6个猪品种PODXL基因中ALGA0105966位点多态性与体尺指标的关联分析

采用等位基因特异性PCR方法,对香猪、黔北黑猪、柯乐猪、糯谷猪、荣昌猪、大白猪6个中外猪品种足细胞标记蛋白(podocalyxin,PODXL)中的1个单核苷酸多态性位点ALGA0105966进行基因分型,研究该位点的多态性与猪的体尺指标之间的关联。从6个猪品种的PODXL基因中检测到ALGA0105966位点的基因频率存在多态性变化,香猪、柯乐猪和荣昌猪中以AA纯合型为优势基因型,A等位基因的频率明显高于G(P0.01);黔北黑猪、糯谷猪、大白猪以杂合的AG为优势基因型,A与G等位基因频率间的差异不明显(P0.05);关联分析结果表明:ALGA0105966位点的基因型与香猪的管围、柯乐猪的体高、体长、胸围、腹围、体重以及黔北黑猪的胸围、体重存在弱的正相关关系,与荣昌猪的体宽呈中度正相关。推测PODXL基因中ALGA0105966位点可能与地方猪的体尺和体重变化有关。     

五指山猪IGF-1基因部分序列的SNP分析

为了揭示小型猪的生长发育规律和矮小遗传机理,试验采用PCR产物直接测序法对五指山猪、滇南小耳猪、香猪、梅山猪和大白猪共60个样本的IGF-1基因5'侧翼区部分片段的单核苷酸多态性(SNP)进行研究.找到2个SNP,分别为1个碱基颠换G22C和1个碱基转换G89A.针对这2个SNP位点得到5种组合基因型,各SNP位点基因及基因型频率统计结果显示:IGF-1基因G22C位点在总群体、五指山猪、滇南小耳猪、香猪、大白猪、梅山猪内的优势等位基因型均为GG型,优势等位基因均为G,具有较高的一致性;G89A位点在总群体、五指山猪、大白猪、梅山猪内的优势等位基因型均为AA型,优势等位基因均为A,而滇南小耳猪、香猪该位点的优势等位基因型均为GG型,优势等位基因均为G.     

五指山猪IGF-1基因部分序列的SNP分析

为了揭示小型猪的生长发育规律和矮小遗传机理,试验采用PCR产物直接测序法对五指山猪、滇南小耳猪、香猪、梅山猪和大白猪共60个样本的IGF-1基因5′侧翼区部分片段的单核苷酸多态性(SNP)进行研究。找到2个SNP,分别为1个碱基颠换G22C和1个碱基转换G89A。针对这2个SNP位点得到5种组合基因型,各SNP位点基因及基因型频率统计结果显示:IGF-1基因G22C位点在总群体、五指山猪、滇南小耳猪、香猪、大白猪、梅山猪内的优势等位基因型均为GG型,优势等位基因均为G,具有较高的一致性;G89A位点在总群体、五指山猪、大白猪、梅山猪内的优势等位基因型均为AA型,优势等位基因均为A,而滇南小耳猪、香猪该位点的优势等位基因型均为GG型,优势等位基因均为G。     

5个猪种HSD17B12基因结构变异SV225的多态性研究

基于香猪基因组重测序结果,发现HSD17B12基因内含子3中存在一个254 bp的结构变异位点,命名为SV225。为探索SV225在不同猪群体间多态性分布以及基因型与香猪产仔数的关系,选取4个贵州地方猪种(香猪、柯乐猪、江口萝卜猪、黔北黑猪)和1个欧洲猪种(大白猪)为动物样本,利用PCR检测5个猪种中结构变异SV225的分布频率。结果显示,4个贵州地方猪种中均检测到3种基因型:插入型Ⅱ,杂合型DI与缺失型DD,SV225多态性丰富,大白猪仅检测到Ⅱ型。4个贵州地方猪群相比,香猪和柯乐猪的D等位基因占优势,江口萝卜猪和黔北黑猪中Ⅰ等位基因比例更高。经卡方检验,香猪、柯乐猪的D等位基因频率显著高于江口萝卜猪和黔北黑猪(P0.01),且4个贵州地方猪种的D等位基因均显著高于大白猪(P0.01)。分析3种基因型与香猪产仔数的关系,发现Ⅱ型个体的第三胎平均产仔数比DI型多2.25头(P0.01)。本研究结果提示HSD17B12基因中的结构变异SV225与地方猪的产仔数可能存在一定的联系。     

