| 薄壳山核桃全基因组LBD基因家族的生物信息学分析 |
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| 引用本文： | 黄元城,郭文磊,王正加.薄壳山核桃全基因组LBD基因家族的生物信息学分析[J].浙江农林大学学报,2021,38(3):464-475. |
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| 作者姓名： | 黄元城 郭文磊 王正加 |
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| 作者单位： | 浙江农林大学 亚热带森林培育国家重点实验室，浙江 杭州 311300 |
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| 基金项目： | 浙江省科技厅重大研发专项(2018C02004)；浙江省农业新品种选育重大科技专项(2016C02052-13)；“十三五”国家重点研发计划项目(2018YFD1000604) |
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| 摘 要： | 目的 研究薄壳山核桃Carya illinoensis LBD基因家族结构特征、进化模式和在胚发育过程中的表达模式。 方法 运用生物信息学手段鉴定薄壳山核桃LBD基因，分析该基因结构特征、系统发生学关系、显花植物中的进化历史和在胚发育过程中3个关键阶段的表达模式。 结果 薄壳山核桃全基因组中一共鉴定到52个候选LBD基因。根据基因结构、系统发生学最大似然树和Motif分析可分为3类:GroupⅠ、GroupⅡ和GroupⅢ。多序列比对分析中，52个LBD基因LOB结构域中鉴定出3个重要的结构:CX2CX6CX3C锌指结构、高度保守的甘氨酸GAS结构和亮氨酸拉链(zipper-like)结构，并且在3类内都分别发生了特异性的的变异或者缺失。根据代表性显花植物LBD基因家族的系统发生学分析，从变异程度看GroupⅠ和GroupⅡ相对较为保守，而GroupⅢ内的所有LBD基因共享1支较长的分支，它们已发生了较大的变异，可能已经分化出新的功能。表达分析结果显示:LBD基因家族参与调控胚发育过程，通常控制子叶的发育和形态建成。薄壳山核桃LBD基因中又有在整个胚发育过程中都高表达的一簇基因，这些基因可能在胚发育过程中发挥了更加重要的作用。 结论 薄壳山核桃全基因组中共获得LBD基因52个，共可分为3个亚家族，不同的亚家族具有不同的基因结构、蛋白质结构、进化模式和表达模式，转录组表达分析显示:不同亚家族之间在胚发育不同阶段具有差异性表达，它们共同参与调控薄壳山核桃胚发育过程。图5表2参47
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| 关 键 词： | 薄壳山核桃 LBD 转录因子 系统进化 基因功能 |
| 收稿时间： | 2020-07-14 |
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