基于非洲猪瘟病毒标准物质的荧光PCR检测试剂盒初步评价

为探究非洲猪瘟病毒(African swine fever virus,ASFV)标准物质作为试剂盒评价体系的可行性,比较了市场上5种主流品牌ASFV荧光PCR检测试剂盒的检测性能。使用ASFV P72基因核酸标准物质作为模板,根据5种试剂盒说明书分别进行相应的荧光定量PCR检测,结合扩增曲线、Ct值,分析不同试剂盒的敏感性、可重复性以及所需反应时间。结果显示:5种试剂盒的阴性、阳性对照均成立,最低检测限均为5.9×10^-1拷贝/μL;4个厂家的试剂盒线性关系R2>0.98,其中最优的R²=0.994,离散度最小;各试剂盒的实际反应耗时与理论反应耗时均有一定差异(0.20~0.96 h)。结果表明,各生产厂家使用P72基因作为靶基因研制的ASFV荧光PCR检测试剂盒都可以使用ASFV标准物质作为评价体系,来评判试剂盒的检测性能。本试验为各实验室不同样品检测的ASFV荧光PCR检测试剂盒选择提供了一种可用的评价方法。     

三种非洲猪瘟病毒荧光PCR检测试剂盒和两种核酸提取方法的比对

为评价不同荧光PCR检测试剂盒对非洲猪瘟病毒（African swine fever virus,ASFV）的检测效果,以及不同核酸提取方法对ASFV的提取差异,选取ASFV B646L基因标准物质作为模板参照,通过荧光PCR检测对标准曲线、最低检出限（LOD）、特异性、检测时间等进行比较,分析3个厂家商品化ASFV荧光PCR检测试剂盒（A、B、C）的综合性能;选取磁珠法和柱式法两种核酸提取方式,对标准物质核酸提取后进行ASFV荧光PCR扩增,以Ct值大小评价试剂的提取效果。结果显示：3种ASFV荧光PCR试剂盒决定系数（R2）分别为0.985、0.996、0.985,且特异性较好;3种ASFV荧光PCR试剂盒LOD介于10-1~10-2 copies/μL,A试剂盒反应循环数最多且反应时间最长（105 min）,LOD为10-2 copies/μL。全自动核酸提取工作站与手工核酸提取Ct值无统计学差异（P＞0.1）,批内变异系数（CV）在1.5%以内。结果表明：3种荧光PCR检测试剂盒的综合性能较为理想,A试剂盒更适用于临床含毒量低的样品检测;两种核酸提取方法均可有效提取ASFV B646L基因质粒标准物质。本试验为科学、合理选择ASFV检测和提取试剂提供了数据参考。     

非洲猪瘟病毒实时荧光PCR检测方法的建立

依据非洲猪瘟病毒(ASFV)的vp73基因保守序列,设计了特异性引物与TaqMan探针,扩增片段69bp,建立了ASFV实时荧光PCR检测方法。与OIE推荐用于检测ASFV的实时荧光PCR和普通PCR方法进行比对,结果显示,本文建立的方法与OIE两种检测方法的特异性相当,灵敏度与OIE荧光PCR方法相当,但比普通PCR方法高出至少10倍。标准定量曲线显示,本文方法最低检测限可达10 copies/μL病毒DNA(相关系数为0.993046)。重复性试验的批内CV值为0.61%～1.14%,批间CV值为1.37%～3.14%,表明本文方法的重复性和稳定性良好。可见,本文建立的基于vp73基因的ASFV实时荧光PCR检测方法具备快速、准确、灵敏的特点,将为检验检疫部门防御ASFV传入我国提供更多技术支持。     

应用非洲猪瘟病毒基因质粒标准物质评价荧光PCR试剂盒及核酸提取方法

为评价不同检测试剂盒对非洲猪瘟病毒(African swine fever virus, ASFV)的检测性能，以及不同提取方法对ASFV核酸的提取效率，本研究以国家标准物质“ASFV B646L基因质粒标准物质”作为模拟样品，通过荧光定量PCR检测，比较扩增曲线、Ct值等指标，分析了4个厂家的5种试剂盒的敏感性、重复性及反应耗时等检测性能，同时比较了磁珠法与柱式法等2种核酸提取方法的提取效率。结果显示：5种试剂盒均能有效检测出不同浓度的ASFV B646L基因质粒标准物质，不同的试剂盒最低检测限不同，最低的试剂盒为5.8×10^-1 copies/μL,线性关系最优的试剂盒R~2=0.997,各试剂盒实际反应时间与理论时间均有差异。2种提取方法均可有效提取ASFV B646L基因质粒标准物质，其中柱式法的提取效率高于磁珠法，但柱式法的离散度大于磁珠法。综上，4个厂家的5种试剂盒及柱式法与磁珠法均可使用ASFV B646L标准物质作为基准进行试剂盒性能及提取效率评价。在实际检测中，应根据具体情况选择合适的检测试剂盒及核酸提取方法。     

