中国兔病毒性出血症病毒衣壳蛋白基因的克隆及遗传变异分析

对中国兔病毒性出血症病毒(Rabbit hemorrhagic disease virus, RHDV)JX/97株的衣壳蛋白基因进行了克隆和测序。结果表明，该蛋白的核苷酸序列长度为1739 nt，推导的氨基酸序列为579 aa。利用分子生物学软件分析了该病毒与国内外22株RHDV的基因序列，结果显示，RHDV不同分离株之间的序列同源性几乎都在90％以上。衣壳蛋白基因的系统发生树分析结果表明，所选的RHDV参考毒株按照一定的遗传距离，可以分为4个基因群，基因群之间的距离有加大的趋势，表明RHDV受环境的影响有向不同方向演变的趋向，即RHDV在长期适应特定环境的过程中，有可能逐渐演变成各具特色的RHDV。     

兔病毒性出血症病毒JX/97株衣壳蛋白基因的序列测定与分析

对中国兔病毒性出血症病毒(Rabbithemorrhagicdiseasevirus,RHDV)JX/97株的衣壳蛋白基因进行了克隆和测序。结果表明,该蛋白的核苷酸序列长度为1739nt,推导的氨基酸序列为579aa。利用分子生物学软件分析了该病毒与国内外22!RHDV的基因序列,结果显示,RHDV不同分离株之间的序列同源性几乎都在90%以上。衣壳蛋白基因的系统发生树分析结果表明,所选的RHDV参考毒株按照一定的遗传距离,可以分为4个基因群,基因群之间的距离有加大的趋势,表明RHDV受环境的影响有向不同方向演变的趋向,即RHDV在长期适应特定环境的过程中,有可能逐渐演变成各具特色的RHDV。     

马铃薯X、Y病毒的复合RT-PCR检测体系的建立

马铃薯Y病毒（PVY）、马铃薯X病毒（PVX）是侵染马铃薯的两种主要病毒,这两种病毒一般都是同时侵染马铃薯,导致减产60-80%以上。本文应用多重PCR技术建立了同时检测这两种病毒的复合RT-PCR技术体系。结果发现：当以Oligod(T)18引物反转录合成的cDNA经PCR扩增后,未扩出PVX带,究其原因是由于cDNA的特异性低造成的。为了提高cDNA的特异性,在反转录时加入PVX、PVY的3'端引物,合成的cDNA经PCR扩增后出现了两条特异性带,这两条带恰与PVX、PVY带位置相当。这说明在本实验的复合RT-PCR中,应用3'端引物进行反转录,可同时检测出PVX与PVY两种病毒。     

新发PDCoV和TGEV双重RT-PCR检测方法的建立及初步应用

猪Delta冠状病毒(Porcine deltacoronavirus,PDCoV)是一种新发现的冠状病毒,临床上主要引起感染仔猪出现水样腹泻、呕吐和脱水等症状,和猪传染性胃肠炎病毒(Porcine transmissible gastroenteritis virus,TGEV)感染引起的临床症状极为类似,且临床上PDCoV和TGEV混合感染时有发生,单靠临床诊断很难区分两种疾病,因此建立同时检测且区分PDCoV和TGEV的检测方法具有重要的临床意义.本研究根据GenBank中收录的PDCoVN基因和TGEVN基因序列设计了2对引物,在同一反应体系中同时扩增PDCoV的N基因片段和TGEV的N基因片段,通过对RT-PCR反应条件的优化,建立了同时检测PDCoV和TGEV的双重RT-PCR方法,并对该方法进行了特异性、灵敏性和重复性研究.结果显示,所建立的双重RT-PCR对PDCoV和TGEV的最低检测量分别是3.14×102 copies/μL和3.68× 103 copies/μL,利用该双重RT-PCR方法对猪流行性腹泻病毒(Porcine epidemic diarrhea virus,PEDV)、猪博卡病毒(Porcinebocavirus,PBoV)、猪繁殖与呼吸综合征病毒(Porcine respiratory and reproductive syndrome virus,PRRSV)和猪伪狂犬病毒(P.pseudorabiesvirus,PRV)的扩增结果均为阴性,显示出较好的特异性.为了解所建立的双重RT-PCR方法的临床应用效果,对252份临床样品进行了检测.结果表明,双重RT-PCR检出PDCoV阳性样品31份(阳性率为12.30％),TGEV阳性样品12份(阳性率为4.76％),同时感染PDCoV和TGEV的阳性样品2份(阳性率为0.79％),且检测结果与单一PDCoV和TGEV RT-PCR相符.因此,本研究所建立的双重RT-PCR方法可用于PDCoV和TGEV的临床检测,为进一步研究PDCoV和TGEV的临床鉴别诊断和流行病学调查提供了理论依据和技术支持.     

