| 三角帆蚌HcTyp-1基因珍珠层颜色性状相关SNP筛选及图谱定位 |
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| 引用本文： | 陈夏君,韩学凯,白志毅,李家乐.三角帆蚌HcTyp-1基因珍珠层颜色性状相关SNP筛选及图谱定位[J].水产学报,2019,43(2):467-473. |
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| 作者姓名： | 陈夏君 韩学凯 白志毅 李家乐 |
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| 作者单位： | 上海海洋大学, 农业部淡水种质资源重点实验室, 上海 201306,上海海洋大学, 农业部淡水种质资源重点实验室, 上海 201306,上海海洋大学, 农业部淡水种质资源重点实验室, 上海 201306;上海海洋大学, 上海市水产养殖工程技术研究中心, 上海 201306,上海海洋大学, 农业部淡水种质资源重点实验室, 上海 201306;上海海洋大学, 上海市水产养殖工程技术研究中心, 上海 201306 |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金（31472278）；现代农业产业技术体系专项（CARS-46-04） |
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| 摘 要： | 本实验室根据前期研究发现,HcTyp-1基因可能参与了三角帆蚌贝壳珍珠层颜色的形成。本实验根据HcTyp-1基因cDNA设计引物,比较筛选获得了8个SNP位点并分析了这些位点与内壳色的相关性,然后对HcTyp-1基因进行了图谱定位。通过研究这些多态性位点与贝壳珍珠层颜色性状相关性发现,C+3057T位点基因型仅在a参数上存在显著差异,G+2985T和T+3006C 2个位点基因型分别在L、b及a、dE上存在显著差异,A+2834C、C+2919T和G+2986T这3个SNPs位点基因型在L、a及dE上均存在显著差异。连锁不平衡结果显示,HcTyp-1基因上除C+2912T、C+2983A这2个位点,其他6个位点具有显著差异,位点之间都存在强连锁不平衡。单倍型分析结果显示,单倍型T2和T4在白色群体中出现的频率极显著高于在紫色群体中出现的频率,T6和T8两种单倍型在紫色群体中出现的频率极显著高于白色群体。因此HcTyp-1基因的部分SNPs可作为三角帆蚌不同内壳色贝壳辅助育种的候选分子标记位点。另外,本研究还将HcTyp-1基因定位在三角帆蚌LG16连锁群上,这为进一步解析该基因调控珍珠颜色形成的分子机制奠定了基础。
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| 关 键 词： | 三角帆蚌 HcTyp-1 珍珠层颜色 SNP 相关性 |
| 收稿时间： | 2017/11/23 0:00:00 |
| 修稿时间： | 2018/3/18 0:00:00 |
Detection of nacre colour-related SNPs and genetic mapping of HcTyp-1 gene in Hyriopsis cumingii |
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| CHEN Xiajun,HAN Xuekai,BAI Zhiyi and LI Jiale.Detection of nacre colour-related SNPs and genetic mapping of HcTyp-1 gene in Hyriopsis cumingii[J].Journal of Fisheries of China,2019,43(2):467-473. |
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| Authors: | CHEN Xiajun HAN Xuekai BAI Zhiyi and LI Jiale |
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| Affiliation: | Key Laboratory of Freshwater Fisheries Genetic Resources, Ministry of Agriculture, Shanghai Ocean Univrsity, Shanghai 201306, China,Key Laboratory of Freshwater Fisheries Genetic Resources, Ministry of Agriculture, Shanghai Ocean Univrsity, Shanghai 201306, China,Key Laboratory of Freshwater Fisheries Genetic Resources, Ministry of Agriculture, Shanghai Ocean Univrsity, Shanghai 201306, China;Shanghai Engineering Research Center of Aquaculture, Shanghai Ocean University, Shanghai 201306, China and Key Laboratory of Freshwater Fisheries Genetic Resources, Ministry of Agriculture, Shanghai Ocean Univrsity, Shanghai 201306, China;Shanghai Engineering Research Center of Aquaculture, Shanghai Ocean University, Shanghai 201306, China |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | Hyriopsis cumingii HcTyp-1 shell nacre colour SNP correlation |
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