为了分析日本囊对虾基因组中小微星序列的分布特征并开发小卫星标记，构建了日本囊对虾随机基因组文库，对其中片段长度为400～1 000 bp的3 395个克隆测序，共获得总长度为1 606 711 bp的DNA序列。在序列拼接后的2 815个克隆中，筛选到487个小卫星序列，其序列总长度占测序序列总长度的3.97%。小卫星序列中，以12 bp重复单位的序列数量最多（8.62%)，总体趋势表现为重复单位越长，相应的重复序列数目越少（R=-0.826, P<0.01)。小卫星重复单位拷贝数分布范围以8 bp重复单位最广（3.1～47.6)，其次是10 bp(2.5～44)，再次是12 bp(2.2～28)。平均拷贝数最高的三种重复类型分别为8 bp重复单位（13.45)，32 bp（9.32）和7 bp（9.28）。小卫星序列重复单位的拷贝数分布范围2～48，集中分布在2～30，且表现为拷贝数目越大，其相应的重复序列数目越低的趋势。小卫星序列中，AT含量大于50%的序列占66%小卫星AT含量与相应的序列数目不相关（R=0.063,P<0.05)。小卫星侧翼序列分析表明，随着小卫星GC含量的升高，其两端侧翼序列GC含量表现为不断增大的趋势（R=0.731, P<0.01)，小卫星序列的产生与其两端侧翼序列的碱基组成可能存在一定的关系