一种基于CP204L基因的非洲猪瘟病毒Taq Man-MGB实时荧光PCR检测方法的建立

基于非洲猪瘟病毒(ASFV)CP204L基因序列设计1对特异性引物和TaqMan-MGB探针,通过优化反应条件建立了一种检测ASFV的TaqMan-MGB实时荧光PCR方法。结果显示,该方法仅对ASFVDNA呈现特异性扩增,不与猪的其他常见病毒发生交叉反应,具有良好的特异性。该方法对标准对照质粒(PCR2.1-CP204L)的线性检测范围为4.2×10~1~4.2×10~9copies/μL,标准曲线方程为Y=-3.452 3X+39.014,相关系数(R~2)为0.998 8,检测下线为4.2个拷贝。对5个不同浓度(4.2×10~3~4.2×10~7copies/μL)的质粒标准品进行4次双份样品的重复检测,Ct值变异系数均小于1.5%,表明该方法具有良好的重现性。用该方法对总计164份的进口猪临床样品和生猪肌肉样品进行ASFV检测,结果均为阴性。该方法的建立为活猪临床样品和生猪肌肉样品中ASFV检测提供了一种快速、敏感和特异的技术手段。     

基于实时荧光定量PCR技术的猪伪狂犬病活疫苗含毒量评价

为定量分析贵州省临床用猪伪狂犬病(pseudorabies,PR)活疫苗中病毒含量,根据GenBank中公布的伪狂犬病病毒(pseudorabies virus,PRV)gB基因序列(登录号:M17321.1)设计1对特异性引物,建立实时荧光定量PCR方法,并对来自6个不同厂家的猪伪狂犬病活疫苗进行含毒量分析。结果显示,试验成功建立了可用于PRV检测的实时荧光定量PCR方法,标准曲线中标准品各稀释度质粒拷贝数与Ct值呈良好的线性关系,标准曲线方程为:Y=-0.97X+33.66(R^2=0.999),该方法最低检测病毒含量为3.19×10~1拷贝/μL,敏感性高且具有良好的重复性和特异性。应用所建立的实时荧光定量PCR方法对贵州省临床用6个厂家生产的猪伪狂犬病活疫苗的病毒含量进行检测,结果显示,6种市售猪伪狂犬病活疫苗(A～F)中病毒含量分别为1.67×10~7、4.83×10~5、2.64×10~6、4.27×10~7、3.39×10~6和3.68×10~5拷贝/μL,来自不同厂家的疫苗病毒含毒量存在明显差异,最大差异可达116倍,其中来自A、D厂家的两种猪伪狂犬病活疫苗具有较高的含毒量。本试验所建立的实时荧光定量PCR方法可用于猪伪狂犬病活疫苗病毒含量的快速检测和评价,对猪伪狂犬病活疫苗的质控和临床用疫苗选择具有一定的指导意义。     

基于实时荧光定量PCR技术的猪伪狂犬病活疫苗含毒量评价

为定量分析贵州省临床用猪伪狂犬病(pseudorabies,PR)活疫苗中病毒含量,根据GenBank中公布的伪狂犬病病毒(pseudorabies virus,PRV)gB基因序列(登录号:M17321.1)设计1对特异性引物,建立实时荧光定量PCR方法,并对来自6个不同厂家的猪伪狂犬病活疫苗进行含毒量分析。结果显示,试验成功建立了可用于PRV检测的实时荧光定量PCR方法,标准曲线中标准品各稀释度质粒拷贝数与Ct值呈良好的线性关系,标准曲线方程为:Y=-0.97X+33.66(R~2=0.999),该方法最低检测病毒含量为3.19×10~1拷贝/μL,敏感性高且具有良好的重复性和特异性。应用所建立的实时荧光定量PCR方法对贵州省临床用6个厂家生产的猪伪狂犬病活疫苗的病毒含量进行检测,结果显示,6种市售猪伪狂犬病活疫苗(A～F)中病毒含量分别为1.67×10~7、4.83×10~5、2.64×10~6、4.27×10~7、3.39×10~6和3.68×10~5拷贝/μL,来自不同厂家的疫苗病毒含毒量存在明显差异,最大差异可达116倍,其中来自A、D厂家的两种猪伪狂犬病活疫苗具有较高的含毒量。本试验所建立的实时荧光定量PCR方法可用于猪伪狂犬病活疫苗病毒含量的快速检测和评价,对猪伪狂犬病活疫苗的质控和临床用疫苗选择具有一定的指导意义。     

