动物染色质三维基因组及转录调控研究进展

真核生物细胞核内基因组染色质并不是以线性分子的形式无序存在,而是以不同层次的三维结构有序地压缩在细胞核内,这种复杂的三位基因组结构在基因转录、DNA复制、细胞分裂和减数分裂等过程中具有重要作用。染色质构象捕获技术(chromosome conformation capture,3C)及其衍生技术是目前鉴定基因组染色质三维结构的主要手段。本文将从基因组染色质三维结构层次、研究技术、表达调控机制、在动物育种中的应用及展望等方面概述三维基因组学的研究进展。     

猪的全基因组测序研究进展

猪具有独特的生物学特征,在畜牧业生产和医学研究中占有重要地位。全基因组测序即de novo测序和全基因组重测序为解释猪的生物学特性和促进猪的分子育种发挥了重要作用。本文重点阐述全基因组测序在猪基因组学研究中的应用,分析全基因组测序技术及其在猪的全基因组测序工作中的优势和不足,并对未来猪的分子遗传育种研究工作进行展望。     

改善猪肉质性状的分子育种方法

本文对利用分子育种方法鉴定猪肉质相关基因和标记的研究进行综述.家畜基因组序列的大量解读为鉴定复杂性状的候选基因和QTL效应提供了丰富的信息.猪基因组序列的解读,为研究猪的生物学系统提供了基础知识,并且还为其育种选择提供了理论依据.在基因组学这个领域中,功能基因组学和蛋白质组学能够同时关注许多基因和蛋白质的变化,从而更好地了解基因的功能和调控以及基因是怎样参与到复杂表型性状的控制网络中.特别是对mRNA和蛋白质水平的全基因组表达谱的研究可以更好地为肉质性状相关生物学功能和生理学过程的研究提供非常有用的工具.此外,利用生物信息学工具将基因组学和蛋白质组学整合起来也是充分挖掘分子育种信息的基础.这些知识的发展将有益于科学家和养殖户将分子数据应用到育种程序中,进而改进传统育种选择方案的效率和准确度.     

家禽重要性状的基因组学研究与应用现状

近一个世纪的传统选育使家禽的各项生产性能接近表型选育极限,基因组学领域的发展成为突破这一瓶颈的新途径。自2004年第一个鸡的基因组草图发布以来,鸡、鸭、鹅等家禽的基因组参考序列在近年相继发布,且质量逐步提升。基于家禽高质量的基因组参考序列,研究学者进一步对家禽的重要性状展开了系列研究,这些研究加速了我们对家禽重要性状的认识和理解,并为在家禽基因组选择育种中应用筛选出有效的分子标记。本文就家禽的基因组参考序列研究、重要性状的基因组学研究及其应用进行综述。     

全基因组选择及其在奶牛育种中应用进展

全基因组选择是指基于基因组育种值（GEBV）的选择方法,指通过检测覆盖全基因组的分子标记,利用基因组水平的遗传信息对个体进行遗传评估,以期获得更高的育种值估计准确度。由于可显著缩短世代间隔,全基因组选择作为一项育种新技术在奶牛育种中具有广阔的应用前景,目前已经成为各国的研究热点。不同国家的试验结果表明,奶牛育种中基于GEBV的遗传评估可靠性在20%~67%之间,如果代替常规后裔测定体系,可节省92%的育种成本。本文综述了全基因组选择的基本原理及其在各国奶牛育种中的应用现状和所面临的问题。     

基因组学及其对未来猪育种的影响

正猪育种技术正持续以快速的步伐发展。关键在于彻底分析基因组的功能和结构,其也以"基因组学"而闻名。基因分型的成本在过去的10年中已经显著地下降,因此对越来越多的性状而言,改进猪的育种技术正越发可行。将来这会走向何方呢?在动物育种中,预测育种值是一项被广泛接受的技术。在过去的10年里,基因组学已经得到了发展。基因组学技术在动物育种方面可以有广泛的应用领域。现今使用的大多数技术,如全基因选择,     

基因组学技术在家禽育种中的整合应用

安伟捷育种公司Avendao等在24届世界家禽大会上介绍了基因组学技术在家禽育种中的整合应用。家禽育种中进行基因组学评估具有很大的潜在利益,尤其是在竞争十分激烈的市场环境中。基因组学中各个领域的整合对于家禽常规育种中将基因组学信息和研究工具相结合非常重要。     

全基因组选择及其在动物育种中的应用

随着遗传学的迅速发展,全基因组选择作为一种新型选择方法成为研究人员研究的热点,文章讲述了全基因组学的原理、选择的方法、选择的影响因素及优势,展望了全基因组选择在动物育种中的应用。     

畜禽基因组选择方法研究进展

畜禽的选种选育在生产中至关重要,育种值估计是选种选育的核心。基因组选择（genomic selection,GS）是利用全基因组范围内的高密度标记估计个体基因组育种值的一种新型分子育种方法,目前已在牛、猪、鸡等畜禽育种中得到应用并取得了良好的效果。该方法可实现畜禽育种早期选择,降低测定费用,缩短世代间隔,提高育种值估计准确性,加快遗传进展。基因组选择主要是通过参考群体中每个个体的表型性状信息和单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphism,SNP）基因型估计出每个SNP的效应值,然后测定候选群体中每个个体的SNP基因型,计算候选个体的基因组育种值,根据基因组育种值的高低对候选群体进行合理的选择。随着基因分型技术快速发展和检测成本不断降低,以及基因组选择方法不断优化,基因组选择已成为畜禽选种选育的重要手段。作者对一些常用的基因组选择方法进行了综述,比较了不同方法之间的差异,分析了基因组选择存在的问题与挑战,并展望了其在畜禽育种中的应用前景。     

