Polymorphic analysis of microsatellite DNA in wild populations of Chinese shrimp (Fenneropenaeus chinensis)

Primers were designed for eight microsatellite loci from Chinese shrimp Fenneropenaeus chinensis. Microsatellites were used to characterize three wild populations from the China coast of the Yellow and Bohai Seas (HB), and the west coast (KX) and south coast of the Korean Peninsula (KN). A total of sixty‐one alleles were obtained, and the average observed heterozygosity ranged from 0.660 to 0.756. Six of the 24 population‐locus cases showed a significant departure from the Hardy–Weinberg equilibrium, three of them from population KN, two from KX and one from HB. The F_st values indicated that genetic variation was greater within populations than between populations. Analysis using unweighted pair group method with arithmetic mean showed that the relationship between populations HB and KX was closer than between KN and the other two populations. Polymorphic information contents of the eight microsatellites ranged from 0.598 to 0.918. These results indicated that all eight microsatellite loci would be useful for the analysis of genetic variation in Chinese shrimp (F. chinensis) populations.     

微卫星DNA技术用于中国对虾家系构建中的系谱认证

用6个微卫星标记对中国对虾（Fenneropenaeus chinensis）的5个家系进行系谱鉴别和遗传多样性研究。6个微卫星位点中有5个位点是多态的，并在所有家系中都显示了高度的遗传差异。5个家系中，5个多态微卫星位点共发现了30个等位基因，每个位点的等位基因数在5～8之间。实验中共发现了4个家系特异性等位基因：2^#家系及4^#家系各1个，5^#家系2个。根据已知亲本及子代基因型，可推断出5个家系中全部亲本的基因型，据此鉴别各家系。在EN0033位点，可将5#家系与其他4个家系相区别；在RS0859位点，可将3^#和4^#家系与其他3个家系相区分。因此，EN0033和RS0859标记可用于鉴别5^#、3^#和4^#家系的家系特异性标记。研究表明，用5个微卫星标记，且最少用2对微卫星标记即可鉴别5个中国对虾家系。     

Parentage assignment in hatchery population of brown sole <Emphasis Type="Italic">Pleuronectes herzensteini</Emphasis> by microsatellite DNA markers

ABSTRACT:   Five loci ( Phz2 , Phz6 , Phz7 , Phz12 , and Phz14 ) of microsatellite DNA markers developed in a previous study for parentage assignment in the hatchery population generated by mating among 61 broodstock fish (35 females and 26 males) in a spawning tank, were selected. After natural spawning in the same tank, larvae collected at three different times were categorized into early phase (EP), middle phase (MP), and late phase (LP) groups. In the parental broodstock, the mean number of alleles per locus was 21.8 and expected heterozygosity ( H _E ) was 0.813. In the progeny, the mean number of alleles per locus decreased to 11.6 (EP), 14.4 (MP), and 6.4 (LP) and H _E to 0.796 (EP), 0.833 (MP), and 0.681 (LP). Parental assignment determined eight dams and six sires as major parents for the EP group. In the MP group, 13 dams and ten sires genetically contributed to spawning, but only three dams and two sires were involved in LP group progeny. In the hatchery population produced from a limited number of parental fish such as the LP group, genetic variability was apparently decreased.     

3个鲤群体的微卫星标记与生长性状相关性分析

利用筛选出鲤（Cyprinus carpio）的15对多态性较高的微卫星引物,分析其与黄河鲤（C．carpio haematopterus Temminck et Schlegel）、建鲤（C．carpio var．jian）和黑龙江野鲤（C．carpio haematopterus）群体中90个个体的体质量、体长、体厚和体高性状的相关性．利用SAS的一般线性模制（GLM）对15个微卫星标记与3个鲤群体的生长性状进行显著性检验。结果表明,Mfw5与黄河鲤的体高相关（P〈0．05）;Hlj013、Cca09和Mfw7均与建鲤的体质量、体长和体高相关（P〈0．05）;Mfw2与建鲤的体质量和体厚相关（P〈0．05）;Mfw29与建鲤的体质量相关（P〈0．05）;Mfw6与黑龙江野鲤的体质量、体长、体厚和体高均相关（P〈0．05）;Mfw4与黑龙江野鲤的体质量、体长和体高相关（P〈0．05）;Mfw11与黑龙江野鲤的体厚和体高相关（P〈0．05）。对同一性状不同基因型间进行多重比较,找到3个群体中与生长性状相关的基因型。     