兔出血症病毒NJ85株衣壳蛋白基因在原核系统中的高效表达

从兔出血症病毒(Rabbit hemorrhagic disease virus，RHDV)中国早期流行株NJ85中成功地克隆出衣壳蛋白(VP60)基因。序列分析表明该基因长度为1740nt，编码579aa，与已报道的另2个RHDV中国毒株WX84和TP的VP60基因的同源性分别为92．7％和97．2％。构建了NJ85株VP60基因原核表达质粒pET—VP60，用SDS—PAGE分析，重组VP60蛋白的表达量占菌体总蛋白的40％，分子量约62kD，在菌体内以包涵体形式存在。免疫印迹实验表明，重组VP60蛋白与RHDV抗体反应形成1条带，证明它具有抗原性。     

新型鸭呼肠孤病毒RT-PCR方法的建立与应用

研究建立检测新型鸭呼肠孤病毒(novel duck reovirus,NDRV)的RT-PCR方法,并运用建立的检测方法对分离毒与人工感染样品进行应用检测.根据NDRV-NP03株S3基因全序列(NDRV-NP03,GenBank登录号:GQ888710),设计合成了一对引物,以NDRV分离株为模板,建立了检测NDRV的RT-PCR方法.结果显示:该方法仅能从NDRV分离毒中扩增到与预期大小相符长度为586 bp的特异性目的片段,检测灵敏度达到2 pg病毒RNA,而其它病毒,番鸭呼肠孤病毒(Muscovy duck reovirus,MDRV)、禽呼肠孤病毒(Avian reovirus,ARV)、鸡传染性法氏囊病病毒(Infectious bursal disease virus,IBDV)、番鸭细小病毒(Muscovy duck parvovirus,MDPV)、鹅细小病毒(Goose parvovirus,GPV)、鸭副粘病毒(Duck paramyxovirus,DPMV)、鸭病毒性肝炎病毒(Duck hepatitis virus,DHV)等样品的扩增结果均为阴性.应用该方法对8株NDRV分离毒和3份人工感染鸭肝脾组织进行检测均为阳性.表明建立的RT-PCR方法特异性强、敏感度高,可用于NDRV的临床诊断和流行病学调查.     

鸭呼肠孤病毒基因Ⅰ型与Ⅱ型鉴别诊断RT-PCR方法的建立与应用

临床发病鸭(Anas platyrhynchos domestica)群中存在两种基因型鸭呼肠孤病毒(Duck reovirus,DRV)的感染.为建立一种能鉴别诊断DRV Ⅰ型(classical DRV,C-DRV)与Ⅱ型(novel DRV,N-DRV)的一步法RT-PCR检测方法,本研究通过对GenBank已公布的现有C-DRV和N-DRV S1和S4基因片段序列进行比对分析,设计合成两对特异性引物,并对引物浓度、退火温度和循环次数等扩增条件进行优化,建立一种能鉴别诊断C-DRV和N-DRV的一步法RT-PCR检测方法.结果表明,一步法RT-PCR最佳的反应体系为:PrimeScript 1 Step Enzyme Mix 1μL,2×1 Step Buffer 12.5μL,RNA模板1.5μμL,上下游引物(20μmol/L)各1μL,RNase Free dH2O补足25 μL;最佳反应条件:50℃反转录30 min;94℃预变性2 min;94℃变性30 s,55℃退火30 s,72℃延伸30 s,共30个循环.该方法可从C-DRV和N-DRV基因组中扩增出大小分别为249和505 bp单一特异性片段,从两种病毒基因组混合物中可同时扩增出两条特异性片段,而对鸭源常见病毒及正常细胞基因组在同等条件下检测均为阴性;该方法具有较高的敏感性,其最低病毒检出量分别为0.47和0.62个半数组织培养感染剂量(50％ tissue culture infective dose,TCID50);对不同代次、不同时间提取的病毒RNA样品重复检验3次,结果均一致.对浙江省2011～2015年采集的239份疑似临床病料进行检测,C-DRV与N-DRV的阳性率分别为2.5％(6/239)和31.4％(75/239);通过对阳性病料P10和P18扩增序列的测序也证实检测结果的准确性.本研究建立的双重一步法RT-PCR可以有效区分两种基因型DRV,且临床样品检测表明N-DRV是浙江省流行的优势基因型.本研究为鉴别诊断C-DRV与N-DRV提供了一个快速、灵敏性高及低成本的实验室诊断方法,该方法的建立可为DRV的分子流行病毒学调查提供有效的技术支持.     