MMP19基因在5个猪群体内的多态性分析

试验采用PCR-RFLP技术分析猪基质金属蛋白酶19基因(MMP19基因)多态性,并检测该基因在杜洛克、长白、大白、申农和梅山猪共501头猪群体内的基因型频率和等位基因频率。结果表明,MMP19基因在5个猪群体内呈现不同基因型。MMP19基因在杜洛克、长白和梅山猪群体内检测出TT、TC和CC共3种基因型。在大白猪和申农猪群体内检测出TC和CC基因型。在杜洛克群体内的基因型频率:TT为0.01、TC为0.41、CC为0.58;在长白猪群体内的基因型频率:TT为0.01、TC为0.44、CC为0.55;在梅山猪群体内的基因型频率:TT为0.03、TC为0.84、CC为0.13;在大白猪群体的基因型频率:TC为0.03、CC为0.97;在申农猪群体内的基因型频率:TC为0.40、CC为0.60。除在梅山猪外,在其余4个猪群体内CC型为优势基因型;在5个猪群体内C等位基因为优势等位基因。     

拜城油鸡FSHR基因多态性及其与生产性能的关联分析

【目的】探究促卵泡激素受体(follicle stimulating hormone receptor,FSHR)基因多态性与拜城油鸡产蛋性状、蛋品质及孵化性能的关系,为选育高生产性能的种鸡提供新的分子标记。【方法】以129只拜城油鸡为研究对象,利用DNA混池重测序技术筛选SNPs位点,采取Sequenom飞行时间质谱技术进行相关位点分型,通过SPSS 26.0软件的一般线性模型进行FSHR基因多态性与拜城油鸡生产性能的关联分析。【结果】FSHR基因外显子1上存在2个SNPs位点:SNP1(g.7640519 C＞A)、SNP2(g.7640639 T＞C);外显子4和5上分别存在1个SNP位点:SNP3(g.7692270 C＞T)、SNP4(g.7698478 A＞G);外显子10上存在3个SNPs位点:SNP5(g.7716725 G＞C)、SNP6(g.7715900 A＞G)、SNP7(g.7716470 T＞C),除SNP6外,检出率均在90%以上。SNP1位点仅检测到2个基因型:CC和CA,CC为优势基因型;SNP2、SNP3和SNP7位点均存在3种基因型:TT、TC和CC;SNP4位点存在3种基因型:AA、AG和GG;SNP5位点存在3种基因型:CC、CG和GG。相关分析结果表明,SNP2位点CC基因型个体开产日龄极显著高于TT基因型(P＜0.01),显著高于CT基因型(P＜0.05);TT基因型个体蛋重显著高于CT基因型(P＜0.05),入孵蛋死胚率显著高于CC基因型(P＜0.05)。SNP3位点TT基因型个体蛋壳厚度显著高于CC基因型(P＜0.05)。SNP5位点CG基因型个体300日龄总产蛋量极显著高于CC和GG基因型(P＜0.01),300日龄平均蛋重和开产蛋重均显著高于GG基因型(P＜0.05),开产体重显著高于CC基因型(P＜0.05);GG基因型个体蛋壳厚度显著低于CC和CG基因型(P＜0.05)。SNP7位点TT基因型个体开产蛋重和个体蛋重均显著高于CC和CT基因型(P＜0.05),蛋白高度和蛋黄重均显著高于CT基因型(P＜0.05),哈氏单位值极显著高于CC和CT基因型(P＜0.01)。【结论】FSHR基因SNP5(g.7716725 G＞C)位点CG基因型可作为影响拜城油鸡产蛋性能的标记基因型,SNP7(g.7716470 T＞C)位点TT基因型可作为影响拜城油鸡蛋品质的优势基因型。     

