鲁西黄牛群体遗传多样性的微卫星标记研究

本研究采用微卫星标记技术,检测了鲁西黄牛群体的遗传多样性现状.从联合国粮农组织(FAO)和国际动物遗传学会(ISAG)推荐的30对微卫星引物中,筛选出6对多态性丰富的微卫星位点,对112个个体的DNA多样性进行了检测,结果共检测到101个基因座,每个座位的等位基因数范围为4-6个.所有座位的平均等位基因数为4.67±0.82,平均有效等位基因数为2.54±0.64,平均杂合度(H)为0.59±0.09,平均期望杂合度为0.41±0.09,平均多态性信息含量(PIC)为0.53±0.09,符合评价遗传多样性的要求.检测结果发现,鲁西黄牛群体的遗传多样性较高.研究结果为鲁西黄牛的保种和合理开发利用提供了科学依据.     

用20个微卫星标记研究鲁西黄牛和渤海黑牛的遗传多样性

用20个微卫星座位分析了鲁西黄牛、渤海黑牛及用作参照的秦川牛品种的遗传多样性。3个中国黄牛品种在20个座位的等位基因数为4~25个,平均等位基因数接近9个。各座位等位基因长度与欧洲普通牛相似,但平均等位基因数高于报道的欧洲普通牛和部分中国其它黄牛品种。3个品种在不同座位均发现部分特有基因,以渤海黑牛居多,在3个座位检测到7个特有基因。平均有效等位基因数达到6个以上,平均杂合度接近0.8,平均多态信息含量约为0.85,这几项变异参数在3个品种间没有明显差异,但高于欧洲普通牛群体和报道的中国部分黄牛群体的相应值。结果表明,3个品种在当地生态条件下,经数千年的选育积累了丰富的遗传变异,属宝贵的遗传资源。遗传相似度分析结果显示,渤海黑牛先与秦川牛聚为1类,再与鲁西黄牛聚在一起,引证了鲁西黄牛受瘤牛血统影响较大的结论。     

微卫星DNA作为遗传标记的优点及前景

微卫星ＤＮＡ是一类以１－６ｂｐ的核苷酸为基本单位，呈串联重复六散在分布于整个基因组的重复序列。它与限制性片段长度多态性，随机扩增多态ＤＮＡ，小卫星ＤＮＡ等分子标记相比，具有数量多，分布广且均匀，多态性丰富，分析快速方便等一系列优点，并具有重要的理论意义和深远的应用前景。     

利用微卫星标记分析4个猪品种的遗传结构

利用5个微卫星标记对4个猪品种（山西马身猪、大白猪、长白猪和太原花猪）的遗传结构进行了分析,计算了遗传杂合度、有效等位基因数,得到了由Nei氏标准遗传距离为基础的NJ聚类图。结果表明:大白猪与马身猪以及大白猪与太原花猪的遗传关系较远,而山西马身猪与太原花猪的遗传关系较近;山西马身猪与太原花猪的进化历史相近,大白猪与山西马身猪组合及大白猪与太原花猪的组合,可能产生较大的杂种优势。     

14个中外黄牛品种的遗传多样性分析

利用12对微卫星DNA标记对14个中外牛品种进行了遗传多样性分析,通过计算多态信息含量(PIC)、平均杂合度(H)、有效等位基因数(Ne)及聚类分析,评估各品种内遗传变异和各品种间遗传相关。结果表明,12个微卫星座位共检测到170个等位基因,Ne为1.194 7-11.175 2,H为0.618 9-0.782 9;12个位点均为高度多态位点,PIC为0.528 1-0.810 5。恩施黄牛与郧巴牛相聚,枣北牛与南阳牛相聚,然后二者聚为一类;湘西牛自成一类;郏县红牛与秦巴牛相聚,再与黄陂黄牛聚为一类;早胜牛与平陆山地牛聚为一类;安西牛自成一类;德国黄牛与西门塔尔牛相聚后,再与夏洛来牛聚为一类。     

