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根据已发表的H5N1亚型禽流感病毒的HA基因全序列,设计了1对引物,对禽流感病毒新疆株A/Goose/XJYL/10/2003(H5N1)提取RNA,经RT-PCR扩增后将其克隆到pMD18-T载体上,获得长为1758bp的HA全基因序列。序列测定后,分析结果表明,本试验株与广东、香港和东南亚等不同地区的H5N1禽流感病毒HA的核甘酸序列的同源率很高,其氨基酸切割位点附近具有高致病性禽流感病毒的特征。系统进化树分析表明,新疆株为独立分支,属于欧亚种系。 相似文献
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根据已发表的H5N1亚型禽流感病毒的HA基因全序列,设计了1对引物,对禽流感病毒新疆株A/Goose/)(JYL/10/2003(H5NI)提取RNA,经RT-PCR扩增后将其克隆到pMD18-T栽体上,获得长为1758bp的HA全基因序列。序列测定后。分析结果表明,本试验株与广东、香港和东南亚等不同地区的H5N1禽流感病毒HA的枉甘酸序列的同源率很高。其氨基酸切割住点附近具有高致病性禽流感病毒的特征。系统进化树分析表明,新疆株为独立分支,属于欧亚种系。 相似文献
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禽流感的诊断技术研究 总被引:5,自引:1,他引:5
禽流感可感染人类,公共卫生意义重大。由于其病毒(AIV)亚型众多,抗原性变异极快,毒株的致病性也相差很大,早期快速诊断和血清学监测就成了预防和控制禽流感的前提条件。禽流感的传统诊断方法是分离病毒和检测抗体,近年来,AIRC相继建立了血凝抑制试验(HI)、琼脂扩散试验(AGP)、神经氨酸酶抑制试验(NI)、间接酶联免疫吸附试验(ELISA)、玻片血凝抑制试验等血清学诊断技术及分子诊断技术(RT-PCR)。目前,我国专家研制成功了“禽流感H5,H7,H9亚型多重实进荧光RT-PCR检测试剂盒”,可在4h之内同时检测3个AI亚型,满足了对AI疑似病例的快速确诊需要。 相似文献
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草鱼呼肠孤病毒HZ08株FQ-PCR检测方法的建立及应用 总被引:3,自引:0,他引:3
草鱼出血病是危害中国淡水养殖最为重要的病害之一,其病原为草鱼呼肠孤病毒(grass carp hemorrhagevirus,GCRV),其中,HZ08株是当前引起草鱼出血病的主要流行毒株。为建立一种快速、灵敏、特异的草鱼呼肠孤病毒主要流行株检测方法,本研究利用草鱼呼肠孤病毒HZ08株S7基因保守区,设计了一对能特异性扩增154 bp片段的引物和TaqMan探针,用含有S7基因全长的重组质粒PAVX1-S7作为标准品,构建质粒拷贝数与CT值的标准曲线,并对该方法的特异性、可重复性、敏感度进行评价。结果显示:标准曲线在6.0×1010~6.0拷贝数之间有很好的线性关系(r=0.999);实时荧光定量PCR最少可检测到6个阳性质粒,有较高的敏感性;试验内及试验间变异系数分别为0.82%与0.41%~0.52%,重复性强;对水生动物其他病毒均无扩增反应,具有很好的特异性。应用该方法对采集的32份草鱼出血病样品进行检测,其中28份为阳性,而以常规RT-PCR检测同样的样品,仅23份为阳性。本研究建立的草鱼呼肠孤病毒流行株实时荧光定量PCR检测方法在特异性、灵敏度、重复性方面具有较好的测试结果,在GCRV的快速检测和病毒初步定量中应用前景乐观。 相似文献
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为了建立一种能在临床上快速、准确检测杂交鳢弹状病毒(HSHRV)的TaqMan实时荧光定量PCR方法,利用PCR技术扩增HSHRV-C1207 G蛋白的全长序列,构建重组质粒,作为荧光定量PCR的标准品,根据HSHRV-C1207 G蛋白的保守序列,设计合成了一对能特异性扩增143 bp片段的引物和TaqMan探针,以标准品为模板建立HSHRV的TaqMan实时荧光定量PCR检测方法,并对该方法的灵敏度、可重复性和特异性进行评价。结果显示:建立的荧光定量PCR检测方法标准曲线有较好的线性关系,相关系数(R2)为0.999,斜率为-3.290;荧光定量PCR最低可以检测到10个病毒核酸分子拷贝,而传统PCR方法最低可检测到1×103个拷贝;38个平行样品重复性实验组内变异系数为0.84%;对其他6种水产养殖常见病毒均无扩增反应。应用该方法对采集的21份患病鳢样品进行检测,其中18份为阳性,与细胞分离和电镜观察结果相同;以传统PCR方法检测同样的样品,仅13份为阳性。本研究建立的TaqMan实时荧光定量PCR方法灵敏度高、特异性强,能较好的用于临床HSHRV的检测,对病毒病原定量检测与杂交鳢弹状病毒病的快速诊断具有重要意义。 相似文献