羊痘病毒属病毒多重TaqMan MGB荧光定量PCR检测方法的建立

为建立同时快速鉴别检测羊痘病毒属病毒(CaPV)的方法,本研究设计了一对针对CaPV的通用引物和3条特异性的TaqMan MGB探针,并对其反应条件进行优化,建立了单管同时鉴别检测3种病毒的多重TaqMan MGB荧光定量PCR方法。结果显示,该多重荧光定量PCR方法仅对牛结节性皮肤病病毒(LSDV)、山羊痘病毒(GTPV)和绵羊痘病毒(SPPV)有特异性扩增,而对牛痘病毒等其它相关病毒核酸无扩增。在10~2拷贝/μL～107拷贝/μL浓度范围内有良好的线性关系;对LSDV、 GTPV、SPPV的最低检测限分别为14.8拷贝/μL、32.9拷贝/μL、26.7拷贝/μL。标准曲线相关系数(R2)均为0.999。批内及批间变异系数均小于1.5%。应用本研究建立的方法和OIE陆生动物手册推荐普通PCR方法分别对185份临床样品和67份模拟样品进行检测,该方法检出率比普通PCR方法高约1.6%。本研究建立的CaPV多重TaqMan-MGB荧光定量PCR方法具有特异性强、敏感性高、重复性好、操作简便快速等优点,适用于CaPV临床样品的快速鉴别检测。     

非洲猪瘟病毒TaqMan荧光定量PCR检测方法的建立

建立一种TaqMan荧光定量PCR检测方法,用于非洲猪瘟病毒(African swine fever virus,ASFV)保守结构蛋白P72基因的检测。参照GenBank登录的ASFV P72相关基因序列,设计合成1对特异性引物与1个TaqMan探针,通过对反应条件和反应体系进行优化,建立了快速检测ASFV的TaqMan实时荧光定量PCR方法,对该方法的灵敏性、特异性与重复性进行了验证。结果显示,该方法能有效扩增1.0×10~0～1.0×10~9拷贝/μL ASFV-P72标准质粒,建立的标准曲线呈现良好的线性关系;检测灵敏度为1.0×10~0拷贝;对猪流行性腹泻病毒、猪δ冠状病毒、高致病性猪繁殖与呼吸综合征病毒、猪伪狂犬病毒等病原不发生交叉反应;重复性试验结果显示变异系数(CV)小于1%。结果表明,本试验建立的TaqMan荧光定量PCR检测方法具有良好的灵敏性、特异性和重复性,可用于临床样本中ASFV的检测,从而更好地对ASF疫情进行监测和诊断。     

鸡毒支原体SYBR Green I荧光定量PCR检测方法的建立

为建立鸡毒支原体(MG)的快速定量检测方法,本研究根据GenBank中登录的MG 16S rDNA基因序列设计了一对引物,以MG基因组DNA为模板扩增其16S rDNA基因片段,并克隆于pMD18-T载体中,以纯化的重组质粒作为标准品建立了MG SYBR GreenⅠ荧光定量PCR检测方法。结果表明,该方法在1.96×10~8拷贝/μL~1.96×10~2拷贝/μL范围内线性关系良好,相关系数为0.999;最低检测限可达1.96×10~1拷贝/μL;与禽类其它呼吸道病原无交叉反应,特异性良好;批内及批间变异系数均低于2%,具有较高的重复性和稳定性。采用该方法抽检30份疑似临床样品,检出率为40%,敏感性明显高于常规PCR(33%)和血清平板凝集试验方法(23%),检测活疫苗可达到精确定量每头份2.0×10~7拷贝/μL。该研究为MG的早期诊断与净化、疫苗质量监测提供了一种新的快速定量检测技术。