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AFLP技术的发展及其应用 总被引:5,自引:1,他引:5
扩增片段长度多态性(AFLP)被称为“下一代分子标记”,是检测DNA多态性的一种新技术。该技术在农作物、蔬菜、林木、果树等植物的种质鉴定、遗传多样性分析、构建遗传图谱、基因定位和标记辅助育种等方面得到应用。 相似文献
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试验对内切酶EcoRⅠ和MseⅠ的用量和酶切时间、预扩和选扩过程中模板稀释倍数以及扩增引物浓度分别进行了优化,并采用了Bassam法和Sanguinetti银染法进行了比较分析。结果表明:采用3UEcoRⅠ和MseⅠ这两种酶在37℃下酶切3 h,预扩模板稀释10倍和1.5 ng/μL引物进行预扩,选扩模板稀释20倍和2 ng/μL引物进行选扩,采用Bassam法进行银染,能够得到较好的试验结果,为AFLP进一步在披碱草属中的应用提供了参考。 相似文献
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利用AFLP标记构建家蚕分子连锁图谱 总被引:22,自引:0,他引:22
AFLP技术构建了家蚕分子标记连锁图谱,在扩增中使用了18组双引物及两个单引物在家蚕品系782和od 100的回交子代中得到了1177个扩增位点,有359个非分离位点,818个分离位点。分离位点中有292个位点符合孟德尔1:1分离比例。用MAPMAKER软件将292个标记位点及形态标记基因od分成26个连锁群,19个二联体及81个未进入连锁关系的标记。每个连锁群包含3~14个标记。平均为 6.5个标记。该连锁图总图距为 3285.5cM。标记间平均距离为 20.0cM。形态标记od被定位于该图谱中 3号连锁群上,而od基因位于家蚕Z染色体上,故可确定该分子标记连锁群对应于传统的家蚕形态标记图谱中的Z染色体。 相似文献
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山核桃AFLP实验技术体系的建立 总被引:4,自引:1,他引:4
以充分展开的山核桃Carya cathayensis嫩叶为材料、利用改良CTAB(十六烷基三甲基溴化铵)法与CTAB裂解一硅珠吸附法提取山核桃总DNA,对适合于山核桃叶片的AFLP(扩增片段长度多态性)分析体系进行了摸索。结果表明:①改良CTAB法适用于从山核桃叶中提取高质量的DNA,提取的DNA可用于AFLP的分析;②采用EcoR I/Mse I 酶切组合,酶切连接一步法与两步法的效果没有明显的差异,但一步法操作更为简便;③适合于山核桃叶AFLP分析的引物组合为E-ACT+M-CAT,E-ACT+M-CTG,E-ACG+M-CAT,E-ACG+M-CTG。扩增产物经60g·L^-1变性聚丙烯酰胺凝胶电泳后进行银染,条带信号强度一致性好,条带分布均匀、清晰,分辨率较高。 相似文献
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利用扩增片段长度多态性(Amplified fragment length polymorphism,AFLP)标记技术对桃[Prunus persica (L.) Batsch]红肉材料及其F1代共41份种质材料进行了DNA多态性分析,从64对(E+2/M+3)引物组合中筛选出7对引物用于扩增基因组DNA,共获得清晰可辨的325个标记,其中多态性标记为113个,多态性检出率为34.77%。根据AFLP扩增结果,利用NTSYSpc2.10e软件DICE进行相似系数分析,绝大多数材料的遗传相似系数集中在0.80~0.99,说明各种质材料之间遗传多样性不太丰富。通过UPGMA进行聚类分析,在遗传相似系数约0.88处,有9份红肉桃种质材料可聚为一大类,24份杂交一代与其母本金华大白桃和杭蜜2号可聚为第二大类。040222、红肉桃1、粘核红肉桃、红肉桃10、红肉桃18与040305这6份材料分别单独聚为一类,且与其他种质材料的遗传相似系数相对较小,表明其亲缘关系较远。 相似文献
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利用8对引物组合对AFLP标记在两个香菇菌株间(IB01×IB15)杂交F_1代的多态性及分离方式进行研究,结果显示,AFLP标记在该F_1代群体中的多态性较高,分离位点出现的平均频率是32.55%,分离方式有孟德尔分离、偏孟德尔分离及异常分离3种方式.3种分离位点出现的数量与平均频率分别为602、28.86%,271、12.99%,49、2.35%,其中孟德尔分离位点占分离位点总数的53.99%.15.34%的AFLP标记表现了偏分离,偏离的方向趋于亲本. 相似文献
