| 超积累型东南景天Sa12F279基因的抗逆表达响应及功能关联分析 |
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| 引用本文： | 冯童禹,乔桂荣,蒋晶,邱文敏,韩小娇,卓仁英,刘明英.超积累型东南景天Sa12F279基因的抗逆表达响应及功能关联分析[J].林业科学研究,2020,33(3):12-21. |
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| 作者姓名： | 冯童禹 乔桂荣 蒋晶 邱文敏 韩小娇 卓仁英 刘明英 |
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| 作者单位： | 中国林业科学研究院亚热带林业研究所,浙江杭州311400;南京林业大学,江苏南京210037 |
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| 摘 要： | 目的]对超积累型东南景天ABC转运蛋白家族成员Sa12F279开展生物信息学分析及表达分析,为探究ABC类转运蛋白在镉、干旱、盐碱等非生物胁迫中的功能提供参考。方法]通过对超积累型东南景天转录组数据库进行比对分析,获得1个ABC家族成员的基因。通过生物信息学方法分析Sa12F279基因的进化关系、蛋白结构域构成、核心结构域同源比对及在组学数据中相关的互作蛋白分类;借助实时定量PCR技术分析该基因在盐碱、干旱及ABA激素胁迫下根中的表达变化。结果]通过比对分析获得ABC家族成员Sa12F279基因,该基因的开放阅读框长度为4 497 bp,编码蛋白长度为1 498个氨基酸,相对分子量为167.1 KD,等电点为6.92。进化分析显示:Sa12F279基因与C亚类成员聚为一簇,且在结构域构成上符合ABC家族的保守排布。共表达网络分析显示:Sa12F279与567个基因存在功能上的关联,对这些基因进行功能注释发现,其中39.8%的基因执行代谢相关功能,29.3%的基因与细胞内进程相关,10.2%的基因涉及生物调控,7.1%的基因参与转运活性。对镉胁迫前后转录组数据分析显示,Sa12F279基因在根、茎、叶3种组织中,取样点24 h和96 h的表达量均呈现对镉胁迫下调响应。实时定量结果显示:该基因对ABA激素、盐碱和干旱不同胁迫的应答模式存在差异,且应答响应较平缓。在ABA激素处理下,呈现先下调后上升的趋势;在盐胁迫下,呈现早期响应不显著而于胁迫后期出现上调应答;在干旱处理下,呈现先升后降又升的趋势。结论]鉴定了超积累型东南景天ABC家族的1个Sa12F279基因,揭示了该基因在不同非生物胁迫下的表达模式。
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| 关 键 词： | 东南景天 ABC转运蛋白 非生物胁迫 表达模式 |
Characterization of Expression Patterns of Sa12F279 from Sedum alfredii under Abiotic Stress and Its Functional Interaction Analysis |
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| FENG Tong-yu,QIAO Gui-rong,JIANG Jing,QIU Wen-min,HAN Xiao-jiao,ZHUO Ren-ying,LIU Ming-ying.Characterization of Expression Patterns of Sa12F279 from Sedum alfredii under Abiotic Stress and Its Functional Interaction Analysis[J].Forest Research,2020,33(3):12-21. |
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| Authors: | FENG Tong-yu QIAO Gui-rong JIANG Jing QIU Wen-min HAN Xiao-jiao ZHUO Ren-ying LIU Ming-ying |
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| Affiliation: | (Research Institute of Subtropical Forestry,Chinese Academy of Forestry,Hangzhou 311400,Zhejiang,China;Nanjing Forestry University,Nanjing 210037,Jiangsu,China) |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | Sedum alfredii ABC transporters abiotic stress expression pattern |
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