凡纳滨对虾生物学及养殖生态学研究进展

为明晰中国凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)引进群体子一代的遗传多样性特征,于广东的3个对虾主产区采集7个养殖群体的种苗样品,其均为国外引进亲虾繁育的子一代。将之分别命名为TH-A1、TH-A2、TH-B、US-C1、US-C2、US-C3和US-C4,以微卫星标记检测其遗传多样性。结果显示,7个群体在12个位点呈现不同程度的多态性,其平均等位基因数(N_a)、期望杂合度(H_e)、观测杂合度(H_o)和多态信息含量(PIC)分别为3.333~6.167、0.477~0.670、0.370~0.505和0.414~0.623;44个群体位点显著偏离哈迪-温伯格平衡,和文章中H_e大于H_o的结果对应。聚类分析显示7个群体共分为3支,其中TH-A1为一支,US-C1、US-C2和TH-A2为一支,其余的聚为一支。结果表明此次采集的养殖群体种苗样品存在一定的遗传差异。该结果可为后续挖掘种苗遗传背景与其养殖性能的关联性提供参考。

     

团头鲂3个选育群体遗传潜力的微卫星分析

为从遗传多样性的角度了解团头鲂(Megalobrama amblycephala)3个选育群体的遗传潜力,该研究以团头鲂"浦江1号"选育奠基群体(F_0)为对照组,采用14个多态性转录组微卫星标记评估了团头鲂3个选育群体的遗传多样性,分析其遗传潜力。结果显示,3个选育群体平均每个位点的等位基因数(A)为7.928 6~8.785 7,有效等位基因数(A_E)为4.409 4~4.878 4,观察杂合度(H_O)为0.491 1~0.574 4,期望杂合度(HE)为0.741 3~0.751 8,多态信息含量(PIC)为0.691 2~0.705 2,近交系数(FIS)为0.229~0.352。3个选育群体的遗传多样性水平(AE、HE)均高于F0群体,但不存在显著差异(P0.05)。3个选育群体的有效群体大小(N_e)为11.0~29.3,在近期可能经历过遗传瓶颈。3个选育群体间D_A、D_(SW)遗传距离分别为0.175 4~0.358 8、0.804 7~1.054 4。该结果表明,3个选育群体的遗传多样性较高,遗传潜力较大,但因有效群体数量较少和瓶颈效应的影响,存在杂合度下降和近交衰退的风险,今后需采取科学措施来保护选育群体的遗传潜力。     

微卫星DNA鉴别克隆香鱼

实验应用微卫星DNA检测技术，分析了I至Ⅶ组共42尾香鱼的Pal-1*和Pal-2*两个基因座位的基因型。结果显示Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ和Ⅶ组共22尾在两个基因座位上均为纯合，是基因型完全相同的克隆鱼，并且Ⅶ组l0尾为人工诱导成功的雌核发育二倍体，而I为混入本克隆的其它类型的香鱼；V组9尾为I与海产香鱼的子代；Ⅵ组10尾为Ⅱ或Ⅲ与海产香鱼的子代。     

Genetic divergence in Indian populations of M. rosenbergii using microsatellite markers

Macrobrachium rosenbergii, known as the giant freshwater prawn or Malaysian prawn, is the sixth largest aquaculture species in Asia. Knowledge of genetic diversity of M. rosenbergii is important to support management and conservation programmes, which will subsequently help in sustainable production of this economically important species. This study aimed to analyse the genetic diversity and population structure of five M. rosenbergii populations using 11 microsatellite loci. In analysing 240 samples, the number of alleles, observed heterozygosity (H_O) and expected heterozygosity (H_E) ranged from 3 to 20, from 0.250 to 0.978 and from 0.556 to 0.944 respectively. The five stocks of M. rosenbergii displayed high level of genetic diversity. Both the F_ST and amova analyses showed that there was significant genetic differentiation among all populations. The UPGMA dendrogram based on Nei's genetic distance matrix revealed that the Narmada and Mahi populations were in one cluster and Mahanadi and Subarnarekha populations in another single major branch, whereas the Kerala population clearly showed a separate cluster. This information on genetic variation will be useful for genetic improvement and conservation of Indian populations of giant freshwater prawn M. rosenbergii.     

基于26个微卫星标记的三江水系草鱼遗传多样性分析

选取26个微卫星标记对来自长江(监利、邗江)、黑龙江、珠江3个水系的4个野生草鱼(Ctenopharyngodon idellus)群体的遗传多样性进行了检测。结果表明,26个微卫星位点均为高度多态位点,草鱼4个地理群体的多态信息含量(PIC)平均值为0.581 3~0.638 6;共检测出141个等位基因,其中有102个为共有等位基因;每个位点有等位基因2~11个,平均等位基因5.46,平均有效等位基因3.455 6。4个地理群体野生草鱼的平均杂合度在0.711 4~0.804 5之间。群体间遗传固定指数(FST)及AMOVA分析表明,群体间遗传分化并不显著(FST=0.031 73)。基于DA遗传距离构建的UPGMA聚类树表明,监利群体与邗江群体这两个长江水系野生地理群体聚为一支,然后与珠江群体聚为一支,黑龙江群体单独聚为一支。长江群体是原始群体。综上所述,三江水系野生草鱼具有较高的遗传多样性,4个群体之间遗传分化并不明显。     