利用微卫星DNA标记进行黄牛的亲子鉴定

亲子鉴定在畜牧业生产中具有重要实际应用价值,常见其用于建立准确的系谱档案和家畜归属的诉讼案件。其中标准的三联体(即在母子关系是已知的情况下,鉴定假设父亲与子畜是否有亲生关系)和单亲[即父子(女)或母子(女)亲生关系的确定]两种情况下的亲子鉴定在畜牧生产中具有普遍意义。以云南文山黄牛为试验材料,采用10对常染色体微卫星DNA标记对这两种情况下的亲子关系进行了检测分析。结果表明,常染色体微卫星DNA标记在标准的三联体和单亲两种情况下都能用来进行亲子鉴定,结果较准确,但标准三联体情况下的亲子鉴定更准确。确定的不同模式下亲子鉴定的方法,可为家养动物亲子鉴定标准方法和流程的建立提供依据。     

利用微卫星DNA标记进行黄牛的亲子鉴定*

 亲子鉴定在畜牧业生产中具有重要实际应用价值,常见其用于建立准确的系谱档案和家畜归属的诉讼案件。其中标准的三联体（即在母子关系是已知的情况下,鉴定假设父亲与子畜是否有亲生关系）和单亲［即父子（女）或母子（女）亲生关系的确定］两种情况下的亲子鉴定在畜牧生产中具有普遍意义。以云南文山黄牛为试验材料,采用10对常染色体微卫星DNA标记对这两种情况下的亲子关系进行了检测分析。结果表明,常染色体微卫星DNA标记在标准的三联体和单亲两种情况下都能用来进行亲子鉴定,结果较准确,但标准三联体情况下的亲子鉴定更准确。确定的不同模式下亲子鉴定的方法,可为家养动物亲子鉴定标准方法和流程的建立提供依据。     

基于微卫星标记的拟鲤遗传多样性及群体遗传结构分析

利用16对多态性微卫星标记对新疆额尔齐斯河干流北湾河段、支流哈巴河以及乌伦古湖拟鲤(Rutilus rutilus)3个地理群体的遗传多样性及遗传结构进行了分析。结果显示,16个微卫星位点的平均多态信息含量PIC、期望杂合度He和等位基因数AN分别为0.902 9、0.916 8和18.937 5,遗传参数均反映出3个群体较高的遗传多样性水平。乌伦古湖群体的遗传多样性水平略低于哈巴河和北湾群体。主成分分析表明,影响乌伦古湖群体与哈巴河和北湾群体间遗传多样性差异的主要因素可能为盐度。遗传分化指数和UPGMA聚类分析显示3个群体间均未发生种群遗传分化。分子变异分析(AMOVA)显示个体间的变异贡献率为88.47%,仅少部分变异来源于群体间(1.83%),表明拟鲤3个群体间的遗传变异水平较低。     

基于微卫星标记的鳜种质遗传多样性与群体遗传结构分析

采用Illumina高通量测序技术对鳜(Siniperca chuatsi)性腺转录组进行分析,筛选获得可设计引物的微卫星序列4 986条。随机合成239对微卫星引物,其中27个微卫星标记(11.30%)在12个鳜群体中呈现多态性,等位基因数2～8(5.63±1.84),有效等位基因数1.86～6.80(3.99±1.56),观测杂合度0.21～0.78(0.49±0.16),期望杂合度0.46～0.85(0.71±0.12),平均多态信息量0.37～0.84(0.66±0.15),基因流0.11～2.14(0.67±0.45)。在12个鳜群体中,嘉鱼群体平均等位基因数和平均有效等位基因数最大;武汉群体平均观测杂合度、平均期望杂合度高;12个群体遗传距离为0.103 0～1.511 7,遗传相似系数为0.220 5～0.902 2;抚远群体和顺德群体间的遗传距离最大(1.511 7),遗传相似系数最小(0.220 5);韶关群体和顺德群体间的遗传距离最小(0.103 0),遗传相似系数最大(0.902 2);UPGMA聚类分析显示珠江水系一支与长江水系一支先聚集后再与黑龙江水体支汇聚;12个群体间的遗传分化系数F_(ST)介于0.041 8～0.611 0,群体间的遗传分化达到了显著性水平(P0.05),梁子湖群体与武汉群体间的F_(ST)最小(0.041 8),顺德群体与抚远群体间的F_(ST)最大(0.611 0);AMOVA分析表明:群体间的遗传变异占33.14%,群体内遗传变异占66.86%;Structure分析显示12个群体可分为5个亚群。     

