| 基于高通量测序鉴定慈姑黄化病病原 |
| |
| 引用本文： | 张驰,胡成慧,邱静思,苏燕,邹承武.基于高通量测序鉴定慈姑黄化病病原[J].南方农业学报,2019,50(3):578-584. |
| |
| 作者姓名： | 张驰 胡成慧 邱静思 苏燕 邹承武 |
| |
| 作者单位： | 桂林市平乐县农业科学研究所,广西桂林,542403广西大学农学院,南宁,530004 |
| |
| 基金项目： | 国家自然科学基金;广西平乐慈姑试验站项目 |
| |
| 摘 要： | 目的]明确引致广西平乐县慈姑大面积黄化的主要病原物,为该病害的防治提供参考.方法]从广西平乐县采集自然表现褪绿黄化症状的慈姑植株,分别提取其叶片和茎组织的总RNA,利用RNA-Seq高通量测序技术对其转录组进行测序,并对序列组装获得的重叠群(contigs)进行BLAST注释,筛选出注释为植原体16S rRNA序列的con-tigs,根据其序列设计引物Phy-F和Phy-R,以采集的褪绿黄化症状慈姑植株和无症状植株的叶片样本总DNA为模板,进行PCR鉴定.结果]对扩增获得的长度为1.5 kb的DNA片段进行序列测定,从分子水平证实慈姑黄化病的病原为植原体(strain:AY-China).将测序获得的植原体16S rRNA序列与GenBank收录的15个植原体分组代表菌株的16S rRNA序列进行比对分析并构建系统发育进化树,发现AY-China与翠菊黄化植原体16SrI组(Aster yellows group:16SrI)聚类在同一分支,且各组代表菌株的16S rRNA序列相似性在88.3%~96.0%.进一步将AY-China与16SrI不同亚组代表菌株的16S rRNA序列进行多重比对并构建系统发育进化树,发现AY-China与翠菊黄化植原体16SrI-B亚组聚类到在一分支,且与16SrI-B亚组代表菌株的16S rRNA序列相似性高达99.5%,说明AY-China应属于16SrI-B亚组.结论]广西平乐县慈姑黄化病病原为植原体,其隶属于翠菊黄化植原体16SrI-B亚组.
|
| 关 键 词： | 慈姑黄化病 高通量测序 植原体 16SrRNA序列 系统进化分析 |
Identification of the pathogens associated with arrowhead yellows by high-throughput sequencing |
| |
| ZHANG Chi,HU Cheng-hui,QIU Jing-si,SU Yan,ZOU Cheng-wu.Identification of the pathogens associated with arrowhead yellows by high-throughput sequencing[J].Journal of Southern Agriculture,2019,50(3):578-584. |
| |
| Authors: | ZHANG Chi HU Cheng-hui QIU Jing-si SU Yan ZOU Cheng-wu |
| |
| Abstract: | |
| |
| Keywords: | |
| 本文献已被 CNKI 万方数据 等数据库收录！ |
| 点击此处可从《南方农业学报》浏览原始摘要信息 |
|
点击此处可从《南方农业学报》下载全文 |
|
