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1.
【目的】探讨猪黑素皮质激素受体Ⅰ基因(MC1R)碱基突变与其毛色分离的相关性,为研究猪的毛色遗传分子机制及遗传育种奠定基础。【方法】根据Gen Bank已公布的猪MC1R基因同源序列(AF326520)设计引物,以70头不同毛色的长白猪×巴马小型猪杂交F2代(长×巴F2代)猪血液总DNA为模板,PCR扩增MC1R基因序列,并利用PCR-SSCP对长×巴F2代杂交猪的MC1R基因进行单核苷酸多态性(SNP)分析。【结果】长×巴F2代杂交猪MC1R基因编码区序列约963 bp,与参考序列(AF326520)的同源性为99.37%,共有6处碱基发生突变,其中两处(284G→A和306T→C)为错义突变,284G→A导致95Val→Met,306T→C导致102Leu→Pro;其余4处均为同义突变,分别为6C→T、51G→A、364T→C和730G→A。PCR-SSCP检测结果显示,长×巴F2代杂交猪的MC1R基因均未表现出多态性。【结论】长×巴F2杂交猪的MC1R基因存在碱基突变,其基因型为ED1,但在不同毛色的长×巴F2代杂交猪群体中并未发现MC1R基因呈多态性,即猪毛色多样性不能简单以MC1R基因的多态性进行分析。  相似文献   

2.
【目的】探讨猪黑素皮质激素受体Ⅰ基因(MC1R)碱基突变与其毛色分离的相关性,为研究猪的毛色遗传分子机制及遗传育种奠定基础。【方法】根据GenBank已公布的猪MC1R基因同源序列(AF326520)设计引物,以70头不同毛色的长白猪×巴马小型猪杂交F2代(长×巴F2代)猪血液总DNA为模板,PCR扩增MC1R基因序列,并利用PCR-SSCP对长×巴F2代杂交猪的MC1R基因进行单核苷酸多态性(SNP)分析。【结果】长×巴F2代杂交猪MC1R基因编码区序列约963 bp,与参考序列(AF326520)的同源性为99.37%,共有6处碱基发生突变,其中两处(284G→A和306T→C)为错义突变,284G→A导致95Val→Met,306T→C导致102Leu→Pro;其余4处均为同义突变,分别为6C→T、51G→A、364T→C和730G→A。 PCR-SSCP检测结果显示,长×巴F2代杂交猪的MC1R基因均未表现出多态性。【结论】长×巴F2杂交猪的MC1R基因存在碱基突变,其基因型为ED1,但在不同毛色的长×巴F2代杂交猪群体中并未发现MC1R基因呈多态性,即猪毛色多样性不能简单以MC1R基因的多态性进行分析。  相似文献   

3.
为探究黑色素皮质素受体1(MC1R)基因外显子与家兔毛色形成之间的关系,采用PCR-SSCP高温变性结合DNA测序方法,对4个家兔群体(白色獭兔、青紫蓝獭兔、九嶷山兔和闽西南黑兔)的MC1R基因的多态性进行了检测,并分析了MC1R基因位点突变与家兔毛色之间的相关性。结果表明,MC1R基因外显子发现了2个等位基因、3种基因型,103-108位点存在AGACGG插入。所有的群体均处于哈代-温伯格平衡,在所选的4个家兔群体的MC1R基因外显子中,A等位基因在白色獭兔、青紫蓝獭兔和九嶷山兔群体中表现为优势等位基因,B等位基因在闽西南黑兔群体中表现为优势等位基因。A等位基因与白色、蛋白色等浅毛色性状相关,B等位基因与黑色、青紫蓝色及海狸色等深毛色性状相关。  相似文献   