猪IGF-1R基因启动子区单核苷酸多态性检测分析

本试验对猪混合基因池中胰岛素样生长因子-1受体基因(IGF-1R)启动子区进行克隆并测序,筛查不同猪种间的突变位点并对其转录因子结合位点进行预测。采用AS-PCR方法,对巴马香猪、西藏小型猪、军牧1号白猪、东北野猪和大白猪5个品种猪的IGF-1R启动子区进行了单核苷酸多态性分析。结果表明该基因启动子区上存在2个SNPs位点(G-1 440C,C-1 165T),但均未引起转录因子结合位点的变化。在G-1 440C位点,5个猪种出现3种基因型,分别为GG,GC,CC,其中巴马香猪的等位基因频率G%=C%,其余4个猪种优势等位基因为G;在C-1 165T处,存在CC,CT,TT 3种基因型,西藏小型猪的优势等位基因为T,其余4个猪种优势等位基因为C。2个突变位点的基因型分布差异极显著(P<0.01)。     

猪MBL-C及DUSP1基因变异对猪繁殖与呼吸综合征病毒抗性影响的初步分析

分析了MBL-C-exon6-A296G和DUSPI-exon4-C308T2个SNP对猪繁殖与呼吸综合征病毒抗性的影响.首先从猪的尾组织及血液中提取DNA,然后利用等位基因特异性聚合酶链反应(allele specificpolymerase chain reaction,AS-PCR)技术和SAS(9.1)软件在98头大约克猪和166头长大猪群体中进行上述2个SNP位点多态性与猪繁殖与呼吸综合征病毒抗性之间的相关性分析.结果显示,MBL-C基因突变位点与DUSP1基因突变位点在两个群体中都存在3种基因型,分别为AA、AG、GG和CC、CT、TT基因型.相关性分析表明,在大约克群体中MBL-C基因位点AG基因型发病风险可能只有GG基因型的0.37倍(P=0.039);在长大群体中该位点AA基因型发病风险可能只有GG基因型的0.11倍(P=0.04),并且在该群体中的初生死仔率方面(含木乃伊、死胎),这3种基因型的差异虽然没有达到显著水平,但是AA基因型的平均数初生死仔率(0.14)低于AG基因型(0.45)和GG基因型(0.44).DUSP1基因SNP位点各个基因型在两个群体中的猪繁殖与呼吸综合征病毒抗性及产死仔率均没有显著的影响.本研究认为MBL-Cexon6-A296G这个SNP位点对猪繁殖与呼吸综合征病毒的抗性有影响且A等位基因可能为抗性基因.     

苏淮猪IFNGR1基因多态性及其与猪气喘病抗性的相关分析

猪气喘病是由猪肺炎支原体引起的一种慢性、接触性呼吸道传染病,其流行范围广、难治愈,给养猪业造成了巨大的经济损失。本试验在前期RNA测序结果的基础上,首先选出了差异表达基因干扰素γ受体1(INFGR1),利用PCR扩增和PCR产物直接测序筛查了INFGR1基因外显子区域的SNP位点,进一步在苏淮猪群体开展了基因型分型检测,同时利用实时荧光定量PCR技术检测了苏淮猪群体的猪肺炎支原体感染水平,最后统计分析了INFGR1基因SNP位点不同基因型与苏淮猪群体猪肺炎支原体感染水平的相关。结果发现在苏淮猪IFNGR1基因外显子5上检测到一个SNP(A12557G),苏淮猪群体A等位基因频率为0.555,G等位基因频率为0.445;不同基因型猪肺炎支原体感染量差异极显著(P0.01),GG基因型感染水平显著高于AA基因型,初步推测IFNGR1基因SNP(A12557G)可作为影响苏淮猪气喘病抗性选育潜在的分子遗传标记。     

