| 荆芥HD-Zip基因家族的全基因组鉴定及分析 |
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| 引用本文： | 周佩娜,党静洁,邵永芳,石遵睿,张琳,刘潺潺,吴啟南.荆芥HD-Zip基因家族的全基因组鉴定及分析[J].浙江农林大学学报,2023,40(1):12-21. |
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| 作者姓名： | 周佩娜 党静洁 邵永芳 石遵睿 张琳 刘潺潺 吴啟南 |
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| 作者单位： | 1.南京中医药大学 药学院，江苏 南京 2100232.南京中医药大学 江苏省中药资源产业化过程协同创新中心，江苏 南京 2100233.南京中医药大学 中药资源产业化与方剂创新药物国家地方联合工程研究中心，江苏 南京 210023 |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金面上项目(81973435)；国家自然科学基金青年科学基金项目(81903756)；江苏省研究生科研与实践创新计划项目(KYCX21_1759，KYCX22_2031) |
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| 摘 要： | 目的 鉴定荆芥Schizonepeta tenuifolia的HD-Zip基因家族，利用生物信息学方法分析其在全基因组中的分布和相关特征以及在不同时期中的表达规律，为该家族基因的进一步研究奠定基础。 方法 根据已经表征的HD-Zip基因，筛选荆芥基因组内的HD-Zip基因序列，利用MEME、PlantCARE、NCBI、MEGA X、MCScanX、Circos等在线网站及软件对蛋白序列进行基本理化性质分析、进化树构建、染色体定位、基因结构分析、共线性基因分析等。 结果 在荆芥全基因组中共鉴定到42条HD-Zip基因序列，它们可被分为4个亚家族，分别含有16、7、5、14个基因，亚家族之间的基因长度、结构及保守基序差异显著，但在亚家族内部保守，荆芥基因组与拟南芥Arabidopsis thaliana基因组共线性分析发现有37对基因，可能具有相似的生物学功能。荆芥的4个亚家族基因的顺式元件中均高频出现了光响应、脱落酸响应、MeJA响应等元件，在不同生长时期的叶片及部位的转录组数据中具有不同的表达趋势，Ⅰ亚家族主要在幼叶中表达，Ⅱ和Ⅲ亚家族主要在根中在表达，Ⅳ亚家族主要在叶中表达。 结论 在荆芥基因组中共获得42条HD-Zip基因序列，被分为4个亚家族(HD-ZipⅠ~Ⅳ)，亚家族内部高度保守，亚家族之间差异显著，其基因结构、保守结构域及表达模式不同。亚家族Ⅰ和Ⅱ，亚家族Ⅲ和Ⅳ亲缘关系更近，HD-Zip基因具有组织表达差异性，协同调控了荆芥的生长发育和次生代谢。图9表1参25
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| 关 键 词： | 荆芥 HD-Zip基因家族 表达分析 系统进化 |
| 收稿时间： | 2022-06-13 |
Genome-wide identification and expression analysis of HD-Zip gene family in Schizonepeta tenuifolia |
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| ZHOU Peina,DANG Jingjie,SHAO Yongfang,SHI Zunrui,ZHANG Lin,LIU Chanchan,WU Qi’nan.Genome-wide identification and expression analysis of HD-Zip gene family in Schizonepeta tenuifolia[J].Journal of Zhejiang A&F University,2023,40(1):12-21. |
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| Authors: | ZHOU Peina DANG Jingjie SHAO Yongfang SHI Zunrui ZHANG Lin LIU Chanchan WU Qi’nan |
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| Affiliation: | 1.College of Pharmacy, Nanjing University of Chinese Medicine, Nanjing 210023, Jiangsu, China2.Collaborative Innovation Center of Chinese Medicinal Resources Industrialization, Nanjing University of Chinese Medicine, Nanjing 210023, Jiangsu, China3.National and Local Collaborative Engineering Center of Chinese Medicinal Resources Industrialization and Formulae Innovative Medicine, Nanjing University of Chinese Medicine, Nanjing 210023, Jiangsu, China |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | |
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