4.
苏姜猪MC4R基因多态性及其与生产性状的关联分析   总被引:2,自引:0,他引:2  
本研究旨在探讨MC4R基因多态性对苏姜猪生产性状的影响,以期能够筛选出可用于提高苏姜猪生产性状的分子标记.利用DNA混合池和Sanger测序法对MC4R基因外显子进行单核苷酸多态性(SNP)检测,分析SNP的遗传多态性及其与生产性状的关联性.结果显示,苏姜猪MC4R基因外显子中共检测到6个SNP位点,其中1个错义突变[rs81219178 G>A(Asp298Asn)],5个3'UTR突变(rs325999553 G>A、rs344775772 T>A、rs334536177 A>C、rs335628164 C>T和rs81221063 A>T),均包含3种基因型,且符合Hardy-Weinberg平衡,2个SNP位点为低度多态,4个SNP位点为中度多态.关联分析结果显示,rs81219178 G>A(Asp298Asn)位点对胸围和胸宽有显著影响,5个3'UTR突变位点对体质量、体高和胸围有显著影响.rs325999553 G>A和rs344775772 T>A呈现高度连锁,rs334536177 A>C、rs335628164 C>T和rs81221063 A>T呈现高度连锁.结果提示,MC4R基因对苏姜猪的部分生产性状有显著影响,可作为苏姜猪早期选育的分子标记.  相似文献   

5.
通过PCR产物直接测序的方法,对阿尔巴斯绒山羊、奶山羊、蒙古羊、巴盟肉羊R-脊椎蛋白2(RSPO2)基因的3'端外显子进行单核苷酸多态性分析。结果表明:三个品种的RSPO2基因3'端外显子序列上存在七处碱基突变,其中六处属错义突变,一处属同义突变。绵羊有五处,其中包括211位、212位上发生了错义突变由T→G;223位发生了错义突变由A→C;500位发生了同义突变由A→G的点突变;846位发生了错义突变由A→G。山羊有两处,其中包括1272位发生了错义突变由T→C;1386位发生了错义突变由T→C。  相似文献   

6.
藏绵羊DQA1基因多态性分析   总被引:1,自引:0,他引:1  
 【目的】研究藏绵羊DQA1基因多态性,确定其等位基因数、核苷酸多态位点、氨基酸多态位点及各等位基因间的遗传关系,同时分析其进化意义。【方法】采用PCR-SSCP方法检测了900只藏绵羊DQA1基因第2外显子多态性;克隆、测序群体内变异产生的各等位基因序列,并分析序列数据。【结果】发现了17个DQA1的等位基因,包括缺失的1种基因,其中5个为发现的新等位基因。16个单倍型序列中发现56个核苷酸多态位点,27个氨基酸多态位点。【结论】藏绵羊DQA1基因第2外显子具有丰富的多态性,群体中可能蕴藏着更多的遗传资源;藏绵羊DQA1基因最初可能是由2个等位基因突变分化成两大类等位基因的;藏绵羊DQA1基因第2外显子序列与牛的DQA1基因第2外显子序列具有较高的同源性,预示绵羊和牛的DQA1基因最早可能来源于它们分歧以前的共同祖先原始序列;DQA1基因在与其相关的特定抗原刺激下发生的免疫应答反应在绵羊和牛上具有相似性;新等位基因C的139位发现了1个新的核苷酸突变位点(A/G),属同义突变;5个新发现的DQA1等位基因遗传关系较近,可能由同一等位基因突变产生。  相似文献   

7.
[目的]研究MC1R、Agouti和MITF基因在不同毛色新疆山羊皮肤组织中的差异表达,为确定其与新疆山羊毛色形成的相关性提供依据。[方法]采用实时荧光定量PCR技术,检测3种不同毛色(白色、褐色、黑色)新疆山羊皮肤组织中MC1R、Agouti和MITF基因mRNA的表达差异。[结果]MC1R、Agouti及MITF基因mRNA在不同毛色新疆山羊皮肤组织中均有表达;MC1R、MITF基因mRNA在黑色新疆山羊皮肤组织中的表达量高于褐色和白色新疆山羊(P>0.05),Agouti基因mRNA在白色新疆山羊皮肤组织中的表达量显著高于褐色和黑色新疆山羊(P<0.05)。[结论]MC1R、Agouti和MITF基因对新疆山羊毛色形成有一定影响,为今后新疆山羊毛色选育与品种改良提供了参考。  相似文献   