微卫星标记在坛紫菜丝状体品系DNA指纹构建中的应用

用从条斑紫菜EST数据库中筛选合成的微卫星引物对8个坛紫菜丝状体品系进行微卫星DNA指纹扩增。5个微卫星引物共扩增出32条带,其中3对引物所扩增出的5个条带(AU192094—127、AU187410—335、AU187410—190、AU194267—203和AU194267—328)被用来构建8个坛紫菜丝状体品系的DNA指纹。在这个图谱中,每个丝状体品系都有独一的指纹模式,彼此很容易被区分开。所获得的DNA指纹图谱,可用来进行孟德尔分离研究,及为坛紫菜纯系鉴定提供分子基础。     

3个仿刺参地理种群遗传变异的微卫星DNA分析

运用微卫星DNA技术对仿刺参烟台群体、威海群体、大连群体的3个野生群各20个个体进行了遗传分析。对9个基因位点进行了扩增,共获得了59个等位基因。评估了9对微卫星引物的多态信息含量(PIC),范围在0.5129~0.8794之间。结果表明:3个野生群体的平均杂合度观测值分别为0.6416、0.6595、0.5824,平均杂合度期望值分别为0.7641、0.7161、0.7364;在Hardy-Weinberg平衡条件下,进行了P检验,发现3个群体均有位点发生了显著偏离;对3个群体进行了配对Fst值计算,发现3个群体之间遗传分化较弱。从变异贡献率来看,95.68%的变异来自个体之间,4.32%的变异来自群体之间。经过聚类分析,发现威海群体和大连群体之间亲缘关系较近,烟台群体与前两群体亲缘关系较远。     

4 个斧文蛤群体微卫星标记的遗传多样性分析

为研究斧文蛤(Meretrix lamarckii)不同地理群体(浙江苍南群体、福建长乐群体、福建宁德群体以及广东汕头群体)的遗传结构和系统发生关系,采用13对微卫星分子标记,对4个不同地理群体进行了分析。结果显示,13对引物共检测出63个等位基因,每个位点等位基因数(Na)2~7个,平均每个位点观测等位基因数(Na)为4.87;有效等位基因数(Ne)为1.927~2.591;平均观测杂合度(Ho)为0.437~0.562;平均期望杂合度(He)为0.446~0.549;平均多态信息含量(PIC)为0.383~0.490;Hardy-Weinberg平衡检验表明,4个群体的大部分微卫星位点都偏离平衡状态(P0.05);UPMGA聚类分析表明,浙江苍南群体与福建宁德群体聚为一支,福建长乐群体和广东汕头群体聚为一支;群体间遗传变异指数Fst为0.230 9,表明4个斧文蛤群体间的遗传变异为23.09%。研究表明,斧文蛤4个不同地理群体遗传多样性处于中等多态水平;4个群体的遗传距离与它们实际的地理分布情况基本一致;4个地理群体间的变异较大,遗传分化水平较高。该研究为斧文蛤种质资源的有效保存、管理和恢复提供了理论依据。     

Genetic divergence of kingfish from Japan, Australia and New Zealand inferred by microsatellite DNA and mitochondrial DNA control region markers

ABSTRACT: Genetic polymorphism in kingfish, collected from coastal waters of Japan, Australia and New Zealand, were examined using microsatellite (MS) DNA and mitochondrial DNA (mtDNA) control region markers. Sixteen to 25.7 alleles per locus were observed in three MS markers, while the average observed (and expected) heterozygosities were 0.782 (0.918), 0.750 (0.809) and 0.650 (0.888) for Australian, Japanese and New Zealand kingfish, respectively. Twelve mtDNA haplotypes were detected by the digestion of control region sequences with five endonucleases: Hae III, Hinf I Mbo I, Rsa I and Taq I. Significant genetic divergence was observed between the kingfish population from Japan and those from Australia–New Zealand. There was no significant differentiation among the Australian and New Zealand population samples.     