5个罗氏沼虾群体微卫星遗传多样性分析

选用9对微卫星引物,利用毛细管电泳荧光检测技术对收集和引进的罗氏沼虾以色列群体、缅甸群体、孟加拉群体、核心群体和泰国群体共计127个个体的遗传多样性进行分析,进一步明确了4个地方群体与核心群体之间的遗传差异和亲缘关系,可为优良种质的创制和新品种选育提供参考。研究表明,9对引物在127个样品DNA中共扩增出70个等位位点,平均每对引物为7.777 8个。5个群体遗传相似系数为0.367 4～0.796 5,平均遗传相似系数为0.554 1;其中孟加拉群体和核心亲缘关系最近(相似系数为0.796 5),孟加拉群体和以色列亲缘关系最远(相似系数为0.367 4)。研究结果表明,这5个地理种群总体遗传多样性较高,各群体之间的亲缘关系为后续杂交育种提供理论依据。     

5个微卫星座位在肉牛群体中的遗传变异分析

利用5个微卫星座位ETH10、IDVGA46、IDVGA44、ETH225和BM2113,对5个肉牛群体进行了遗传变异检测,并计算了5个微卫星座位在5个肉牛群体的平均等位基因频率、平均多态信息含量、平均有效等位基因数和平均杂合度。结果表明:微卫星座位ETH10、IDVGA46、IDVGA44、ETH225和BM2113在所选用的群体中等位基因数目及其片断长度范围分别是6（207～225 bp）,6（205～249 bp）,9（207～234 bp）,5（141～149 bp）,9（124～140 bp）。5个微卫星座在延边黄牛、利木赞、夏洛莱、利木赞延边黄牛杂种和夏洛莱延边黄牛杂种牛群体中平均多态信息含量（PIC）和平均杂合度分别是0.51/0.56,0.58,0.63,0.45/0.53,0.45/0.48,0.55/0.59。其中平均多态信息含量（PIC）和平均杂合度均最高的为利木赞（0.58,0.63）,该品种具有高度多态性（NC>0.5）;最低为利延杂交牛（0.45,0.48）,该杂种牛具有中度多态性（0.25相似文献   

福建黄牛的遗传多态性及分类

用8个微卫星标记对福建黄牛的等位基因频率、多态信息含量（PIC）、遗传杂合度（日）和有效等位基因数（E）等指标进行统计分析，并在此基础上对其进行聚类分析和分类研究、结果表明：（1）8个微卫星标记在所检测的福建黄牛群体中都表现出较丰富的多态性，4个群体8个微卫星座位共有58个等位基因，每个微卫星标记平均检测到7、2个等位基因（3—11）；8个微卫星标记的PIC平均为0.6471（0.3942—0．8062），各群体的PIC差异不显著；全部群体的日为0.2930：各群体的E平均为3．37（3.03—3.84）、这显示黄牛群体的等位基因频率、PIC、H和E等指标有较好的一致性，说明福建黄牛品种内在微卫星位点上均具有丰富的遗传多样性．（2）根据Nei氏标准遗传距离进行UPGMA聚类分析的结果显示，4个群体间的遗传变异不大．福建黄牛地方品种在微卫星位点上具有丰富的遗传多样性；遗传距离及聚类分析结果表明，这些群体黄牛属于同一个地方品种．     