8.
[目的]对火炬松Pinus taeda生长和松脂产量相关功能基因单核苷酸多态性(Single nucleotide polymorphism,SNP)位点进行筛选与分析,为分子标记辅助育种提供技术基础.[方法]利用生物信息学对火炬松cDNA文库进行整理、比对、剪接、注释,挑选出与生长素、赤霉素、细胞分裂素及蒎烯合成相关的非重复序列基因(Unigene)作为候选基因片段,利用MEGA5.0和DnaSP4.0软件对火炬松36个单株的8个候选基因片段进行序列比对和分析.[结果]所测序列总长为5 177 bp,检测到184个SNP位点,平均36.9 bp的基因序列中出现1个SNP位点,其中123个为非同义突变、61个为同义突变SNP位点.核苷酸多态性πa和θw分别为0.020和0.016.对8个候选基因片段内SNP位点进行的连锁不平衡分析显示,随着核苷酸序列长度的延伸,SNP位点的连锁不平衡在基因内部迅速衰退(R2≤0.2).[结论]在火炬松中,基于候选基因内SNP位点间的连锁不平衡作图是可行的.  相似文献   

9.
高灌蓝莓CBF基因的单核苷酸多态性分析   总被引:1,自引:0,他引:1  
本研究以21个高灌蓝莓品种为试材,克隆VcCBF基因,测序后分析其单核苷酸多态性(SNP),共克隆到123个非重复序列,发现120个SNP位点,单核苷酸多态性发生频率为1/695bp,核苷酸多态性值(Pi)为0.01251。在120个SNP位点中,单态突变位点62个;简约信息位点58个,其中双突变55个,三突变3个。对其碱基替换方式进行分析发现,转换91个,颠换26个,转换与颠换的发生比率为3.5∶1。通过单倍型分析发现,21个蓝莓品种的VcCBF基因存在5种单倍型。  相似文献   

10.
为了探讨黑素皮质素受体4(melanoeortin receptor-4,MC4R)基因在绵羊中的多态性以及多态位点对绵羊生长性状的影响,对湖羊MC4R基因进行扩增,测序后发现9个碱基置换,选择MC4R基因548位点处C/T的单碱基突变,建立CRSPCR-RFLP分析方法,并对6个绵羊群体(湖羊、东弗里生羊×湖羊(东湖杂交羊)、中国美利奴、Romney、中国美利奴×Romney和阿勒泰)共518个个体进行检测分析。结果表明:在阿勒泰、Romney、中国美利奴×Romney群体中仅检测到CC 1种基因型,在东湖杂交羊和中国美利奴的群体中检测到CC和CT 2种基因型,而在湖羊群体中检测到CC(0.865)、CT(0.126)和TT(0.009)3种基因型。湖羊群体CT基因型2月龄体质量显著高于TT基因型(P0.05),4月龄体长显著高于CC型(P0.05)和TT型(P0.01);东湖杂交羊群体中CT基因型的4月龄体高显著高于CC基因型(P0.05)。本研究初步表明6个绵羊群体中MC4R基因的CT基因型具有生长优势。  相似文献   

11.
为了探讨黑素皮质素受体4(melanoeortin receptor-4,MC4R)基因在绵羊中的多态性以及多态位点对绵羊生长性状的影响,对湖羊MC4R基因进行扩增,测序后发现9个碱基置换,选择MC4R基因548位点处C/T的单碱基突变,建立CRSPCR-RFLP分析方法,并对6个绵羊群体(湖羊、东弗里生羊×湖羊(东湖杂交羊)、中国美利奴、Romney、中国美利奴×Romney和阿勒泰)共518个个体进行检测分析。结果表明:在阿勒泰、Romney、中国美利奴×Romney群体中仅检测到CC 1种基因型,在东湖杂交羊和中国美利奴的群体中检测到CC和CT 2种基因型,而在湖羊群体中检测到CC(0.865)、CT(0.126)和TT(0.009)3种基因型。湖羊群体CT基因型2月龄体质量显著高于TT基因型(P0.05),4月龄体长显著高于CC型(P0.05)和TT型(P0.01);东湖杂交羊群体中CT基因型的4月龄体高显著高于CC基因型(P0.05)。本研究初步表明6个绵羊群体中MC4R基因的CT基因型具有生长优势。  相似文献   

