普通杏品种SSR遗传多样性分析

利用来自杏、桃和扁桃的25对SSR多态性引物对66个普通杏品种进行了PCR扩增及变性聚丙烯酰胺凝胶电泳,共检测出284个等位位点,每对引物的等位位点数在3～17之间,平均为11．36。通过NTSYS软件计算得到的Dice相似性系数为0．083～0．987,平均值为0．370,     

3个生态群杏品种遗传多样性SSR分析

利用8对SSR引物对中亚生态群、华北生态群、欧洲生态群30个杏品种进行了分析。结果表明,在遗传相似系数为0.73时,供试材料分为3组,第1组包括欧洲生态群10个品种和中亚生态群2个品种;第2组包括华北生态群10个品种和中亚生态群5个品种;第3组包括中亚生态群3个品种。其中3对引物(aprigms1、aprigms6、UDP96-018b)在中亚生态群杏中扩增出了特殊基因,1对引物(UDP96-003b)在华北生态群杏中扩增出了特殊基因。中亚生态群杏品种的遗传多样性最为丰富,与华北生态群杏品种亲缘关系较近,可能是我国栽培杏的起源中心。     

基于成熟期的杏品种遗传多样性SSR分析

以168份杏育成品种为试材,采用SSR分子标记方法,利用16对多态性好、稳定性强、带型清晰的特征引物,扩增等位基因,研究了不同杏树不同群体的遗传多样性,以期为杏种质资源鉴定和品种亲缘关系分析在分子水平上提供依据。结果表明:杏群体的Nei’s基因多样度平均值为0.715 8,Shannon遗传表型指数为1.497 3,说明杏的总体遗传变异偏高,品种多样性丰富。通过对杏的成熟期进行遗传分析,结果发现,早熟和中熟2个类群的遗传数据相近,推测可能存在相近的遗传关系,晚熟与早熟类群等位基因数据差异较大,说明二者亲缘关系较远。     

寒地李和杏遗传多样性SSR分析

以27份适宜北方生长的李、杏品种为试材,采用SSR分子标记技术对其进行遗传多样性分析,并运用UPGMA聚类分析法,分析了27份试材的亲缘关系,为寒地李、杏种质资源保存和品种选育提供分子生物学依据。结果表明:筛选的25对SSR多态性引物共扩增等位位点245个,其中多态性位点240个,多态性比率为97.96%。每对引物的等位基因数量为4~13,平均值为9.8。有效等位基因数平均值为2.740 5,Shannon′s信息指数平均值为1.052 0,多态性信息含量平均值为0.595 5,表明试材具有较高的遗传多样性。聚类分析结果表明,在遗传相似系数0.612处,27份试材可以分为李和杏两大类群。     

新疆栽培杏群体遗传结构的SSR分析

 利用11对SSR引物对喀什、和田和库车3个新疆栽培杏( Prunus armeniaca L. ) 品种亚群进行了分子系统学研究。结果表明: 各位点平均期望杂合度(He = 0.2364) 显示新疆栽培杏群体具有较高的遗传多样性水平。根据基因分化系数(Gst = 0.1508) 值, 新疆杏各品种亚群的遗传分化主要存在于亚群(84.9%) 内。基于Gst测得的基因流Nm 为2.3666, 人为通过种子引种可能是其基因交流的主要方式。根据果实形态和地理起源对新疆杏进行传统分类并不能完全反映出新疆杏品种间的亲缘关系。     

黑龙江省黑木耳主栽品种SSR遗传多样性初探

从30对SSR引物中筛选出多态性较好的引物对黑龙江省黑木耳主栽品种进行SSR遗传多样性分析和主坐标分析,结果筛选出8对扩增多态性较好的引物,UPGMA法进行聚类分析,可将其分为三类,目前主栽黑木耳品种聚为一类,以前主栽黑木耳品种聚为一类,分离野生黑木耳聚为一类。供试黑木耳菌株遗传相似系数在0.60~0.97,表明遗传多样性较高,主坐标分析也可将其分为三类,这与UPGMA聚类结果一致。     

厚皮甜瓜遗传多样性的SSR分析

采用61对SSR特异引物对46份厚皮甜瓜材料进行分析,其中52对扩增出条带,47对引物具有多样性,扩增带分子量在150～1500bp,187条谱带中154条谱带具有多态性,多态率占82.35%,平均每个引物可扩增出3.60条带。同时,对材料网纹、果形、单果质量、有无条带、果皮颜色、果肉颜色、肉质、种子、有无麝香味、裂叶、是否自落和花性型等12个性状进行了田间调查,经过phylip软件和NTSYS软件分析后,计算出材料间遗传距离,并做出SSR分子标记和性状2个聚类图。结果显示,46份材料的遗传距离在0.0188～1.2119,而单一性状气味、果皮颜色、果肉颜色和表面网纹的遗传距离都小于0.1,十分接近;2种聚类分析结果存在较大差异,这与供试材料的亲缘关系十分复杂,大部分材料来源相近,具有相同的亲本,和回交亲本存在一定关系。     