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采用AFLP( Amplified fragment length polymorphism)技术对白菜(Brassica rapa ssp.chinensis)细胞质雄性不育系Y3611A及其相应的保持系Y3611B基因组DNA进行多态性比较,64对引物中有61对引物组合在两系间扩增出5 185条带,其中有3对引物在不育系Y3611A中扩增到3个特异片段,对特异片段进行克隆、测序,其序列全长分别为187 bp、205 bp和237 bp,将其分别命名为CMS187、CMS205和CMS237.用BLAST进行同源性分析,发现它们分别与大白菜核基因组部分序列、拟南芥衰老相关蛋白mRNA序列及拟南芥线粒体部分序列有较高的同源性. 相似文献
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【目的】蜂王浆是具有医疗保健功效的天然产品,含有丰富的小分子活性成分,目前蜂王浆代谢物的提取尚缺乏系统研究。通过蜂王浆代谢轮廓分析,比较不同溶剂对蜂王浆小分子化合物的提取效果,优化蜂王浆代谢物提取方法,鉴定蜂王浆中的代谢物。【方法】分别使用6种溶剂(50%和80%的甲醇、乙醇和乙腈)提取蜂王浆代谢物,运用反相液相色谱(reverse phase liquid chromatography,RPLC)和亲水相互作用色谱(hydrophilic interaction liquid chromatography,HILIC)分别联合四级杆-静电场轨道阱高分辨质谱技术(Q-exactive orbitrap HRMS)进行检测。比较不同溶剂组的代谢特征离子数量和相对标准偏差(relative standard deviation,RSD),并进行主成分分析(principal component analysis,PCA)。利用质谱数据库定性代谢物,并经标准品验证,比较其RSD差异,进行聚类热图(clustering heatmap)分析。通过正交偏最小二乘判别分析(orthogonal partial least squares-discriminant analysis,OPLS-DA)、单变量统计分析(student’s t-test)和倍数变化(fold change,FC)筛选溶剂组间具有显著差异的代谢物。【结果】强极性化合物,包括葡萄糖与果糖等同分异构体,在HILIC条件下分离良好,而脂类等中低极性化合物在RPLC条件下得到较好的分离。两种色谱分离方法的应用实现了对不同极性代谢物的检测,在蜂王浆中共鉴定到70种高丰度化合物,涵盖了糖、氨基酸、脂类、维生素等,其丰度差异高达8 340倍,其中有17种化合物为本研究首次报道。乙腈溶剂得到的代谢特征离子数量最少,80%乙腈比50%乙腈的提取效果更差;对甲醇和乙醇而言,高浓度时的代谢特征离子数量更多。所有溶剂组得到的RSD值集中分布在20%范围内,但80%乙腈组在10%内的占比最低,已鉴定的70种代谢物的RSD值进一步证明80%乙腈的重复性较差。PCA结果表明,来自同一提取溶剂的蜂王浆代谢谱高度相似,不同溶剂提取的样品间存在差异,其中,80%乙腈组与其他5组差异最大。聚类热图等分析结果表明,中低极性物质在50%溶剂组丰度较低,强极性物质特别是果糖、葡萄糖、蔗糖、赖氨酸、腺苷、胆碱、磷酸胆碱和葡萄糖酸在80%乙腈组丰度最低。【结论】RPLC和HILIC分别联合高分辨质谱技术能够较全面准确地检测蜂王浆中的小分子化合物,80%甲醇或80%乙醇是提取蜂王浆代谢物的最佳溶剂。 相似文献
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研究旨在利用具有时空特征的元胞自动机动力学模型对高压脉冲电场处理的果蔬介质进行仿真,模拟果蔬介质计算过程,为高压脉冲电场技术在果蔬保鲜、干燥以及杀菌中的应用提供理论依据。在考虑高压脉冲电场处理果蔬产生细胞电击穿现象以及电击穿原理的基础上,通过元胞空间、状态和规则的制定,构建了元胞自动机果蔬介质击穿模型。结果表明,该试验的模拟结果符合高压脉冲处理果蔬介质的击穿特征,与实际情况对比拟合度高,误差较小。利用元胞自动机仿真高压脉冲电场处理果蔬介质模型,反映了果蔬介质的击穿过程,有利于高压脉冲电场技术在果蔬领域的应用及推广。 相似文献