对虾白斑综合征病毒可视化环介导等温扩增(LAMP)检测技术的建立与应用

针对当前对虾(Penacus orientalis)养殖业亟需研究开发一种简便快速、敏感特异的检测技术来实现对对虾白斑综合征病毒(White spot syndrome virus,WSSV)进行检测监控的现状,本研究根据WSSV基因组ORF120保守区序列,设计合成6条环介导等温扩增(loop mediated isothermal amplification,LAMP)特异性引物,分别为外引物F3/B3、内引物FIP/BIP和环引物LF/LB。利用钙黄绿素/氯化锰作为检测指示剂,通过对反应条件优化,建立了可视化WSSV-LAMP检测方法。在检测中未发生扩增反应时,钙黄绿素被氯化锰螯合,呈淬灭状态。当样品中有WSSV靶基因存在时,大量DNA被合成,并产生同样大量的焦磷酸根离子,此时焦磷酸根离子竞争性与Mn2+结合,形成稳定的不溶性焦磷酸盐沉淀,钙黄绿素被释放而发出肉眼可见的黄绿色荧光。该扩增一次性反应约60min即可完成对待检样品的检测。经测定,本方法能特异性地检测出阳性样品中的WSSV目的基因,并能通过扩增产物所产生的黄绿色变化与阴性样品区别;本技术对目的基因的最低检测量为1fg。在临床检测试验中,WSSV-LAMP与世界动物卫生组织(OIE)推荐的WSSV-PCR检测方法均能从250份对虾样品中,同时检测到15份编号相同的阳性样品,符合率达100%。除此之外,WSSV-LAMP还能从另外3份PCR检测为阴性的样品中检测到目的基因。比较这两种方法的阳性检出率,WSSV-LAMP为7.2%(18/250),WSSV-PCR为6.0%(15/250),WSSV-LAMP对自然感染的临床样品阳性检出率要比WSSV-PCR高。说明WSSV-LAMP在病毒含量较低的临床样品检测中比OIE推荐的PCR方法具有更高的技术优势,能在对虾养殖生产上的临床诊断、育种及口岸检疫,甚至海洋生态监测中对WSSV进行现场检疫。     

SYBR Green Ⅰ模式荧光RT-PCR检测新城疫病毒

针对新城疫病毒（NDV）F基因保守区内的核苷酸序列设计1对引物,以此对引物和标准NDV毒株（含NDV强毒和弱毒）的RNA为模板,建立并优化SYBRGreen Ⅰ模式荧光RT-PCRNDV检测方法.如果待测样品扩增产物的Tm值和阳性对照的Tm值相差在2℃范围之内判为阳性.此法比文献报道的普通RT-PCR法更敏感,但仍低于鸡胚接种分离病毒法.     

RT-PCR诊断猪瘟的应用

应用猪瘟病毒特异性引物A1／A2进行RT—PCR反应，对1999年11月至2001年1月期间来自广西16个市县、19个养猪场的58份疑似猪瘟病料进行了检测，证明其中34份为阳性，阳性率为58．62％。     

应用RT-PCR从蝙蝠和野鼠分离出狂犬病病毒

从广西南宁、百色、柳州市采集了犬脑组织268份,从南宁市、博白县捕获蝙蝠320只,以及从南宁市郊捕获野鼠65只.应用RT-PCR技术对犬脑、蝙蝠和野鼠脑组织进行狂犬病病毒检测,并将阳性材料进行小白鼠脑内接种试验.检测结果表明,犬脑的狂犬病病毒阳性率为1.12%,蝙蝠阳性率为0.94%,野鼠阳性率为3.1%.本调查证明了广西除犬之外,野鼠和蝙蝠等野生动物也携带有狂犬病病毒.     