柯乐猪PAEP基因多态性及其与繁殖性状的关联分析

【目的】研究孕激素相关子宫内膜蛋白(progestogen associated endometrial protein, PAEP)基因多态性对柯乐猪繁殖性状的影响,以挖掘柯乐猪的高繁殖力基因,用于提升柯乐猪的繁殖力。【方法】以189头经产柯乐猪为试验动物,采用PCR产物测序和序列比对鉴定单核苷酸多态性(SNP)位点,利用SHEsis在线软件分析SNP位点的群体遗传特性,通过RNAfold、SOPMA、SWISS-MODEL和SWISS-PdbViewer程序对SNP位点进行生物信息学分析,利用SPSS 22.0软件分析PAEP基因SNP位点与柯乐猪繁殖性状的相关性。【结果】在柯乐猪PAEP基因中共鉴定到3个SNPs位点：外显子4的g.1884992 T>C位点,为错义突变,导致第135位缬氨酸(V)变成丙氨酸(A);内含子4的g.1885152 G>C和g.1887834 G>A位点。3个突变位点均检测到3种基因型;g.1884992 T>C位点属于低度多态(PIC<0.25),g.1885152 G>C、g.1887834 G>A位点属于...     

Polymorphism of SNP Site rs80894395 and its Association with the Body Size of Xiang Pig

To explore the functional genes affecting the growth and development of Xiang pig, a single nucleotide polymorphism (SNP) site rs80894395, located at intron 10 of polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase 2 (GALNT2) gene was screened out by Illumina Porcine SNP60K chip, which showed a weak association with the abdomen circumference of pig.Further, the genotypes of site rs80894395 in 520 female Xiang pigs were detected using allele-specific PCR(AS-PCR) method, taking 43 Yorkshire pigs and 36 Kele pigs as control groups.All of CC, CT and TT genotypes were detected from the three pig breeds.The dominant genotype of Xiang pig was CT genotype and it was positively weak-associated with its body measurement indexes including body weight, body length, and abdomen circumference.The CC genotype was dominant genotype in Yorkshire pig, and the frequency of T allele was extremely significant decreased compared with that of Xiang pig (P<0.01).There was no difference in the frequencies of CC and CT genotypes in Kele pig, and its allele frequencies was not significantly different compared with that of Xiang or Yorkshire pig breeds (P>0.05).A splice-site nearby site rs80894395 was found out using bioinformatics prediction software, which might affect the splicing process of GALNT2 gene.It suggested that site rs80894395 might have a connection with the growth and development of Xiang pig.     

不同猪种ESR基因多态性的PCR-RFLP分析

运用PCR-RFLP方法,检测了杜洛克、约克夏、长白猪、皮特兰、梅山猪、二花脸猪、枫泾猪、荣昌猪、苏太猪等9个国内外猪种的ESR基因PvuⅡ位点多态性。结果表明,在约克夏猪、二花脸猪、枫泾猪和苏太猪中检测到了AA、AB、BB 3种基因型,在杜洛克猪、皮特兰猪中检测到AB、BB 2种基因型,在长白猪、梅山猪、荣昌猪中只检测到了AB基因型。在本研究中不同品种的A、B基因频率差异显著,总体上在国外猪群体中A等位基因为优势等位基因,而地方猪种中B等位基因为优势等位基因。     

猪垂体特异性转录因子基因多态性的研究

对香猪、上海白猪、大约克夏猪的垂体特异性转录因子(PIT-1)基因进行了单核苷酸多态性(SNP)分析。结果显示:在3个猪种PIT-1基因的第5和第6外显子中均未发现SNP;而在第4外显子中出现SNP,即在公布序列的第272位上有1/2的大约克夏猪为碱基C,其余1/2的大约克夏猪和全部的香猪、上海白猪均发生了C→T突变,这是一个沉默突变。根据研究结果推测,PIT-1基因第4外显子中的碱基突变及这3个外显子的序列状况可能与香猪的矮小性无关。     