南疆栽培杏品种杏仁油脂肪酸组成及其遗传多样性

 采用气—质联用（GC–MS）技术对30个南疆栽培杏品种杏仁油脂肪酸组分及其遗传多样性进行了研究,并与4个华北栽培杏品种进行了比较。在参试的30个南疆杏品种杏仁油中共鉴定出包括油酸、亚油酸、棕榈油酸、棕榈酸和硬脂酸等15种脂肪酸成分,其中不饱和脂肪酸占脂肪酸总含量的83.26% ~ 88.81%,各品种均以油酸含量最高,亚油酸次之,棕榈酸第三,存在“高油酸、高亚油酸、低棕榈酸”的优异种质;南疆杏与华北杏杏仁油脂肪酸组成较为接近,均以不饱和脂肪酸为主,脂肪酸组分的含量在各品种间亦存在差异,变异系数分别为6.37% ~ 49.38%和3.44% ~ 79.57%,存在一定程度上的遗传多样性,但油酸及亚油酸等主要脂肪酸组分的变异幅度不大,变异系数均在10%以下。     

基于成熟期的桃品种遗传多样性SSR分析

以95份桃育成品种为试材,利用32对SSR分子标记对桃育成品种进行遗传多样性分析。结果表明:筛选的18对SSR引物共检测出93个等位基因,其中多态性等位基因为50个。桃群体的平均Nei’s基因多样度为0.5652,Shannon遗传表型指数为1.1125,说明桃总群体遗传变异偏低。针对桃的成熟期进行遗传分析,发现早熟和中熟类群遗传数据相似,推测二者亲缘关系相近;同理,推测晚熟品种与前二者关系较远。表明桃的成熟期与其等位基因相关,该研究结果可为进一步研究桃的遗传分析奠定基础。     

黄瓜霜霉病菌SSR遗传多样性分析

以来自黑龙江省、吉林省、辽宁省、北京、山东省、江苏省、湖北省和广东省8个省份的36株黄瓜霜霉菌为试材,采用SSR分子标记的方法,研究了黄瓜霜霉病菌的遗传多样性。结果表明:中国黄瓜霜霉菌遗传分化较大,群体遗传多样性比较丰富。利用11对SSR引物共扩增出170条谱带,其中多态性条带160条,占总带数的94.1%。从11对引物中筛选出了多态性好、条带清晰的引物D13。通过NTSYS软件构建了黄瓜霜霉菌的亲缘关系树状图,聚类分析结果表明,菌株间的相似系数在0.43~1.00,说明SSR遗传多样性与菌株的地理来源存在一定的相关性。     

基于果皮SSR分子标记的二十九个红色酿酒葡萄资源的亲缘关系分析

为了有效区分和合理利用酿酒葡萄种质资源,减少酿酒葡萄育种工作中亲本选配的盲目性,利用SSR分子标记技术对29份酿酒葡萄资源进行了遗传多样性分析。结果表明:10对SSR引物共扩增出90个位点,观测杂合度为0.482 8~0.965 5,期望杂合度为0.592 3~0.893 5,Shannon多样性指数为1.185 7~2.227 9,多态性位点100%。UPGMA聚类分析结果表明,在遗传相似系数0.16处,29份材料分成两大组,其中含有28个品种的组Ⅰ中,2个欧亚种‘红汁加美’和‘晚红蜜’为亚组Ⅱ;亚组Ⅰ中6个欧亚种(‘美乐181’‘品丽珠327’‘赤霞珠169’‘蛇龙珠’‘马瑟兰c980’和‘宝石解百纳’)之间具有亲子关系,为一类(季组Ⅱ);季组Ⅰ分A、B组,其中A组包含14个欧亚种,1个毛欧杂种、1个种间杂种、1个山欧杂种,B组包括1个种间杂种和3个欧山杂种。聚类分析结果与系谱图一致。该研究结果为酿酒葡萄种质资源保护提供了有效信息,并且为酿酒葡萄育种的亲本选择提供了理论指导。     

基于SRAP标记的伊犁河谷野生杏群体遗传多样性研究

利用SRAP分子标记方法对伊犁河谷14个野生杏种群,212份种质资源的遗传多样性进行了研究。结果表明,12对SRAP引物共扩增出条带143条,其中122条具有多态性,多态性比率为85.31%。伊犁河谷野生杏仍然维持较高的遗传多样性水平(h=0.2411,I=0.3708,PPB=85.31%),吐尔根乡种群遗传多样性指数最高。伊犁河谷野生杏存在较高水平的种群内遗传变异(76.42%)和较低水平的种群间遗传变异,种群间存在温和稳健的基因流(Nm=1.3680)。UPGMA系统聚类和遗传结构分析均显示,伊犁河谷野生杏可划分为以霍城样本为主的类群Ⅰ,以巩留和伊宁样本为主的类群Ⅱ和以新源样本为主的类群Ⅲ,种群间遗传距离和地理距离存在具有统计学意义的相关性(r=0.2634,P0.05)。     