中法将加强肉牛育种技术的交流与合作

为了促进中国肉牛产业的发展,特别是肉牛育种技术的提高,9月21日,第二届中法肉牛产业发展国际论坛在北京举行,中法两国专家就遗传改良和基因组技术在肉牛育种实践中的应用进行了探讨,围绕肉牛种质资源现状、基因组选择、肉牛育种目标和功能基因组应用四个议题开展了深入讨论,并就"山区肉牛产业链组织"和"绿色饲料添加剂应用"两个专题进行了交流,中法专家和相关农牧企业负责人共计100多人参加了本次论坛。法国是欧盟主要牛肉生产国,法国研究机构早在2002年就开始了牛的基因组学研究,并可能在2014年实现肉牛品种的基因组评估。     

生物信息学在畜禽基因组研究中的应用

生物信息学已成为整个生命科学发展的重要组成部分，是生命科学研究的前沿领域。作者简述了畜禽基因组学和畜禽生物信息学的研究概况，着重阐述了生物信息学在畜禽基因组研究中的应用现状，并展望其发展前景。     

鸡的功能基因组学研究进展

随着鸡基因组草图的完成,以及各种高通量研究技术在鸡基因组研究领域的应用,鸡已经成为标准的模式动物。鸡功能基因组学研究将主要在基因组范围内,研究基因的调控作用,以及基因产物间的相互作用关系,为进一步对鸡的基因型改造创造条件,并以此进一步满足鸡的生产需要。作者将着重介绍鸡功能基因组学的研究进展,以及目前主要的研究技术。     

Equine clinical genomics: A clinician's primer

The objective of this review is to introduce equine clinicians to the rapidly evolving field of clinical genomics with a vision of improving the health and welfare of the domestic horse. For 15 years a consortium of veterinary geneticists and clinicians has worked together under the umbrella of The Horse Genome Project. This group, encompassing 22 laboratories in 12 countries, has made rapid progress, developing several iterations of linkage, physical and comparative gene maps of the horse with increasing levels of detail. In early 2006, the research was greatly facilitated when the US National Human Genome Research Institute of the National Institutes of Health added the horse to the list of mammalian species scheduled for whole genome sequencing. The genome of the domestic horse has now been sequenced and is available to researchers worldwide in publicly accessible databases. This achievement creates the potential for transformative change within the horse industry, particularly in the fields of internal medicine, sports medicine and reproduction. The genome sequence has enabled the development of new genome‐wide tools and resources for studying inherited diseases of the horse. To date, researchers have identified 11 mutations causing 10 clinical syndromes in the horse. Testing is commercially available for all but one of these diseases. Future research will probably identify the genetic bases for other equine diseases, produce new diagnostic tests and generate novel therapeutics for some of these conditions. This will enable equine clinicians to play a critical role in ensuring the thoughtful and appropriate application of this knowledge as they assist clients with breeding and clinical decision‐making.     

氟中毒及基因组学技术在其研究中的应用

氟中毒是全世界广泛存在的一种人畜共患性地方病。多年来国内外学者从不同系统、不同程度对氟中毒进行了研究,但多数主要是组织学观察及分析相关的生化成分。伴随着人类基因组计划的实施,作为世界学科发展前沿的基因组学也在高速发展,其在氟中毒中的应用也受到广泛关注。作者对氟中毒和基因组学研究的主要技术及其在氟中毒研究中的应用现状作了简要概述。     

The porcine genome initiative: Implications for digestive physiology

Completion of the pig genome sequencing will celebrate the Chinese Year of the Pig in 2007. The International Swine Genome Sequencing Consortium has established an integrated approach to create genome sequences, chromosomal contigs, whole-genome libraries, full-length cDNA libraries and to generate single nucleotide polymorphisms (SNPs). The project is being conducted in collaboration with The Wellcome Trust Sange Institute. Project information as well as monitoring progress of the project can be viewed at http://www.sanger.ac.uk/Projects/S_scrofa/. During the next year, numerous physical maps and functional genomics analyses will be published. These advances will have significant implications for studying digestive physiology. Examples illustrating as to how effective genomic approaches for addressing critical questions in digestive physiology are presented. This includes approaches showing how genomics can be used to monitor the process of GI colonization and the effects of various nutrients are explored. The development of comparative genome maps also permits the incorporation of experimental studies in other species (mice and humans) to identify new hypotheses for testing in the pig. This comparative genomics approach further supports the use of the pig in biomedical research studies for human clinical studies. As this new genomic information becomes available, the necessity to create interactive databases, that provide portals for using genomic information to create gene based hypotheses will become rate limiting. Thus, the digestive physiology community contributions towards building web-based interfaces are essential.     

高通量测序技术的发展及其在生命科学中的应用

DNA测序技术从以Sanger法为代表的第一代测序技术到如今的高通量测序(HTS)技术,经历了漫长而曲折的发展过程,如今该技术在动植物基因组的研究中获得了很大的成功,它的问世可以使人们以更低廉的价格,更全面、更深入地对全基因组进行分析.作者阐述了几种关于HTS的测序技术平台:Roche/454测序技术、ABI/SOLID测序技术、Illumina/Solexa测序技术、单分子测序技术及Ion Torrent测序技术,并且还归纳了HTS在基因组学、转录组学及表观基因组学等方面的应用.     

功能基因组学的研究方法

基因组学研究已经由以全基因组测序为目标的结构基因组学转向以基因功能鉴定为目标的功能基因组学研究。作者综述了功能基因组学的内容、主要的新方法和新技术，如SAGE、ESTs、SSH、微阵列、生物信息学、RNAi等，并对其发展进行了简单展望。