猪水通道蛋白7基因第4内含子多态性分析

本研究旨在探讨国内外猪种水通道蛋白7(aquaporin 7,AQP7)基因多态性,以期为进一步研究猪AQP7基因与脂肪沉积性状的相关性提供理论依据。采用PCR-RFLP方法检测了猪AQP7基因第4内含子G/A在6个猪群中的多态性分布。检测结果表明,经PstⅠ酶切后发现了GG、AG和AA 3种基因型。在莱芜猪、里岔猪、鲁莱猪、杜洛克猪和大约克猪5个猪种中G均为优势等位基因,而在沂蒙猪中A为优势等位基因。χ²检验结果发现,基因型分布在莱芜猪、鲁莱猪和沂蒙猪群体达到了哈代－温伯格平衡(P>0.05),而里岔猪、杜洛克猪和大约克猪群体中均未达到平衡状态(P<0.05);不同基因型在群体间的分布差异极显著(P<0.01)。群体遗传特性分析表明,有效等位基因数在0.3084~0.4953之间,多态信息含量在0.2609~0.3726之间,属于中度多态。本研究结果提示,地方猪种、引进猪种和培育猪种AQP7基因内含子4的基因型分布存在明显差异,A等位基因作为脂肪沉积的有利等位基因尚需进一步验证。     

3个地方猪品种BOLL和STRA8基因结构变异位点的群体分布研究

为了探讨BOLL-I6-sv285（15号染色体BOLL基因第6内含子）和STRA8-I4-sv447（18号染色体STRA8基因第4内含子）这两个结构变异在地方猪与欧洲猪品种中的群体分布差异,试验采用PCR方法对从江香猪、江口萝卜猪、荣昌猪和大白猪4个猪品种进行基因分型,并通过在线软件miRBase、UCSC、RegRNA 2.0对结构变异序列所含的功能元件进行分析。结果显示,BOLL-I6-sv285为一段285 bp的插入,经群体验证,3个地方猪品种以DI和DD基因型为主,I等位基因的频率高于大白猪,插入基因型（Ⅱ）对应较高的产仔数,基因型与从江香猪产仔数之间呈显著相关（P<0.05）;STRA8-I4-sv447为一段447 bp的插入突变,群体中DD基因型占优势,从江香猪、江口萝卜猪和大白猪的I等位基因频率高于荣昌猪,插入基因型（Ⅱ）对应较低的产仔数,基因型与从江香猪产仔数之间呈显著相关（P<0.05）。本试验鉴定的BOLL-I6-sv285和STRA8-I4-sv447两个结构变异可作为从江香猪产仔数的候选分子标记。     

猪3号染色体上与产仔性状和窝内仔猪初生重整齐度显著关联的标记鉴定

试验旨在寻找与猪产仔性状和窝内仔猪初生重整齐度显著关联的分子标记,为猪繁殖性状的遗传改良提供依据。在课题组前期进行的猪全基因组清扫分析的基础上,选定猪3号染色体上的2个SNPs位点（rs338309012和rs335824784）,利用目标序列捕获测序分型技术,在丹系大白猪和美系大白猪群中对这2个SNPs位点与猪产仔性状（包括总产仔数、产活仔数、死胎及木乃伊胎数等）及窝内仔猪初生重整齐度进行关联分析。结果显示,rs338309012位点与总产仔数、木乃伊胎数显著关联（P<0.05）,AC基因型母猪的总产仔数、木乃伊胎数均显著高于CC基因型（P<0.05）;rs335824784位点与有效活仔数、木乃伊胎数显著关联（P<0.05）,与产活仔数和死胎数极显著关联（P<0.01）,不同基因型对产活仔数和有效活仔数的影响为GG > CG > CC,与之相反,对窝内仔猪初生重的变异系数、死胎及木乃伊胎数的影响为GG < CG < CC。因此,rs335824784位点GG基因型猪不仅产活仔数多,而且窝内仔猪初生重整齐,死胎和木乃伊胎数低,可以作为提高猪产仔性状和窝内仔猪初生重整齐度的分子标记。     