普通杏群体遗传结构的荧光AFLP分析

以准噶尔—伊犁生态群（新疆野杏）、中亚生态群（新疆栽培杏和李光杏）、欧洲生态群和华北生态群的45个普通杏品种或材料为试材,以梅杏、辽梅杏和辽杏为外组,利用荧光AFLP标记对普通杏4个生态群的群体遗传结构进行了研究,结果表明：7对EcoRI/MseI引物（其中MseI引物为FAM荧光标记物）平均扩增多态带数为130.86,平均多态带为60.58%。4个生态群的多态带百分比比较表明准噶尔—伊犁新疆野杏生态群（P = 43.59%）＞中亚南疆栽培杏生态群（P = 41.27%）＞华北生态群（P = 39.42%）＞欧洲生态群（P = 39.42%）＞中亚李光杏生态群（P = 37.57%）;普通杏在种级水平Nei's基因多样度（H = 0.143）和Shannon信息指数（I = 0.226）显著或极显著高于群体水平。在群体水平上,准噶尔—伊犁新疆野杏生态群的Nei's基因多样度和Shannon信息指数（H = 0.131;I = 0.202）高于中亚生态群（南疆栽培杏）（H = 0.127;I = 0.195）、欧洲生态群（H = 0.124;I = 0.189）和华北生态群（H = 0.116;I = 0.180）,但无显著性差异,显著高于中亚李光杏生态群（H = 0.113;I = 0.173）;普通杏4个生态群的遗传分化系数（G_ST = 0.147）显示,普通杏的遗传变异主要存在于群体内,占总变异的85.3％;通过遗传分化系数计算得G_ST基因流N_m = 2.901,说明普通杏4个生态群存在适度的基因交流,人为引种可能是产生基因交流的主要原因,而地理隔离可能是阻碍基因交流的主要因素。对普通杏4个生态群的群体遗传多样性和群体遗传结构的分析初步认为,普通杏起源于准噶尔—伊犁新疆野杏生态群,通过人为驯化,在新疆南部形成栽培杏中心,并形成中亚南疆栽培杏生态群,之后通过人为引种向东传播形成华北生态群,向西传播形成欧洲生态群。     

大白菜SSR锚定标记分子遗传图谱的构建

为了将已有的大白菜分子遗传图谱和国际上A基因组参考图谱对应起来,利用国际上发表的大白菜和甘蓝型油菜A基因组特异SSR标记作为锚定标记,以100个DH株系组成的群体为作图群体进行了分子遗传图谱的构建研究。利用双亲和F1对230个SSR标记和8个STS标记进行了筛选,共获得67个多态性分子标记。在此基础上整合了已有的263个AFLP标记、150个RAPD标记、17个SSR标记、3个SCAR标记、14个同工酶标记和1个形态标记,最终构建了一张由10个连锁群组成,包含了497个标记的大白菜高密度分子遗传图谱。该图谱覆盖基因组长度1 086.7 cM,标记间平均图距2.19 cM。此图谱上包含了已在A基因组参考图谱上定位的34个SSR标记和2个STS标记,分布于10个连锁群上,由此可将该图谱按A基因组参考图谱的连锁群进行命名,即A1~A10,并与10条染色体对应起来,A1~A10分别对应3、6、2、8、5、4、7、9、1、10号染色体。     

中国樱桃14个自然居群遗传多样性和遗传结构的SSR评价

以中国樱桃14个自然居群280个个体为材料,采用SSR分子标记技术分析其遗传多样性和遗传结构。结果显示：11对SSR引物共检测到80个等位基因,各引物扩增条带在4 ~ 13条之间。基因多样性指数（h）为0.5431 ~ 0.7151,Shannon’s信息指数（I）为0.9057 ~ 1.4684。分子方差分析（AMOVA）表明,遗传变异主要来自居群内（70.00%）,Mantel检验显示总群体的遗传距离和地理距离显著相关（r = 0.472,P = 0.011)。因此,中国樱桃在居群水平（PPL = 100%,h = 0.643,I = 1.207）和物种水平（PPL = 100%,h = 0.743,I = 1.591）上均具有较高的遗传多样性。     