12.
鸡MC4R基因新突变位点的发现   总被引:3,自引:0,他引:3  
[目的]为深入研究鸡MC4R基因和分子育种提供参考。[方法]采用饱和酚/氯仿法从鸡血中提取DNA,利用PCR-SSCP和DNA测序的方法,对京海黄鸡MC4R基因的单核苷酸多态性进行分析。[结果]对PCR产物进行SSCP分析,2对引物均表现出多态性。引物A得到2种基因型(AA型和AB型)。引物Z也得到2种基因型(CC型和CD型)。将测序结果与发表的鸡MC4R基因序列的比较结果进行比较,发现2个单核苷酸多态位点,其中A引物扩增序列中的多态位点为662 bp处G→C的点突变造成的,而Z引物扩增序列中的多态位点是由于在733~734 bp插入了一个C碱基引起的。[结论]该研究中未检测到BB和DD纯合基因型,这可能与在京海黄鸡培育过程中采用分子标记方法进行选择有关。  相似文献   

13.
测定了关中奶山羊品种10个个体的细胞色素b基因全序列(1 140bp),比较分析了群体中细胞色素b基因的碱基组成和序列间碱基的变异情况,结果表明:在该品种(群体)中细胞色素b基因序列中10个变异位点上观察到17次T-C间的碱基转换,除了有1次T-C间碱基转换发生在密码子第1位点以外,其余的16次碱基转换都发生在密码子第3位点,均为同义突变;观察到5种单倍型,单倍型多样度为0.756。并以绵羊为外群构建系统发生树(NJ树),结果显示:关中奶山羊有2个母系起源,其中支系A占90%(9/10),支系B占10%(1/10)。  相似文献   

14.
[目的]探索獭兔酪氨酸相关蛋白1(Tyrp1)基因在毛色形成过程中的分子机制。[方法]对獭兔Tyrp1基因序列的核苷酸序列、编码产物的基本理化性质等进行预测和分析,同时利用PCR-SSCP(Single strand conformation polymorphism analysis of polymerase chain reaction products)技术检测Tyrp1基因CDS序列的多态性分布状况。[结果]信息学分析发现,TYRP1蛋白是不稳定的亲水性蛋白,有信号肽,具有酪氨酸酶家族特征性功能结构域。多态性检测发现仅在Tyrp1基因CDS的483 bp处存在1个C→T的同义突变,位于外显子2上,该碱基的突变没有造成氨基酸的改变(AUC→AUT,异亮氨酸)。Hardy-Weinberg平衡检验表明,青紫蓝色獭兔群体处于非平衡状态,白色獭兔群体处于平衡状态。青紫蓝兔群体为中度多态信息含量(0.25PIC0.50),白色獭兔群体为低度多态信息含量(PIC0.25)。[结论]Tyrp1基因对獭兔的毛色有一定的影响。该研究结果可为獭兔毛色的选种选育提供一定的参考。  相似文献   

15.
【目的】探究家兔血管生成素样蛋白4(angiopoietin-like protein 4,ANGPTL4)基因第6外显子内的多态性及其与家兔部分生长性状的关联性。【方法】采用PCR产物测序法检测家兔ANGPTL4基因外显子内的单核苷酸多态性(SNPs)位点,并应用PCRRFLP酶切分型技术对3个家兔品种(天府黑兔、伊拉兔和新西兰兔)共495个群体样本进行酶切分型,分析SNPs与3个家兔品种部分生长性状的关联性。【结果】ANGPTL4基因第6外显子中共检测发现3个遗传变异位点(c.823 GA为非同义突变,c.867 TC和c.975 TC均为同义突变),且完全处于连锁状态(r2≥0.75),由此选择c.823 GA位点作为遗传效应分析位点。关联性分析得出3个家兔群体内AG基因型和GG基因型与3个品种部分生长性状具有较高的遗传效应。【结论】ANPGTL4基因可以是与家兔生长发育相关的候选基因,以此为培育肉兔新品种提供辅助分子遗传选择依据。  相似文献   

16.
鹌鹑MC4R基因编码区群体遗传变异检测分析   总被引:1,自引:0,他引:1  
 根据GenBank数据库提供的鹌鹑黑素促黑素受体4(MC4R)基因序列,设计出5对扩增引物,采用PCR SSCP分段检测方法对朝鲜鹌鹑MC4R基因外显子区域的多态性进行了检测,并对存在多态性的DNA片段进行了序列测定。SSCP分析的结果显示,第4号引物扩增的基因片段具有明显的多态性,并检测到了3种基因型(AA型,AB型,BB型)。将测序结果与GenBank数据库中鹌鹑MC4R基因序列进行比对,发现了一个单核苷酸多态性(SNP)位点:855bp位点存在一个T→C同义转换突变。基因型AA,AB和BB的频率分别为0.1933,0.6867和0.1200;等位基因A和B的频率分别为0.5367和0.4633;多态信息含量(PIC)和杂合度(H)分别为0.3736和0.4974;χ2检验的结果表明,该突变位点的基因频率未处于Hardy Weinberg平衡状态(P<0.01)。  相似文献   