Identification of Markers Significantly Associated with Litter Size Traits and Uniformity of the Piglet's Birth Weight on Porcine Chromosome 3

This study was aimed to find the molecular markers significantly associated with litter size traits and uniformity of the piglet's birth weight,and provided a basis for genetic improvement of reproductive traits in pigs.This study was based on the genome-wide selective sweep analysis of pig conducted by the research group in the previous studies,two SNPs (rs338309012 and rs335824784) on porcine chromosome 3 were selected,and the genotyping-in-thousand by sequencing was used,the relationship between two SNPs and litter size traits (including total number born,total number born alive,number of stillborn pigs and number of mummified pigs,etc.) and the uniformity of the piglet's birth weight was association analyzed in Danish Yorkshire and American Yorkshire pigs.The results showed that rs338309012 were significantly associated with the total number born and the number of mummified pigs (P<0.05),and the total number born and the number of mummified pigs of AC genotype sows was significantly higher than CC genotype (P<0.05).rs335824784 was significantly associated with the effective number of born alive and the number of mummified pigs (P<0.05),and was also extremely significantly associated with the total number born alive and the number of stillborn pigs (P<0.01).The effect of different genotypes on the total number born alive and effective number of born alive were GG > CG > CC.On the contrary,the effect of different genotypes on the coefficient of variation of the birth weight of piglets,the number of dead and mummified fetuses were GG < CG < CC.Thus,the GG genotype sows with rs335824784 not only had more total number born alive,but also had regular piglet's birth weight and lower number of stillborn and mummified pigs,which could be used as a molecular marker to improve the litter size traits and uniformity of the piglet's birth weight.     

Analysis on Polymorphisms of Three CNV Regions in Five Pig Breeds

The paper was aimed to investigate the polymorphism of copy number variation (CNV) in different pig breeds.Three CNV regions of CNVR91,CNVR92 and CNVR143 were chosen from the porcine SNP60 chip genotyping results.The polymorphisms of three CNVs were determined by Real-time quantitative PCR method,taking five pig breeds as samples,including Yorkshire pig,Xiang pig,Kele pig,Nuogu pig and Rongchang pig breeds.The results showed that the dominant status of CNVR91 was loss in Xiang pig,while it was normal in other four pig breeds.The major type of CNVR92 was deletion in Xiang pig,Yorkshire pig,Kele pig and Rongchang pig breeds,with a high normal percent in Nuogu pig.For CNVR143,the dominant event was gain in Xiang pig and Nuogu pig breeds,but it was not diverse in other three pig breeds.These results indicated that three CNV regions emerged with polymorphism in five pig breeds,which might have effects on gene expression in CNV regions and physiological function by dosage effect especially in Xiang pig,Nuogu pig and Kele pig breeds.     

5个猪品种3个拷贝数变异区的多态性分析

为了探究拷贝数变异(copy number variation,CNV)在不同猪品种间的多态性,本试验根据猪SNP60芯片检测结果,以大白猪、香猪、柯乐猪、糯谷猪、荣昌猪为主要研究对象,采用实时荧光定量PCR方法,对5个猪品种基因组中3个CNV区域(CNVR91、CNVR92和CNVR143)的拷贝数进行测定。结果显示,香猪的CNVR91以拷贝数缺失为主,其他4个猪品种的拷贝数以正常为主;香猪、大白猪、柯乐猪、荣昌猪的CNVR92以拷贝数缺失为主,糯谷猪以拷贝数正常为主;香猪和糯谷猪的CNVR143以拷贝数增加为主,其他3个猪品种以拷贝数正常为主。表明3个拷贝数变异区在5个猪品种之间具有多态性,可能通过剂量效应影响香猪、糯谷猪和柯乐猪等相关基因的表达和生理功能。