分辨率和山羊的低分辨率连锁图谱已经构建.绵羊和山羊与牛在核型、带型及微卫星标记等方面存在广泛的保守性,这对于比较基因定位是非常有用的.已在绵羊和山羊中发现了一些主要基因和QTL关联,其中遗传印记和性别决定基因属首次在家畜中发现.探讨了基因图谱和遗传标记在标记辅助选择/导入(MAS/MAI)、亲子鉴定及DNA系谱记录等方面的应用.