不同产地中国李资源遗传多样性SSR分析

利用均匀分布在8个染色体连锁群上的16对SSR引物对来自3类产区的24份中国李品种的遗传多样性进行分析,结果表明：各引物的多态信息含量（PIC）在0.547 ~ 0.783间变化,其中引物CPSCT005最低,引物CPSCT022最高。不同引物间有效等位基因数（Ne）、Nei’s基因多样性（H）和Shannon’s指数（I）分析均存在显著差异,且均为引物CPSCT039最高,引物CPSCT031最低。3类产区所有引物分析表明,Nei’s基因多样性（H）、Shannon’s指数（I）和有效等位基因数（Ne）的关系是：南方品种和北方品种相差不大,均大于国外品种,且南方品种与国外品种先聚到一类。16对SSR引物总共扩出条带86条,其中多态性条带81条,多态性比率为94.19%,平均每对引物扩增位点5.38个。品种聚类分析表明,在遗传距离0.35处,24份中国李材料可分为2大类,大部分北方品种聚为一类,南方品种和国外品种聚为一类,从分子水平支持了以前提出的国外品种起源于中国的说法。     

中国红皮砂梨品种的SSR标记分析

采用SSR (Simp le sequence repeat) 标记技术对29个砂梨品种或类型(主要为红皮型) 做了鉴定, 并对其亲缘关系进行了分析。6对SSR引物(BGA35、KU10、BGT23b、NH004a、NH011b和NH015a)均扩增出了较多的等位基因。NH004a位点的等位基因数、有效等位基因、杂合度和香农多样性指数都较高,显示了良好的品种鉴定能力。除3对品种或类型可能为同物异名或芽变类型无法区分开外, 6对引物组合可以成功地鉴定其它品种。聚类分析可以将29个砂梨品种(类型) 明显分成4个组。第Ⅰ组全部来自云南, 其中包括2个绿皮砂梨品种, 其余为红皮砂梨, 说明该组内红皮砂梨的祖先可能与这些绿皮砂梨亲缘关系很近。在第Ⅱ、Ⅲ组中, 来自四川会理的红梨品种和云南的红梨品种交叉组合, 可能是两地间品种交流的历史反映。第Ⅳ组中来自四川会理的‘香酥梨’、‘栽秧梨’, 原产云南弥渡的‘弥渡香酥梨’以及原产云南丽江的‘长水火把梨’相互间及与其它梨的亲缘关系均较远。分布在云南各地的火把梨可能有不同的起源。     

不同引物组合对中国杏品种资源S基因特异扩增效果比较

 利用已报道的5对蔷薇科李属通用引物组合对起源于我国的30个杏(Prunus armeniaca L.)品种进行了S等位基因的专一性PCR扩增（S-allele specific PCR），并依据扩增系数和扩增成功率两个指标对扩增效果进行了评价。结果表明：①不同的引物组合对参试杏品种的扩增系数和扩增成功率差异很大，其中引物组合EM PC2consFD+EM PC3consRD扩增系数和扩增成功率均为最高（66.7%和53.3％），效果最好；②引物组合EM PC2consFD+EM PC3consRD对‘华县大接杏’和‘猪皮水杏’未能扩增出任何条带，而PruC2+PruC4R和PaConsⅡ F+PaConsⅡ R两对组合却能对其扩增出两条带；此外，5对组合均没有对‘兰州大接杏’和‘白木杏’这两个品种扩增出任何条带，表明要对中国杏品种资源的S基因型进行全面、准确鉴定，除了采用不同的引物组合外，还需要根据中国杏的S基因序列进一步开发、设计新的专用引物；③ EM-PC2consFD+EM PC3consRD和PruC2+PruC4R两对组合对‘红丰’、‘新世纪’、‘红荷包’和‘二花槽’等4个品种的扩增结果表明，依据本试验所提出的扩增系数和扩增成功率两个指标评价不同引物组合的扩增效果是有效的。     

基于SSR标记的板栗地方品种遗传多样性与关联分析

采用SSR标记对山东等10个省份95个板栗地方品种的遗传多样性、群体结构进行分析,并进行板栗18个农艺性状与SSR标记关联分析。结果表明：（1）17对SSR引物在95个板栗品种中检测出44个等位位点,平均为2.6个,Shannon’s指数（I）和多态性信息含量（PIC）平均值分别为0.67和0.352,遗传多样性较为丰富;（2）山东群体和江苏群体的多态性位点比率（P）最高,均达到94.12%,观察等位基因数（Na）分别为2.53和2.18,亦高于其他群体;（3）根据Evanno等统计模型,92个板栗品种被划分为3个亚群,分别包含25、40和27个品种,且均有着复杂的地理起源,另有3个品种没有明确的类群归属;（4）利用GLM和MLM模型进行关联分析,并经过假阳性检验,发现叶柄长度和淀粉含量分别与标记CsCAT 5和CsCAT 22显著关联,关联系数分别为0.4027和0.1869。