荧光RT-PCR鉴别诊断O型与AsiaⅠ型口蹄疫病毒方法的建立

从GenBank中获取多个口蹄疫病毒（Foot-and-mouth disease virus, FMDV）基因组序列,进行多序列比对之后,设计对应于口蹄疫病毒的3D、VP3和3C区域的引物和探针,分别建立了FMDV群特异性实时荧光RT-PCR、O型特异性实时荧光RT-PCR和AsiaⅠ型特异性实时荧光RT-PCR检测方法。三种FMDV实时荧光RT-PCR在Lightcycler荧光PCR仪上扩增均出现标准的S型曲线,并且具有良好的特异性,可以很好地将FMDV与传染性牛鼻气管炎病毒（Infectious bovine rhinotracheitis virus）、猪传染性胃肠炎病毒（Swine transmissible gastroenteritis virus）、赤羽病病毒（Akabane virus）和猪呼吸系统冠状病毒（Porcine respiratory corona virus）区分。FMDV群特异性实时荧光RT-PCR可以成功扩增O型（O1和O2毒株）和AsiaⅠ型（AsiaⅠ1和AsiaⅠ2毒株）FMDV;O型特异性实时荧光RT-PCR可成功扩增O型（O1和O2毒株）FMDV,AsiaⅠ型（AsiaⅠ1和AsiaⅠ2毒株）FMDV为阴性;AsiaⅠ型特异性实时荧光RT-PCR可成功扩增AsiaⅠ型（AsiaⅠ1和AsiaⅠ2毒株）FMDV,O型（O1和O2毒株）FMDV为阴性。FMDV群特异性实时荧光RT-PCR、O型特异性实时荧光RT-PCR和AsiaⅠ型特异性实时荧光RT-PCR都可以检测到10个拷贝的模板,灵敏度接近检测方法的极限。检测时间短,从加样到反应结束只需要70 min。该方法有潜力用于FMDV的实验室筛查与鉴别诊断。     

禽流感病毒、新城疫病毒、猪瘟病毒和口蹄疫病毒多联RT-PCR诊断技术的建立

选择禽流感病毒(AIV)、新城疫病毒（NDV)、猪瘟病毒(CSFV)和口蹄疫病毒(FMDV)基因组序列高保守区，按照多联PCR引物的设计要求，利用DNAsis计算机软件设计并合成了4对特异性扩增引物，扩增片段大小分别为470、320、200和140bp。以AIV、NDV、CSFV和FMDV的培养物提取RNA并反转录，进行RT-PCR特异性扩增。结果表明，各单项RT-PCR扩增产物与设计的4对引物之间的序列大小一致。在分别建立了各病毒单项RT-PCR及AIV与NDV、CSFV与FMDV二联RT-PCR的基础上，进一步优化各种多联PCR扩增条件，成功建立了上述4种病毒的四联RT-PCR技术。经特异性和灵敏度实验证明，本方法具有高度的特异性和灵敏性，其灵敏度为10pg总RNA。在3h内即可完成样品的检测。     

11株鸡新城疫病毒强毒株的分子特性

选取2002～2007年从上海市分离鉴定的11株鸡新城疫病毒（Newcastle disease virus,NDV）强毒株,克隆其融合蛋白（Fusion,F）基因片段,测序后登录GenBank,序列号分别为NDV 022433（EU258661）、022435（EU258662）、0210149（EU258653）、0210154（EU258654）、0210227（EU258656）、0210252（EU258658）、03024（EU258637）、04011（EU258639）、05013（EU258640）、07011（EU258642）和07023（EU258643）。序列分析结果显示：上述分离株的F基因扩增片段为1 654 bp,编码551个氨基酸,其核苷酸序列同源性为94.6%～100%,推导的F蛋白氨基酸序列同源性为93.0%～100%;各分离株F蛋白裂解位点序列均为112R-R-Q-K-R-F117,为基因Ⅶ型NDV强毒株。系统发育分析表明：这11株NDV分离株之间的遗传距离较近,而与传统疫苗株B1、La Sota、V4和F48E9的遗传距离较远。此外,这11株NDV强毒株均具有大多数鹅源NDV毒株特有的973和1 249 nt RsaⅠ位点。