17.
【目的】明确海南黄牛胰岛素样生长因子2受体基因(IGF2R)遗传多态性及其在海南黄牛群体中的遗传分布情况,为进一步揭示IGF2R基因对海南黄牛生长性状的调控机理提供理论依据,也为分子标记辅助选择提供新的候选位点。【方法】构建海南黄牛DNA混池,通过PCR扩增和测序技术对海南黄牛IGF2R基因编码区(CDS)进行基因多态性分析,并以Chromas序列比对筛选出错义突变SNP位点;应用PCR-RFLP对202头海南黄牛个体进行基因型鉴定,同时对筛选到的SNP位点进行连锁不平衡及单倍型分析,评估海南黄牛群体中各单倍型的分布情况;通过生物信息学方法分析各单倍型和SNP位点对海南黄牛IGF2R基因CDS区mRNA二级结构、蛋白理化性质及蛋白二级结构的影响。【结果】在海南黄牛IGF2R基因CDS区共检测到4个错义突变SNPs位点,分别为SNP1(g.63977A>G)、SNP2(g.63999T>C)、SNP3(g.69772G>A)和SNP4(g.94987A>C),其中SNP1、SNP2和SNP3位点间呈强连锁不平衡状态。4个SNPs位点在海南黄牛群体中均表现为中度多态性,且处于Hardy-Weinberg平衡状态(P>0.05)。海南黄牛群体中存在4种单倍型(F>0.01),分别是H1(ATG)、H2(GCA)、H3(ACA)和H4(GCG);各单倍型及SNP4突变型对海南黄牛IGF2R基因CDS区mRNA二级结构及其最小自由能均有影响。海南黄牛IGF2R蛋白为亲水蛋白,存在跨膜结构和信号肽,其二级结构主要由无规则卷曲和延伸链构成,α-螺旋和β-转角的占比较小。【结论】在海南黄牛IGF2R基因CDS区共检测到4个错义突变SNPs位点,在海南黄牛群体中均表现为中度多态性,且处于Hardy-Weinberg平衡状态。海南黄牛IGF2R基因SNP位点突变对其mRNA二级结构及稳定性均会造成影响,致使IGF2R蛋白二级结构肽链构象发生改变,进而对海南黄牛生长性状的调控造成影响。  相似文献   

18.
[目的]羽色不仅是家鸡的重要外观特征,因其影响优质活禽上市时消费者的选择,进而还具有重要的经济意义.本研究旨在探究黑素皮质激素受体1(MC1R)基因在江西地方鸡种中的变异及其对羽色的影响.[方法]采用PCR产物直接测序法,对MC1R基因在333个源自东乡绿壳蛋鸡、余干乌骨鸡、南城黑鸡、安义瓦灰鸡、白耳黄鸡、宁都黄鸡、康乐黄鸡、丝羽乌骨鸡、崇仁麻鸡和修水黄羽乌鸡的个体的变异位点进行鉴别,随后利用PHASE软件构建上述变异位点在各鸡群体中的单倍型并分析其与羽色的关系.[结果]共检测到MC1R基因变异位点15个,包括10个错义突变位点、4个同义突变位点和1个缺失突变位点,其中c.366C>G(p.122Ile>Met)和c.547_549delAAC(p.183delAsn)为新发现的变异位点;共检测到31种单倍型(H0-H30),其中6种为新单倍型(H11、H14、H15、H16、H17和H27)并只出现于黄羽和白羽个体中.黑羽个体(东乡绿壳蛋鸡、余干乌骨鸡和南城黑鸡)均含有单倍型H4或H2,二者共同含有c.212T>C(p.71Met>Thr)和c.274G>A(p.92Glu>Lys)位点,其中东乡绿壳蛋鸡仅具有H4一种单倍型.灰羽个体(安义瓦灰鸡)均携带H4或H5单倍型且H5比前者多含有c.636G>A和c.637T>C(p.213Cys>Arg)2个变异位点.此外,单倍型H7比H4多含有c.644A>C(p.215His>Pro)位点,其中黑羽个体中未发现有CC突变型.黄羽群体(白耳黄鸡、宁都黄鸡、康乐黄鸡和修水黄羽乌鸡)的优势单倍型主要为H24和H25.白羽群体(丝羽乌骨鸡)的优势单倍型为H7和H15.[结论]MC1R基因在江西地方鸡种中变异丰富,c.212T>C(p.71Met>Thr)、c.274G>A(p.92Glu>Lys)和c.644A>C(p.215His>Pro)位点与江西地方鸡黑羽形成相关,可将其作为中国地方鸡黑羽性状选育的特异性分子标记;H5单倍型的c.637T>C(p.213Cys>Arg)位点可能与安义瓦灰鸡"灰羽"的形成有关.  相似文献   

