| 陆川猪ANKRD1基因克隆及其表达差异分析 |
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| 引用本文： | 潘鹏丞,焦迪,谢婉,陈宝剑,关志惠,谢炳坤.陆川猪ANKRD1基因克隆及其表达差异分析[J].南方农业学报,2020,51(6):1470-1477. |
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| 作者姓名： | 潘鹏丞 焦迪 谢婉 陈宝剑 关志惠 谢炳坤 |
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| 作者单位： | 广西大学动物科学技术学院,南宁,530004广西畜牧研究所/广西家畜遗传改良重点实验室,南宁,530001广西大学动物科学技术学院,南宁 530004广西畜牧研究所/广西家畜遗传改良重点实验室,南宁 530001 |
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| 摘 要： | 目的]克隆陆川猪心肌锚蛋白重复域1基因(ANKRD1),并进行生物信息学及组织表达谱分析,为研究ANKRD1在陆川猪机体内的功能作用提供参考依据.方法]根据NCBI已公布的野猪ANKRD1基因序列(NM_213922.1)设计特异性引物,采用TRIzol法提取陆川猪心脏、肝脏、脾脏、肺脏、肾脏、背最长肌和皮下脂肪的总RNA,反转录合成cDNA,并以此为模板进行ANKRD1基因克隆,通过MegAlign、Protaram、Protscale、MHMM Server和Sig-nalP等在线分析软件进行生物信息学分析,最后以实时荧光定量PCR检测ANKRD1基因在陆川猪各组织中的表达情况.结果]陆川猪ANKRD1基因蛋白编码区(CDS)序列全长960 bp,编码319个氨基酸残基,与NCBI已公布野猪ANKRD1基因(NM_213922.1)的CDS序列存在4处碱基突变,但均为同义突变,二者的ANKRD1氨基酸序列同源性为99.6%.陆川猪ANKRD1基因编码蛋白分子量为36125.70 Da,理论等电点(pI)为7.09,属于稳定蛋白,其二级结构中α-螺旋占46.39%、无规则卷曲占39.81%、β-转角占9.09%、延伸链占4.70%;陆川猪ANKRD1蛋白不存在跨膜结构,也无信号肽,有多个磷酸化位点.陆川猪ANKRD1基因在其心脏、肝脏、脾脏、肺脏、肾脏、背最长肌和皮下脂肪等7个组织中均有表达,其中以心脏中的相对表达量最高,显著高于在其他组织中的相对表达量(P<0.05,下同),在脾脏中的相对表达量最低,显著低于在心脏、肝脏、肺脏和背最长肌中的相对表达量.结论]ANKRD1基因在陆川猪的心脏、肝脏、脾脏、肺脏、肾脏、背最长肌和皮下脂肪等组织中均有表达,且存在明显差异,故推测ANKRD1基因在不同组织中发挥不同作用.
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| 关 键 词： | 陆川猪 ANKRD1基因 克隆 生物信息学 组织表达谱 |
Gene cloning and differential expression analysis of ANKRD1 gene in Luchuan pig |
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| PAN Peng-cheng,JIAO Di,XIE Wan,CHEN Bao-jian,GUAN Zhi-hui,XIE Bing-kun.Gene cloning and differential expression analysis of ANKRD1 gene in Luchuan pig[J].Journal of Southern Agriculture,2020,51(6):1470-1477. |
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| Authors: | PAN Peng-cheng JIAO Di XIE Wan CHEN Bao-jian GUAN Zhi-hui XIE Bing-kun |
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