草原红牛及其杂种牛群体微卫星DNA遗传多态性研究

运用分子生物学技术,分析了草原红牛、草原红牛与利木赞杂交后代群体在8个微卫星座位的遗传多态性。结果表明:在草原红牛中,ETH225,IDVGA2,IDVGA46,IDVGA44多态信息含量分别为0.542 0,0.673 6,0.521 8,0.575 0,这4个座位为高度变异座位。另4个座位BM2113,BM1824,IDVGA55,TGLA44多态信息含量分别为0.369 8,0.360 4,0.353 8,0.470 8,属于中度多态性座位。在杂种牛中,这8个座位的多态信息含量（PIC）均大于0.500 0,属于高度多态性座位。     

福建黄牛的遗传多态性及分类

用8个微卫星标记对福建黄牛的等位基因频率、多态信息含量(PIC)、遗传杂合度(H)和有效等位基因数(E)等指标进行统计分析,并在此基础上对其进行聚类分析和分类研究.结果表明:(1)8个微卫星标记在所检测的福建黄牛群体中都表现出较丰富的多态性,4个群体8个微卫星座位共有58个等位基因,每个微卫星标记平均检测到7.2个等位基因(3-11);8个微卫星标记的PIC平均为0.6471(0.3942-0.8062),各群体的PIC差异不显著;全部群体的H为0.2930;各群体的E平均为3.37(3.03-3.84).这显示黄牛群体的等位基因频率、PIC、H和E等指标有较好的一致性,说明福建黄牛品种内在微卫星位点上均具有丰富的遗传多样性.(2)根据Ne i氏标准遗传距离进行UPGMA聚类分析的结果显示,4个群体间的遗传变异不大.福建黄牛地方品种在微卫星位点上具有丰富的遗传多样性;遗传距离及聚类分析结果表明,这些群体黄牛属于同一个地方品种.     

牦牛和黄牛三个微卫星基因座种间特异性等位基因分析

采用PCR产物直接测序和克隆测序相结合的方法分析了牦牛、普通牛和瘤牛在ILSTS013、ILSTS050和SPS115 3个微卫星基因座上存在的特异性等位基因座位的特异性.结果表明:牦牛、普通牛和瘤牛在这3个基因座上等位基因的DNA序列存在种间特异性差异,依据这些特点可以将牦牛与普通牛和瘤牛在基因型或DNA序列水平上进行区分,这将成为评价牛种间的基因交流水平和建立牛肉及其产品分子追溯系统的可靠分子标记.     

用微卫星标记分析四品系(群)矮脚鸡的遗传多样性

采用10个微卫星座位对100日龄兴义矮脚黄羽、麻羽、黑羽和矮脚黄鸡四品系矮脚鸡(各50只)遗传多样性进行研究,结果表明:四品系(群)矮脚鸡在10个微卫星座位上共检测到71个等位基因,各座位上等位基因数为5～10个,平均为7.100个.兴义矮脚鸡各群体杂合度较大(在5.2～5.4),矮脚黄鸡群体杂合度较小(为0.3612).10对引物在四品系矮脚鸡中的平均多态信息含量在0.52765～0.82428,说明四品系(群)矮脚鸡均有丰富的遗传多样性.兴义矮脚鸡各群体与矮脚黄鸡群体间的遗传距离都较远,表明它们品系遗传特征相差均较大,有各自不同的遗传背景.     

夏南牛体尺性状与微卫星DNA的相关分析

试验选择18月龄的夏南牛母牛40头,选用8个微卫星DNA标记,研究了夏南牛群体遗传变异,并分析了体尺性状与8个微卫星标记的关系.结果表明:8个微卫星标记BM2113、BM1824、ETH225、IDVGA2、IDV-GA46、IDVGA55、BM3413和TGLA44等位基因数分别为7,6,6,6,6,4,6和6;多态信息含量分别为0.764,0.775,0.786,0.701,0.723,0.570,0.759和0.776;杂合度分别为0.801,0.784,0.824,0.744,0.772,0.648,0.802和0.815.8个微卫星标记分别对夏南牛不同体尺性状存在正效应或负效应.