19.
通过聚合酶链式反应‐单链构象多态性( PCR‐SSCP)分析方法检测绵羊品种(湖羊、晋中绵羊和陵川半细毛羊)促黄体素受体( luteinizing hormone receptor ,LHR)基因外显子11核酸序列的单核苷酸多态性,并研究该基因多态性对湖羊性早熟和产羔数的影响.结果表明:在6对引物扩增产物中,只有引物P2和P6的扩增片段具有多态性,引物P2扩增区存在2种基因型,分别为LL和LM 型,在3个绵羊品种中均未检测到MM 型;引物 P6扩增区存在6种不同的SSCP带型,经序列比对分析存在 T2053A、A2044T和G2003A的错义突变.湖羊和晋中绵羊P2扩增区基因型分布差异不显著( P>0.05),而与陵川半细毛羊均存在极显著差异( P<0.01);P6扩增区的2053、2044、2003位点各基因型分布在湖羊和晋中绵羊间差异不显著( P>0.05),而与陵川半细毛羊间存在显著差异.P2扩增位点仅陵川半细毛羊的基因分布不符合哈迪‐温伯格定律;P6扩增区湖羊和晋中绵羊在各突变位点的等位基因频率处于群体平衡状态,陵川半细毛羊除2003突变位点基因分布处于群体不平衡状态外,其余突变位点的等位基因频率分布符合哈迪‐温伯格定律;L HR外显子11区不同基因型湖羊各胎次产羔数差异不显著( P>0. 05),表明 L H R外显子11对湖羊的性早熟和高繁殖力性状没有显著影响.  相似文献   

20.
【目的】研究中国荷斯坦牛MBL1基因第一内含子与第二外显子多态性及分析MBL1基因遗传多态性与乳腺炎和乳品质的关联性,为培育优质抗性奶牛提供参考依据。【方法】采用PCR、DNA测序和PCR-RFLP技术,对596头中国荷斯坦牛的MBL1基因内含子1和外显子2序列进行了研究,通过SHEsis软件进行配对连锁不平衡分析和单倍型分析。【结果】发现3个新的SNPs,包括内含子1上G855A1个SNP位点;外显子2上G2651A突变为错义突变,导致第24位氨基酸由缬氨酸变为异亮氨酸;T2686C突变为同义突变,仍编码丙氨酸。单位点基因型与泌乳性状关联分析表明,G2651A突变位点AA基因型个体体细胞评分(SCS)显著高于GG、GA基因型个体(P0.05);G855A、T2686C位点的突变与体细胞评分、乳脂率、乳蛋白率、305d产奶量相关性都不显著。共构建出8种单倍型,发现19种单倍型组合;其中H2H2单倍型组合个体乳蛋白率、体细胞评分为最高;H3H7单倍型组合个体体细胞评分最低,与H2H2个体差异极显著;H4H4单倍型组合个体305d产奶量最高。【结论】H3H7可作为乳腺炎抗性选择的分子标记。H2H2单倍型组合个体虽然乳蛋白率最高,但体细胞评分也最高,对乳腺炎易感,为不利单倍型组合。H4H4单倍型组合305d产奶量最高,对乳蛋白率、乳脂率和体细胞评分影响不大,所以此种基因型组合可以用来提高产奶量。  相似文献   

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