| 柴胡转录组SSR的分布及序列特征分析 |
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| 引用本文： | 刘迪,欧阳艳飞,徐鹏,甄军波,刘琳琳,张利超,迟吉娜.柴胡转录组SSR的分布及序列特征分析[J].南方农业学报,2022,53(3):676-683. |
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| 作者姓名： | 刘迪 欧阳艳飞 徐鹏 甄军波 刘琳琳 张利超 迟吉娜 |
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| 作者单位： | 1. 河北省农林科学院棉花研究所/农业农村部黄淮海半干旱区棉花生物学与遗传育种重点实验室，河北石家庄 050051;2. 承德市中药材绿色生态种植技术服务中心，河北承德 067000 |
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| 基金项目： | 河北省农林科学院科研业务费项目;现代农业产业技术体系;河北省中药材产业技术体系项目 |
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| 摘 要： | 【目的】分析柴胡转录组中SSR的分布及序列特征，为开发多态性良好的、功能基因相关的SSR标记提供理论依据。【方法】以不同温度处理的柴胡种子为材料，经高通量转录组测序后，使用Trinity对测序结果进行de novo组装，并利用MISA对组装得到的Unigenes进行SSR位点搜索，最后统计分析SSR的分布及序列特征。【结果】从转录组数据组装获得244194条Unigenes，其N50值为1036 bp，平均长度791 bp，总长度193138105 bp。从Unigenes序列中共检测到50303个SSR位点，去除20405个复合型SSR位点，以29898个单一型SSR位点为后续分析对象。转录组SSR的出现频率为12.24%，平均分布距离6.46 kb，主要重复基元类型为二核苷酸，共17105个，占SSR总数的57.21%，其次为三核苷酸和单核苷酸，分别占SSR总数的20.75%和20.46%，四核苷酸~六核苷酸重复基元数量均较少。转录组SSR中，共有97种重复基元，其中二核苷酸和三核苷酸重复基元分别以AT/AT和ATC/GAT为主，分别占SSR总数的33.33%和3.98%；重复次数5~10次的SSR位点数量最多，共27942个，占SSR总数的93.46%。转录组SSR序列长度存在明显差异（12~76 bp），平均长度15.28 bp。【结论】柴胡转录组的SSR位点出现频率较高，类型较丰富，具有开发出高多态性SSR分子标记的潜力，将其用于柴胡的遗传多样性分析、种质资源评价及分子标记辅助育种等研究。
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| 关 键 词： | 柴胡 转录组 SSR 分布 序列特征 |
| 收稿时间： | 2021-06-29 |
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