微卫星用于凡纳滨对虾育种过程中亲权分析及遗传多样性的变化监测

利用7个微卫星标记分析了6个凡纳滨对虾家系的亲本（G₀）及其后代（G₁）的基因型分离情况,同时对G₀和G₁的所有座位期望杂合度进行配对比较分析,并且通过对G₁群体每个位点的F-statistics分析检验群体的遗传分化,以期对凡纳滨对虾育种进行遗传监测。结果表明：共检测到44个等位基因。G₀和G₁的平均每个座位的等位基因数目分别为6.14和6.27,平均期望杂合度为0.786和0.733,平均多态性信息含量为0.709和0.695。7个微卫星座位的累计排除概率为0.99,并且在有亲本存在的情况下,能够将6个家系分开。G₀与G₁的所有座位期望杂合度的配对比较分析结果表明G₀平均期望杂合度要显著高于G₁(P<0.01)。G₁各座位的遗传分化指数F_ST在0.270 3～0.465 4,平均分化系数为0.358 4。说明亚群间属于高度遗传分化。最后,根据6个家系的遗传距离,利用UPGMA法对G₁个体聚类分析,结果表明亲缘关系较近的家系A和B以及C和D的相似系数很高分别各聚为一类,E和F分别聚为一类。     

菲律宾蛤仔人工选育群体与野生群体的遗传多样性分析

本研究利用10对微卫星标记对菲律宾蛤仔(Ruditapes philippinarum)人工选育群体与野生群体进行遗传多样性分析。结果表明,每个位点的等位基因数为3~12个,期望杂合度范围为0.307~0.757,观测杂合度范围0.208~0.583。等位基因丰富度AR的大小范围是3.0~10.7,PCR扩增产物片段大小在178~390 bp,共得到63个等位基因,平均等位基因数范围从4.4(白蛤)到5.1(龙王塘野生群体),野生群体等位基因丰富度最大(5.278),白蛤群体的等位基因丰富度最小(4.267)。哈迪–温伯格检验发现4个群体和10对微卫星的40个组合中,有21个组合显著偏离哈迪–温伯格平衡状态。Kruskal-Wallis检验表明各个群体间的平均等位基因丰富度无显著差异。4个群体遗传分化系数F_(st)在0.086~0.180,遗传分化最大的是白斑马蛤群体与龙王塘野生群体(F_(st)=0.180),遗传分化最小的是白蛤群体和海洋橙群体(F_(st)=0.086)。人工选育群体表现为中度分化水平(F_(st):0.086~0.113);龙王塘野生群体与人工选育群体表现为较大分化水平(F_(st):0.134~0.180)。结果表明,人工选育群体的遗传多样性仍然比较高,但连续的选育对群体的遗传多样性和遗传分化有一定程度的影响。     

中国明对虾单个家系中与生长性状相关微卫星标记的初步筛选

以1个人工授精获得的中国明对虾(Fenneropenaeus chinensis)F2家系为材料,对其中80尾中国明对虾进行正态分布检验,选择19个稳定扩增的微卫星位点对每一个体进行扩增和基因分型,分析家系遗传信息.利用最小二乘法对微卫星位点与中国明对虾体长、全长、体质量性状进行关联性分析.采用SPSS 11.5软件作微卫星分子标记与经济性状的方差分析,考察各微卫星位点对体长、全长、体质量3个经济性状的影响程度.结果表明,中国明对虾体长、全长、体质量3个性状均呈正态分布(P＞0.05);相关分析得到,19个微卫星位点中RS0683和FC019两个微卫星位点与体长、全长、体质量呈显著相关(P＜0.05);同时对差异显著的位点进行不同基因型间经济性状的多重比较,RS0683标记座位AA基因型在体长、全长、体质量的表型效应上极显著高于AB、BB基因型(P＜0.01),表明该标记位点基因型AA与3种经济性状正相关;FC019标记座位的AA基因型体长、全长、体质量显著低于AB、BC基因型(P＜0.05),表明该标记位点基因型AA与3种经济性状呈负相关.     

微卫星标记分析大鳞鲃养殖群体的遗传结构及生长性状

大鳞鲃作为水产引进种,受建群数量较小的影响其遗传资源相对有限,因此在育种实践中有效地保护和利用现有的基因资源显得尤为重要。实验用24个微卫星标记分析了大鳞鲃养殖群体的遗传结构,在随机采样的96个个体中共检测到74个等位基因,各标记等位基因数为2～5个,片段大小为109～367 bp,有效等位基因数(Ne)为1.144 5～4.626 4,观测杂合度(Ho)为0.135 4～1.000 0,期望杂合度(He)为0.126 9～0.788 1,标记的多态信息含量(PIC)为0.118 3～0.749 0,平均为0.428 1。统计结果显示,大鳞鲃养殖群体处于中度多态水平;经χ2检验估计Hardy-Weinberg平衡,结果表明,大鳞鲃养殖群体处于平衡状态,但有8个微卫星标记显著偏离了平衡。利用SPSS 19.0的GLM模型分析24个微卫星标记与体质量、体长、体高和体厚的相关性,结果表明,B1、B20、B45、B51、B59、BC38与4项生长性状均具有显著相关性,B26与体质量、体高和体厚具有显著相关性,BC3与体质量和体长具有显著相关性,进而使用Duncan氏多重比较找到了每个微卫星标记具有生长性状优势的基因型。