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赤潮研究中圆海链藻实时荧光定量PCR检测方法的建立 总被引:3,自引:0,他引:3
为建立快速、准确的鉴定和定量检测赤潮生物的方法,以圆海链藻为例,以其18S rDNA序列为寻找种特异性引物的靶区域,通过分析18S rDNA序列,设计出适合用于RFQ-PCR的引物与探针,并通过引物PCR验证确定其特异性,进而以圆海链藻荧光定量PCR的引物和探针(Primer Thalassiosira rotula和Taqman Thalassiosira rotula),建立了定量检测圆海链藻的实时荧光定量PCR检测方法(RFQ-PCR)。与传统的显微镜计数方法比较,两者所获结果无显著性差异,证明了本方法的可行性,从而为我国沿海水域赤潮问题的研究提供了良好的技术检测途径。 相似文献
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建立一种敏感性高、特异性强、重复性好的罗非鱼湖病毒反转录微滴式数字PCR (RT-ddPCR)检测方法,可为罗非鱼湖病毒的定量检测提供技术支持。参照NCBI中GenBank登陆的TiLV第3段全基因序列,选择hypothetical protein gene基因作为靶位基因设计合成了1对引物和探针,以TiLV-cDNA为模板,摸索、优化反应方法,建立与实时荧光RTPCR检测方法的线性关系,分析方法的敏感性、特异性、重复性,最后进行临床样品检测。结果显示,当引物、探针浓度分别为500、300 nmol·L-1且退火温度为54.2℃时,建立的TiLV RT-ddPCR扩增反应效率最高、阴阳性微滴分布界限最明显、平均拷贝数较高;敏感性强,检测限低至2拷贝·μL-1,且在1~90 000拷贝·μL-1范围内与实时荧光RT-PCR检测的线性关系较好(R2=0.995 8);检测变异系数低(4.86%);与其他5种常见的水生动物疫病病毒[鲤浮肿病毒(Carp edema virus, CEV)、锦鲤疱疹病毒(Koi herpesvi... 相似文献
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从我国发现首例人感染H7N9禽流感确诊病例至今,已先后发现H5N1、H7N7、H9N2、H10N8等可以直接传染给人的禽流感病毒亚型,其中,H5N1、H5N6等具有高致病性,不仅医治难度大,而且致死率高。主要针对禽流感的病因及防治难点进行探讨,并在此基础上,对禽流感的预防与治疗措施予以阐述。 相似文献
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为了进一步丰富蛙虹彩病毒检测方法,实验针对蛙病毒3型(frog virus 3,FV3)核衣壳蛋白(major capsid protein,MCP)基因保守区设计一对特异性引物,并选取另外2种蛙病毒PCR检测方法进行对比实验,通过反应体系的优化、反应特异性和敏感性实验,建立了一种针对FV3的PCR检测方法。结果显示,该方法最低检测限可达1.2个拷贝数的病毒粒子,与神经坏死病毒、虾血细胞虹彩病毒、大口黑鲈虹彩病毒、锦鲤疱疹病毒、鲤浮肿病毒、传染性脾肾坏死病毒、加州鲈弹状病毒等常见水产动物致病毒株无交叉反应。临床样品检测表明,该方法所获得的检测结果与另外2种方法一致,结果可靠。本研究所建立的FV3 PCR检测方法,具有简便、快速、敏感度好、特异性高、低成本等特点,可用于FV3蛙病毒的快速诊断和分子流行病学调研。 相似文献
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对虾IHHNV荧光定量PCR检测方法的建立 总被引:1,自引:0,他引:1
根据GenBank中对虾传染性皮下和造血器官坏死病毒(IHHNV)保守基因序列(AF218226),设计合成了1对引物和1条TaqMan探针,建立了检测IHHNV的荧光定量PCR技术.将建立的荧光定量PCR检测方法与常规PCR对比.结果显示,所建立的荧光定量PCR方法灵敏度可达2个拷贝,比常规PCR灵敏度高1 000倍.对保存的15份经常规PCR检测为IHHNV阳性的DNA样品进行荧光定量PCR检测,结果都为阳性,检测的病毒含量为2.15×107~4.21×104拷贝/μL.用该方法对不同浓度的样品进行了重复检测,表明该方法具有良好的重复性,可满足IHHNV的临床诊断需要. 相似文献